В битве за Ленинград БКА помогли 4-й армии сдержать отчаянный натиск частей вермахта на берегу древнего Волхова: поднялись по нему до устья Тигоды и здесь, маневрируя на мелководных лесных реках и речушках, в самом полном смысле играли роль танков, обеспечивая огневую поддержку пехоте.
С 22 февраля 1944 года корабли вошли в состав КБФ и получили новые тактические номера, соответственно БК-99, БК-100, БК- 101, БК-102.
БК-99 участвовал в Свирско-Петрозаводской (21.06-9.08.1944), БК-100 — в Тулоксинской (23–27.06.1944 г.) десантной операции. БК-101 и БК-102 участвовали в высадке десанта в Мерекюла (14.02.1944 г.), и все четыре корабля — в Восточно-Прусской (13.01–25.04.1945 г.) наступательной операции.
Бронекатера Краснознаменного Балтийского флота постройки Ижорского завода в походе.
Кормовая башенная артиллерийская установка одного из балтийских бронекатеров проекта 1124 со смонтированной на орудийном стволе направляющей для стрельбы 82-мм реактивными снарядами М-8.
Бронекатер БК-101 КБФ.
Высадка десанта на о. Лункулансари 24–25 июля 1941 года, в ходе которой погиб принимавший в ней участие бронекатер № 98.
Ладожская военная флотилия
Создана на Ладожском озере 2 июля 1941 года. Главные базы: Сортанлахти, с 28 августа — Шлиссельбург, с 8 сентября — Новая Ладога; маневренная база — Осиновецкая ВМБ. Командующие: капитан 1 ранга В.П. Боголепов (июль — август 1941 г.); капитан 1 ранга, а затем контр-адмирал Б.В. Хорошхин (август — октябрь 1941 г.); капитан 1 ранга, а затем контр-адмирал В.С. Чероков (октябрь 1941 — ноябрь 1944 г.).
Корабли высаживали десанты во фланг и в тыл противника; перевозили войска, грузы, эвакуировали гражданских лиц и оборудование предприятий Ленинграда, защищали коммуникации; обеспечивали действия сухопутных войск в Синявинских операциях 1941 и 1942 годов; охраняли «Дорогу жизни»; участвовали в прорыве блокады Ленинграда в 1943 году, а в июне — августе 1944 года — в Выборгско-Петрозаводской операции, провели Тулоксинскую десантную операцию. БКА вели бои против созданной в 1942 году на Ладожском озере германо-итало-финской флотилии и 22 октября 1942 года отразили попытку противника высадить десант на о. Сухо. Флотилия расформирована 4 ноября 1944 года, ее БКА вошли в состав Балтийского флота.
Онежская военная флотилия
Отдельный Онежский отряд кораблей сформирован 30 апреля 1942 года на Волге, который в начале июня прибыл на Онежское озеро. В его состав вошли четыре БКА проекта 1124 № 11/308, № 12/309, № 31/318 и № 32/319. Бронекатер, заводской № 309, имел две танковые башни Т-28 с 76,2-мм пушками Л-10, а остальные катера — по две 76,2-мм Лендера. Главная база — г. Вытегра.
31 декабря 1942 года отряд преобразован в Онежскую военную флотилию. Базы: Петрозаводск, Вознесенье, Вытегра. Командующие флотилией: капитан 1 ранга А.П. Дьяконов (май 1942— июль 1943 г.); контр-адмирал П.С. Абанькин (август 1943 — январь 1944 г.); капитан 1 ранга Н.В. Антонов (июль — август 1943 г. (врид), январь — июль 1944 г.).
БКА в 1942–1943 годах прикрывали и поддерживали артиллерийским огнем приозерные фланги войск 7-й отдельной армии и 32-й армии, высаживали десанты, обеспечивали коммуникации, боролись с авиацией и силами противника на Онежском озере. В Свирско-Петрозаводской операции 1944 года содействовали сухопутным войскам в форсировании реки Свирь (23 июня), высадили тактические десанты на о. Б. Климецкий (23 июня), в бухту Лахтинскую (26 июня), Уйскую губу и в Петрозаводск (28 июня). При содействии сил флотилии и войск десантов 28 июня советские войска освободили Петрозаводск. Флотилия расформирована 10 июля 1944 года.
Чудская военная флотилия
Создана 3 июля 1941 года и воссоздана 18 июня 1944 года с переформированием 25-го отдельного дивизиона катеров в бригаду речных кораблей КБФ на Чудском озере (капитан 2 ранга А.Ф. Аржавкин). 9 июля к первому катеру № 103/374 добавилось еще три: № 308/376 «Трудящийся Татарии», № 3 09/378, № 310/396.
16 августа 1944 года бригада высадила части 191-й стрелковой дивизии, а затем до 19 августа осуществляла перевозку еще двух дивизий. 29 сентября в связи с уходом фронта от Чудского озера началась передислокация катеров из Гдова в Ораниенбаум, а 14 ноября ее расформировали.
Волжская военная флотилия
Для подготовки кадров в июле 1941 года на Волге сформирован Учебный отряд кораблей, созданный на базе эвакуированной школы специалистов Пинской флотилии. В отряд вошли четыре бронекатера проекта 1124.
Затем, 27 октября 1941 года, из Учебного отряда сформирована Волжская военная флотилия (ВВФ). Корабли тралили мины, поставленные авиацией противника на Волге от Астрахани до Саратова, осуществляли ПВО речной коммуникации, конвоировали караваны и отдельные суда с грузами.
С 24 июля Ставка Верховного Главнокомандующего подчинила ВВФ командующему Сталинградским фронтом, и 5 августа она включилась в героическую оборону города, оказывая войскам огневую поддержку, высаживая десанты, охраняя коммуникации и производя воинские перевозки через Волгу.
ВВФ командовали: капитан 1 ранга С.Г. Сапожников (октябрь-ноябрь 1941 г.); контр-адмирал С.М. Воробьев (ноябрь 1941 — февраль 1942 г.); контр-адмирал Д.Д. Рогачев (февраль 1942 — май 1943 г.); контр-адмирал Ю.А. Пантелеев (май-декабрь 1943 г.); капитан 1 ранга П.А. Смирнов (декабрь 1943 — июнь 1944 г.).
Для несения конвойной службы наиболее приспособленными оказались четыре бронекатера проекта 1124: № 71/308; № 32/316: № 73/318; № 75/319, вооруженный каждый двумя 76,2-мм пушками Лендера и спаренными 12,7-мм пулеметами в башне ДШКМ-2Б.
Бронекатера в конвое обычно ходили по двое. При налете самолетов противника бронекатера отдавали буксир, на котором они шли для экономии горючего и моторесурса, и отражали атаку. Сначала немцы летали на высотах 200–250 м, но после потерь, понесенных от огня кораблей охраны, стали летать на высотах 1000–3000 м.
БКА № 31/314, № 72/315 имели на вооружении по одной 76,2-мм пушке Лендера, одной установке РС-М-13 и спаренные 12,7-мм пулеметы в башне ДШКМ-2Б; БКА № 33/317 — одну 76,2-мм пушку Лендера, одну 37-мм пушку 70-К и спаренные 12,7-мм пулеметы в башне ДШКМ-2Б.
Через Волгу бронекатера непрерывно доставляли войска, боеприпасы и медикаменты в осажденный Сталинград. Иногда только эти увертливые кораблики и прорывались к плацдармам героической 62-й армии генерал-лейтенанта В.И. Чуйкова, маневрируя среди разрывов снарядов и мин (а потом — и между плавучими льдинами).
Моряки работали днем и ночью, под непрерывным огнем авиации и артиллерии врага. Днем БКА ремонтировались, откачивали воду, приводили механизмы и оружие в порядок, получали горючее и боеприпасы. На отдых времени не оставалось. За три месяца работы на переправах все катера получили серьезные повреждения, включая пробоины в подводной части. Рабочие Сталинградского судоремонтного завода и Красноармейской судоверфи помогали вводить корабли в строй. По воспоминаниям ветеранов, бронекатера принимали на борт столько боеприпасов, что погружались по иллюминаторы, и ни один не перевернулся, пересекая Волгу.