В следующем году была одержана решительная победа у Нила. Гениальный Бонапарт планировал поднять восстание в Индии, где Типпо-Саиб, преемник Гайдера-Али в Мизоре, поклялся прогнать англичан с юга. Бонапарт предложил Директории план завоевания Египта для подготовки похода в Южную Индию. В 1798 году он высадился в Египте и быстро завоевал его. Но адмирал Нельсон нашел тридцать военных судов, сопровождавших его экспедицию, расположенными в Абукирской бухте, близко к берегу, в одну линию и охраняемыми с обоих концов канонерскими лодками и батареями. Он решил вклинить свои корабли между французскими судами и берегом; его флагманский корабль указывал путь, и после ужасного 12-часового боя (1 августа 1798 г.) девять французских кораблей были захвачены, два сожжены и 5 тысяч французов убиты или взяты в плен. Всякое сообщение между Францией и армией Бонапарта было прервано, и одним ударом был разрушен его план сделать Египет точкой опоры для завоевания Индии.
Освободившись от опасностей, угрожавших ее власти в Ирландии и в Индии и господствуя над морями, Англия могла перейти к нападению на Францию; в данный момент этому содействовали настроения европейских держав и постоянные захватнические действия Франции. Россия вступила с Австрией в тесный союз, и с новыми надеждами У. Питт осыпал субсидиями обеих союзниц. Соединенные армии России и Австрии снова оттеснили французов за Альпы и Рейн; но упорство генерала Массены позволило его солдатам удержаться в Швейцарии, а попытка соединенного войска русских и англичан отнять у французов Голландию была с успехом отражена. На Востоке Англия действовала удачнее. После провала своих мечтаний завоевать Индию Бонапарт задумал покорить Сирию и образовать из ее воинственных горцев армию, с которой можно было бы идти на Константинополь или Индию. Но турки упорно защищали Акру, ключ к Сирии; артиллерийский парк французов был перехвачен на море английским капитаном сэром Сидни Смитом, его моряки помогали туркам защищать крепость, и осаждавшие вынуждены были отступить в Египет. Отчаявшись в успехе, Бонапарт покинул свою армию и вернулся во Францию.
Вскоре после его прибытия в Париж, 10 ноября 1799 года, была ниспровержена Директория. Ее заменили три консула; но, в сущности, единственным правителем страны под именем первого консула стал Бонапарт. Его энергия сразу изменила положение дел в Европе. Он сделал мирные предложения Англии и Австрии, имея в виду просто расшатать Коалицию и выиграть время для устройства нового войска, тайно собиравшегося в Дижоне, тогда как Моро с рейнской армией снова двигался вдоль Дуная. В 1800 году первый консул перешел через Сен-Бернар, и победа при Маренго принудила австрийцев покинуть Ломбардию; только перемирие остановило поход Моро, взявшего Мюнхен и двигавшегося на Вену. По возобновлении войны осенью австрийцы были оттеснены к Вене, и Моро разбил их армию на Изаре при Гогенлиндене. В февратле 1801 года Люневильский мир внезапно положил конец войне на материке.
Всего за несколько месяцев до окончания войны У. Питт заключил союз Ирландии с Англией. История Ирландии в течение пятидесяти лет, последовавших за ее завоеванием Вильгельмом III, носит такой характер, что никто из англичан не может вспоминать ее без стыда. После сдачи Лимерика все ирландские католики, а их приходилось пятеро на одного протестанта, стали считаться чужестранцами на своей собственной земле. Для католиков были закрыты Палата лордов, Палата общин, магистратура, все муниципальные должности, все места в армии, в судах, адвокатуре, во всей администрации, в юстиции. У католиков отрицали даже право выбирать своих представителен в парламент. Широкие конфискации, сопровождавшие частые восстания на острове, оставили земли у немногих католиков, а суровые законы вынуждали даже и этих немногих, за редкими исключениями, исповедовать протестантизм. Необходимость заставляла, правда, терпеть их религию и богослужение; но во всех общественных и политических отношениях туземные католики — другими словами, огромное большинство населения Ирландии — представлялись своим протестантским властителям простыми дровосеками и водоносами.