Но в 1592 году партия Картрайта сделала правительству смелый вызов: она обратилась к парламенту с «Увещеванием», в котором требовала установления пресвитерианского правления; это вызвало среди английских политиков и прелатов страх, устранивший все надежды на спокойное решение дела. Если бы Картрайт не поднял бури, постоянный рост общего недовольства порицаемыми им обрядами, вероятно, привел бы к их отмене. Парламент 1571 года не только отказался обязать духовенство к подписи трех статен: о верховенстве, о строе церковного управления и о власти церкви устанавливать обряды, — но и благоприятствовал проекту преобразования литургии через опущение «суеверных» обрядов. С появлением «Увещевания» этот естественный прогресс общественного мнения вдруг остановился. Уме репные политики, настаивавшие на перемене обрядов, отступили перед союзом с партией, оживившей худшие притязания папства. При окружавших королеву внешних и внутренних опасностях распространение пуританства среди духовных особ страшно раздражало ее, и она выступила против «несогласных» священников с мерой, оставившей самое худшее пятно на ее царствовании.
В 1583 году церковной комиссии были предоставлены новые полномочия, превратившие религиозное перемирие в церковный деспотизм. Из временного учреждения, представлявшего верховенство короля в церковных делах, комиссия превратилась теперь в постоянное и стала пользоваться почти безграничными полномочиями короны. Ведению ее подлежали все мнения и действия, противные законам о верховенстве и единообразии. Духовенство было подчинено ей правом смещения. Она имела право менять или исправлять уставы колледжей и школ. К ведению церковной комиссии относились не только ересь, раскол и уклонение от церкви, но также и кровосмешение и тяжелые случаи прелюбодеяния; способы ее исследования не были ограничены, и она могла по произволу налагать штрафы или заключать в тюрьмы. Одно установление такого судилища разрушало дело Реформации. Правда, большое число светских членов, казалось, представляло некоторое ручательство против крайностей церковного деспотизма; но в действительности из 44 членов комиссии немногие принимали какое либо участие в ее делах, и ее полномочия сосредоточивались в руках сменявших друг друга примасов.
Со времени Августина ни один Кентерберийский архиепископ не пользовался такой обширной и неограниченной властью, как Уитгифт, Бэнкрофт, Эббот или Лод. Самой ужасной чертой их церковной тирании был чисто личный ее характер. Старые ограничения власти исчезли, а создать новые для защиты духовенства юристы еще не успели. Вследствие этого на заседаниях комиссии в Ламбете примасы сами создавали обязательные нормы учения, не обращая никакого внимания на указания закона. В одном случае Паркер отнял у священника при ход за отрицание буквальной боговдохновенности Библии. Сменявшие друг друга архиепископы не особенно беспокоились, если нормы оказывались различными или противоречивыми.
Уитгифт в своих «Ламбетских статьях» старался навязать церкви учение Кальвина о первородном грехе. Следовавший за ним Бэнкрофт так же усердно навязывал антикальвинистское учение об установлении епископата Богом. Эббот не давал пощады арминианам, а Лод — их противникам. Неудивительно, что руководимая такими людьми церковная комиссия скоро возбудила ненависть к себе в английском духовенстве. Ее учреждение указывало на переход короны к более решительной политике. Усилия комиссии поддерживались строгими репрессивными мерами: всякие проповедь или чтение в частных домах были запрещены, и от всех членов духовенства требовалось подчинение «трем статьям», хотя парламент и отказался придать этому требованию силу закона.
В первое время эти меры увенчались успехом. Пресвитерианское движение было остановлено, сам Картрайт лишился профессуры, и под настойчивым давлением комиссии в богослужении устанавливалось все больше внешнего однообразия. Прежняя свобода, допускавшаяся в Лондоне и других протестантских областях королевства, перестала существовать. Раньше на уклонение пуританского духовенства смотрели сквозь пальцы; теперь его принудили надевать стихари, совершать крестное знамение при крещении. Представления поместного дворянства оказались столь же бесплодными, что и протест самого лорда Берли; двести лучших священников были лишены приходов за отказ от подписи «трех статей». Но преследование только придало новую силу и популярность тем учениям, которые стремились подавить, и связало два движения, сами по себе совершенно различные. До того пресвитерианская система церковного правления признавалась только духовными особами, да и то немногими. С другой стороны, желание пуритан преобразовать литургию, их недовольство «суеверными обрядами», ношением стихаря, совершением при крещении крестного знамения, надеванием кольца при венчании, принятием причастия на коленях разделялись большим числом как духовных особ, так и мирян.