В начале царствования Елизаветы против этих обрядов высказывались почти все прелаты, кроме Паркера, и предложение об их отмене было отклонено в конвокации только одним голосом. На отношение к этому вопросу поместного дворянства указывает настроение парламента; в то же время было хорошо известно, что разумнейшие из советников королевы, Берли, Уолсингем и Ноллис, стояли в этом случае заодно с джентри. Общее преследование если и не привело к полному слиянию этих двух рукавов религиозного движения, то, во всяком случае, обеспечило пресвитерианам общее сочувствие пуритан, а это из кучки церковников превратило их во всенародную партию. Результаты преследования не ограничивались усилием пресвитерианства. В это время от присутствия при общественном богослужении начали уклоняться «отщепенцы» на том основании, что само существование национальной церкви противоречит слову Божию, и скоро число их с нескольких отдельных ревнителей возросло до 20 тысяч. Пресвитериане и пуритане, как и Елизавета, питали отвращение к «браунистам», прозванным по имени основателя их учения Роберта Брауна.
Несмотря на свое пуританство, в 1593 году парламент издал против них закон. Сам Браун был вынужден бежать в Нидерланды, а многие из его последователей подверглись изгнанию. Одну из этих общин ожидало такое великое будущее, что мы должны бросить взгляд на «бедный народ» в Линкольншире и по соседству: «Просвещенные словом Божьим и принуждаемые к подчинению», они должны были «искать себе другого места». Они отвергали обряды как остатки идолослужения, епископальный строй — как несогласный со Священным Писанием и, «как свободный народ Господа», составили «церковь, основанную на Евангелии». Они стремились к великому началу свободы совести и доказывали, что как христиане они имеют право «идти по всем путям, которые им указал или укажет Господь». Их собрания («Conventicles») скоро навлекли на себя преследования властей, и маленькая община решилась искать себе убежища в других странах.
Первая их попытка бежать была расстроена, а когда они повторили ее, их жены и дети были захвачены в самую минуту вступления на корабль. Наконец власти пренебрежительно дали согласие на их план, «довольные тем, что избавляются от них какой бы то ни было ценой». Беглецы нашли себе приют в Амстердаме; затем некоторые из них избрали себе в священники Джона Робинсона и в 1609 году удалились в Лейден. «Они считали себя на земле странниками, не особенно беспокоились о земном, а обращали свои взоры к небу как к дорогой родине и сохраняли спокойствие духа». Среди этой небольшой кучки изгнанников были люди, которым суждено было впоследствии прославиться в качестве «отцов-пилигримов» «Майского цветка».
Избавиться от браунистов было легко; но появление духа энергичного сопротивления, неслыханного еще при Тюдорах, указало на опасность политики, усвоенной короной. Рост силы общественного мнения блестяще сказался в борьбе, известной под именем «спора Мартина Марпрелэта». В своих памфлетах пуритане с самого начала апеллировали от короны к народу, а усилия Уитгифта обуздать печать служили доказательством их влияния на страну. Постановления «Звездной палаты» по этому поводу (1585 г.) замечательны как первый шаг правительства в долгой борьбе со свободой печати. Теперь была окончательно организована давно существовавшая беспорядочно цензура. Печатание допускалось только в Лондоне и при двух университетах, число печатников ограничивалось, лица, просившие разрешения печатать, ставились под надзор общества книгопродавцев. Притом всякое издание, крупное или мелкое, должно было получить одобрение примаса или епископа Лондонского.
Первым следствием этой ограничительной системы было появление в самый год Армады ряда анонимных памфлетов, подписанных много значительным именем «Мартина Марпрслэта» («губителя прелатов») и вышедших из тайной типографии, которая находила себе убежище от преследований полиции в усадьбах джентри. Типография была захвачена, а люди, заподозренные в сочинении этих «непристойных пасквилей», молодой уэлсец Пенри и священник по имени Юдол, умерли: один в тюрьме, другой на эшафоте. Но язвительность и смелость их языка произвели сильное впечатление, так как при системе Елизаветы не было возможности «губить» епископов, не нападая на корону, и когда Мартин Марпрелэт подверг публичному обсуждению политические и церковные меры правительства, почувствовалось приближение новой эпохи политической свободы. Истребление этих памфлетов вовсе не смутило пресвитериан. Лорд Лестер назначил Картрайта настоятелем госпиталя в Уорвике, и тот был настолько смел, что ввел свое церковное устройство в духовенстве этого графства и Нортгемптонского. Его пример нашел последователей, и во многих областях для споров и совещаний начали устраивать общие съезды всего духовенства и частные собрания по епархиям или графствам, называвшиеся у пресвитериан синодами и классами. Правда, вскоре новая организация была уничтожена, но Картрайт обещал подчиниться и тем спасся от изгнания, которого требовал Уитгифт. Его влияние все росло. Спор пресвитериан с правительством был перенесен в парламент и превратился при Якове в борьбу за свободу, а при Карле в междоусобную войну.