В 1902-05 гг. линкоры типа "Бранденбург" один за другим подвергались модернизации на имперской верфи в Вильгельмсхафене с попыткой коренного улучшения расположения противоминной артиллерии. Но всё ограничилось только тем, что среднюю артиллерию всех четырёх кораблей серии увеличили до 8 105-мм орудий. Основную слабость артиллерийского вооружения кораблей, заключавшуюся в расположенной только на шкафуте (средней части палубы) артиллерии среднего калибра, можно было лишь несколько усилить установкой ещё двух 105-мм орудий, но окончательно исправить оказалось невозможным.
Чтобы полностью устранить этот недостаток, первоначально предполагали более радикальную переделку, а именно демонтаж расположенной в середине корабля башни "В" с двумя 280-мм орудиями с тем, чтобы вместо неё установить батарею артиллерии среднего калибра. Но реализация этого предложения выявила такую высокую стоимость, что. как писали газеты того времени, "сами морские офицеры и техники — сторонники этого, ужаснулись".
Корабли все же подверглись некоторым существенным переделкам. При этом произвели замену деревянного покрытия палуб и облицовку помещений, реконструировали котельную установку, увеличили объёмы угольных ям (это было следствием похода в Восточную Азию), установили бронированную кормовую боевую рубку с толщиной стенки 120 мм и крыши 30 мм, переставили надводные торпедные аппараты в подводную часть, что явилось только частью существенного переоборудования кораблей.
Демонтировали часть громоздкой надстройки на верхней палубе, установили переходной мостик, заменили тяжелые боевые мачты одинарными трубчатыми сигнальными и изменили их места, установили большое число прожекторов. Все это повлекло за собой существенное изменение силуэта корабля. Во время модернизации 1902-04 гг. корабли облегчили на 500-700 т.
Германская эскадра на якоре: идет покраска борта.
В 1903-04 гг. на имперской верфи в Вильгельмсхафене продолжили модернизацию линкоров типа "Бранденбург". Налагая в 1901 г. модернизация и переоборудование линкора "Вёрт" затянулась до декабря 1903 г. Лишь 27 сентября 1904 г. на нем снова подняли адмиральский флаг и вымпел, и корабль вступил на место броненосца береговой обороны "Беовульф", выведенного из состава 2-й эскадры. Флагманским кораблём 2-й эскадры теперь являлся "Кайзер Фридрих III", а с 1 октября 1905 г. "Прёйссен". "Вёрт" до декабря служил флагманским кораблём младшего флагмана контр-адмирала Бройзинга, пока вместо него флагманским кораблём не стал новый линкор "Брауншвейг".
В 1902-04 гг. "Вейсенбург" подвергли основательной модернизации. Лишь 29 сентября 1904 г. линкор снова вернулся в строй и вступил на место броненосца береговой обороны "Гильдебранд" в составе 2-й эскадры. В течение двух лет "Вейсенбург" участвовал в учениях и маневрах этой эскадры, не достигнув, правда, за этот период особых успехов. В 1903 г. имперская верфь приступила к модернизаци линкора "Бранденбург", а "Курфюрст Фридрих Вильгельм" оказался последним прошедшим модернизацию
Германские матросы в минуты отдыха
16 февраля 1905 г. "Вёрт" сел на мель Штоллер-грунд в Кильской бухте. Подошедший первым "Брауншвейг" предпринял неудавшуюся попытку стащить "Вёрт" с мели. Это удалось лишь через два дня, 18 •февраля после выгрузки угля и боезапаса. Линкор смог дойти до Киля под своими машинами. В результате аварии оказались легко поврежденными только несколько листов обшивки днища.
Следующая авария произошла 5 июля 1905 г. При проведении учебных торпедных стрельб "Вёрт" своим тараном так сильно ударил используемый в качестве корабля- мишени миноносец S-124, что его котельное отделение тотчас же заполнилось водой. Паром из разорванного паропровода сильно обварило трёх матросов, причем старшина машинного отделения вскоре скончался.
Лишь 4 апреля 1905 г. после окончания модернизации "Бранденбург" снова ввели в состав 2-й эскадры действующего линейного флота. Во время учений и маневров 7 августа при выходе из гавани Стокгольма "Бранденбург" слегка коснулся днищем дна залива, что, однако, не причинило повреждений.
Модернизацию линкора "Курфюрст Фридрих Вильгельм" закончили 14 декабря 1905 г. После ходовых испытаний в январе 1906 г. линкор снова последним ввели в состав 2-й эскадры, где он, сменив "Бранденбург", вновь стал флагманским кораблём младшего флагмана, сначала контр-адмирала фон Гольтцендорфа, а с осени 1906 г. коммодора, впоследствии контр- адмирала Пашена.