Возвращение дивизий 1-й эскадры в отечественные воды происходило раздельно: корабли 1-й дивизии проследовали в Киль, 2- й — в Брунсбюттель. При возвращении в свои базы впервые произвели переход Кайзер-Вильгельм каналом при встречном движении обеих дивизий эскадры. Если в 1897 г. "Вёрт" ничем не отличился, то в 1898 г. с его участием в Кайзер-Вильгельм канале провели ответственные испытания. Было принято решение проверить, как быстро можно отбуксировать по каналу неспособный самостоятельно маневририровать крупный боевой корабль. С этой целью шесть буксиров провели "Вёрт" по каналу от Хольтенау до устья реки Эльба и обратно.
В минуты отдыха
В первом квартале 1899 г. вышло два важнейших постановления кабинета министров Германии. Первым постановлением от 27 февраля 1899 г. ввели поправку к закону 1898 г. о флоте, согласно которой произвели переклассификацию типов кораблей. Броненосцы 1-го класса, включая броненосцы типа "Бранденбург", а также броненосцы 3- го класса типа "Саксен" получали единое обозначение — "линейный корабль".
Ввиду принятого кайзером решения взять на себя непосредственное руководство военно-морскими силами империи вторым постановлением кабинета министров от 14 марта главное командование военно-морского флота упразднили, поскольку сделалось ненужным его существование как промежуточной инстанции между главой государства и высшими морскими должностными лицами. При этом его функции перешли к шести непосредственно подчинённым кайзеру командным инстанциям, среди которых основную роль играли имперское морское министерство и морской кабинет.
Однако, штабное отделение главного командования оставили и присвоили ему на будущее название морского генерального штаба, чем регламентировали его непосредственное влияние на планирование будущих операций. Начальник штабного отделения стал начальником морского генерального штаба. Одновременно 1-ю эскадру напрямую подчинили непосредственно самому кайзеру и учредили "главное инспекторское бюро", во главе которого поставили одного из старейших адмиралов.
28 февраля вице-адмирал Томсен снова поднял свой флаг на борту линейного корабля "Курфюрст Фридрих Вильгельм". После сбора в Киле эскадра с 5 по 11 марта совершила учебный поход в средней части Балтийского моря. 22 марта произошла авария с броненосцем 4-го класса "Ольденбург". Во время шторма и снежной бури у него оборвалась якорная цепь, после чего корабль стало сносить из бухты Страндер в открытое море. С трудом совместными усилиями линкору "Бранденбург" и портовому буксиру "Нордер" удалось его отбуксировать обратно в бухту, где корабль выбросило на отмель. Но после выгрузки угля и боезапаса он своим ходом сошёл с мели, не получив почти никаких повреждений. Всё же "Ольденбург" пришлось вывести из состава эскадры, которая 5 апреля уже без него приняла участие в торжествах по случаю 50-летия битвы при Эккернфёрде (5 апреля 1849 г.).
В мае 1-я эскадра предприняла длительный поход в Атлантику, в котором в составе 2-й дивизии принял участие корабль-база резервной дивизии Балтийского моря, бывший броненосец береговой обороны "Эгир". В начале похода для пополнения запасов угля линкоры 1-й дивизии и "Эгир" зашли в Дувр, а 2-й дивизии в Фалмут. Соединившись 8 мая у Фалмута, они продолжали дальнейший поход через Бискайский залив и 12 мая зашли в Лиссабон. С явно выраженным намерением уменьшить впечатление от прихода германской эскадры, туда же на следующий день направилась дислоцирующаяся в Английском канале британская эскадра в составе четырёх линкоров и восьми крейсеров. После посещения португальским королем Карлом I флагманского корабля эскадры "Курфюрст Фридрих Вильгельма’’ немецкая эскадра отправилась в обратный путь.
"Верт" у Гельголанда. С открытки того времени.
Возвращение эскадры прервалось 24 мая в районе Дувра, где в честь 80-летия английской королевы Виктории состоялся грандиозный морской парад, в котором приняли участие и немецкие корабли. 31 мая германская эскадра вернулась в Киль.
Подготовка к проведению осенних маневров регламентировалась постановлением кабинета министров от 14 марта, что вызвало новые организационные изменения. Теперь кайзер сам лично назначал командующего флотом. Как и ожидали, им был назначен командующий военно-морской береговой станции Балтийского моря вице-адмирал Кёстер, которого одновременно назначили генеральным инспектором военно-морских сил.