Во время подавления восстания Монмута было захвачено множество пленных. Для расправы над ними Яков направил Главного судью Джеффриса. Этот жестокий, неразборчивый в средствах человек навеки запятнал свое имя кровавыми судебными сессиями. Около трехсот повстанцев были повешены, более восьмисот отправлены на Барбадос, где до сих пор живут их потомки. Придворные дамы немало нажились на продаже этих несчастных в рабство. Безжалостного судью Яков произвел в чин лорда-канцлера. К Джону Черчиллю обратилась молодая девушка Дороти Хьюлинг, пытавшаяся облегчить судьбу своих двух братьев-анабаптистов, приговоренных к смерти. Он пообещал устроить ей встречу с королем. «Но, мадемуазель Хьюлинг, — сказал Черчилль, указывая на гранитную каминную полку, — не обольщайтесь; этот камень так же способен на сострадание, как и сердце короля». Братья Хьюлинги были повешены.
Действия Вильгельма Оранского во время восстания Монмута еще раз продемонстрировали его политическую мудрость. Согласно договору с английским королем, он должен был послать на помощь Якову три пехотных полка, Вильгельм с готовностью выполнил свое обязательство и даже предложил лично возглавить эти силы. С другой стороны, он не очень-то старался отговорить Монмута от рискованной экспедиции. В случае победы герцога королем Англии стал бы протестант, который наверняка присоединился бы к антифранцузской коалиции. В случае его неудачи устранялось последнее препятствие на пути самого Вильгельма и его жены Марии к наследованию английского престола. Ко второму Вильгельм стремился больше, чем к первому.
После казни Монмута Яков был на вершине могущества. Разгром повстанцев и предотвращение еще одной гражданской войны обеспечили ему всеобщую поддержку. Он воспользовался ею без промедления. Сразу после завершения судебных процессов король обратился к Тайному совету с предложением отменить «Хабеас Корпус Акт» и акт «О присяге». Эти два закона, принятых при его брате, представлялись ему главными препятствиями на пути к намеченной цели. В связи с недавними событиями ему пришлось дать немало ответственных поручений офицерам-католикам. Теперь он намеревался сохранить их в своей армии. Галифакс, как президент Совета, указал, что в этом случае будут нарушены некоторые статуты; Норт, лорд-хранитель Большой государственной печати, предупредил короля о возможных опасностях такого шага. Яков ответил на это чисткой самого Тайного совета. Галифакс не только лишился должности президента, но и вообще был исключен из состава Совета; на место умершего вскоре Норта был назначен Главный судья Джеффрис. Немногим позже лордом-президентом Совета, а затем и Государственным секретарем стал Роберт Спенсер, граф Сандерленд. Именно он являлся главным министром Якова. Сандерленд — фигура противоречивая: он служил поочередно Карлу II, Якову II и Вильгельму III. Ради личной выгоды не раз менял свои взгляды. Теперь, в угоду монарху, Сандерленд стал папистом. Никто лучше него не знал — настроения влиятельных аристократических семейств, и именно это делало его незаменимым для сменяющих друг друга правителей.
Девятого ноября 1685 г. парламент собрался на вторую сессию, и король изложил перед ним свои ближайшие цели. В резких выражениях он заявил, что от милиции нет никакого прока. Это утверждение не было лишено оснований: ее отряды дважды бежали от плохо вооруженных крестьян Монмута. Поэтому, делал вывод Яков, для сохранения в королевстве мира и порядка необходима сильная постоянная армия. Яков также дал ясно понять, что не уволит офицеров-католиков, проявивших себя при подавлении мятежа Монмута с самой лучшей стороны. Эти требования глубоко потрясли парламент, до того доброжелательно настроенный к королю. Постоянная армия была для парламента самым жутким кошмаром, а англиканская церковь — его самым ценным сокровищем. Депутатов охватили страх и растерянность; испытанию подверглись одновременно и повиновение королю, и преданность государственной церкви. Знать и сельские джентльмены еще не забыли о быстрой расправе с Монмутом и вовсе не желали идти в оппозицию монарху. Многие депутаты прониклись «кавалерским» духом. В церкви доминировала доктрина непротивления. И тори, и священники были готовы сквозь пальцы смотреть на нарушение «Тест-акта» и привлечение Яковом офицеров-католиков для подавления мятежа. Палата общин предложила выделить дополнительно 700 тысяч фунтов для укрепления королевских сил. Депутаты лишь попросили короля, выражая ему свою полную преданность, подтвердить, что он не будет пользоваться своими исключительными правами в ущерб актам парламента, и успокоить страну заявлением о том, что протестантской вере ничто не угрожает. Но король дал такой ответ, который не мог их удовлетворить.