На избранном пути он натолкнулся на страшные затруднения. У него не было ни инструментов, ни средств для производства опытов. «Без математических инструментов нельзя овладеть ни одной наукой, — жаловался он впоследствии, — а инструментов этих нельзя найти у латинян и нельзя изготовить даже за две-три сотни фунтов. Кроме того, необходимы лучшие таблицы, на которых без особого труда отмечаются движения небесных светил от начала до конца мира, но такие таблицы стоят столько, сколько выкуп короля, и не могут быть составлены без огромных затрат. Я сам часто пытался составить такие таблицы, но не мог их закончить из-за недостатка средств и невежества своих помощников». Доставать книги было трудно, а иногда и совсем невозможно. «Философские творения Аристотеля, Авиценны, Сенеки, Цицерона нельзя достать без больших затрат; главные произведения одних не переведены на латинский язык, списков других нельзя найти в обычных библиотеках, даже нигде. Замечательного сочинения Цицерона «О государстве», насколько мне известно, не оказалось нигде, хотя я разыскивал его повсеместно лично и через посланцев. Я никогда не мог найти сочинений Сенеки, хотя тщательно искал их в течение двадцати и более лет. То же можно сказать относительно еще многих полезнейших книг, касающихся науки о нравственности».
Только читая подобные заявления, можно составить себе понятие о страшной жажде знаний, о терпении и энергии Роджера Бэкона. Он вернулся в Оксфорд преподавателем, и трогательное свидетельство его любви к ученикам сохранилось в рассказе о Джоне Лондонском, которого его способности возвышали над общим уровнем учеников Бэкона. «Когда он пришел ко мне бедным мальчиком, — говорил Роджер, рекомендуя его папе Римскому, — я стал кормить и учить его из любви к Богу, но особенно ввиду его способностей, невинности и никогда невиданного мной в юноше послушания. Пять или шесть лет назад я побудил его заняться изучением языков, математики и оптики, и обучал его сам, даром, с того времени, как получил Ваше поручение. Нет и в Париже студента, который был бы так хорошо знаком с основами философии, хотя он и не дал еще ветвей, цветков и плода по причине своей юности, а также неопытности в науке. Но он имеет возможность превзойти всех латинян, если доживет до старости и будет продолжать так, как начал».
Гордость, с которой Бэкон говорил о методе своего обучения, оправдывается широким размахом, который он придал научному преподаванию в Оксфорде. Он говорил, вероятно, о себе, когда повествовал нам, что «оптика до того не читалась ни в Парижском, ни в других западных университетах, а только два раза в Оксфорде». Сам он работал над этой наукой в течение десяти лет. Однако его преподавание, по-видимому, падало на бесплодную почву. С тех пор как нищенствующие ордена утвердились в университетах, схоластика поглотила всю духовную энергию ученого мира. Дух времени не благоприятствовал научным или философским исследованиям. Прежний энтузиазм по отношению к знаниям исчез; единственным средством проложить себе путь к почестям со стороны церкви и государства стало изучение права. Кредит философии был подорван, литература в ее высших формах почти исчезла.
Сам Бэкон после сорока лет непрерывных занятий стал, по его собственному выражению, «безвестен, забыт и зарыт». По-видимому, какое-то время он имел средства, но скоро обеднел. «В течение двадцати лет, когда я, покинув обычный путь людей, старался усвоить себе мудрость, я издержал на такие занятия более двух тысяч фунтов, приобретая книги, материалы для опытов, приборы, таблицы, пособия для усвоения языков и тому подобное. Прибавьте к этому жертвы ради приобретения дружбы ученых мужей и содействия образованных помощников».
Разорившись и обманувшись в надеждах, Бэкон послушался совета своего друга Гросстета и отказался от мира. Он стал монахом францисканского ордена, где на книги и ученые занятия смотрели как на отвлечение от главной задачи — проповеди среди бедных.
Сначала он едва ли писал там что-нибудь, тем более что новые начальники запретили ему издавать что бы то ни было под страхом потери книг и ареста на хлебе и воде. Однако он с жадностью ухватился за представившийся ему внезапно странный случай, и в этом видны стремление его ума к деятельности, тот страстный инстинкт творчества, которые отличают гениальных людей. «Несколько глав о различных предметах, написанные по просьбе друзей», по-видимому, попали за границу, и один из капелланов обратил на них внимание Климента IV. Папа Римский тотчас предложил ему писать. Но тут появились новые трудности. На материалы, переписку и прочее для задуманного им произведения нужно было истратить, по крайней мере, семьдесят фунтов, а папа Римский не прислал ни копейки.