Выше пояса в средней части фрегата размещался броневой каземат с траверзами для защиты от продольного огня. Толщина брони бортов каземата и его траверзов, установленных над водонепроницаемыми переборками – 203 мм (по другим данным, броня траверзов была меньше – 178 мм). Люки крюйт-камеры и бомбового погреба, как и двери в траверзах, также имели 203-мм броню. Полный ее вес составил 776 т.
Броневой палубы установлено не было вовсе, так как ожидалось, что артиллерийский бой будет вестись на ближних дистанциях либо с нулевым углом возвышения орудий, либо с малым углом снижения, для чего поясная броня и опускалась ниже ватерлинии.
Каземат размещался впереди грот-мачты в батарейной палубе, и место его легко определялось по положению дымовой трубы, которая находилась как раз посредине. Каземат имел длину 14,5 м и ширину 15,1 м, т.е. выступал с каждой стороны борта на 0,25 м (0,75 фута). Для лучшего обеспечения продольного огня и улучшения условий обслуживания орудий его углы были срезаны, в них сделаны орудийные порты, из которых орудия имели угол обстрела по 60° каждое (по 30° в любую сторону от оси ствола орудия, совпадавшей с диагональю каземата). По другим данным, угол обстрела каждого из орудий главного калибра "Фусо" был несколько больше – 70°. И все равно, расположение этих портов было таково, что орудия совсем не могли стрелять ни на нос, ни на корму, ни по траверзу. Высота нижней кромки портов над грузовой ватерлинией была 2,3 м. Толщина бортовой казематной брони также дифференцировалась: в нижней части она была 203 мм (8") на 152-мм (6") тиковой подкладке, а в верхней части – 178 мм (7") на 178-мм подкладке.
"Фусо" оказался единственным кораблем японского флота, на котором позднее без особых усилий заменили главное вооружение, первоначально состоявшее из четырёх 240-мм (9,44") 30-калиберных 15,5-тонных стальных и двух 168мм (6,6") 25-калиберных 5,5-тонных казнозарядных нарезных орудий завода Круппа. 240мм орудия стояли на главной палубе и размещались по углам каземата, имея каждое по своему орудийному порту. Каждая из этих пушек стреляла снарядами весом 93,3 кг со скорострельностью 0,35 – 0,5 выстрела/мин (имея прислугу из восьми человек). Снаряды подавались краном из бомбового погреба, находящегося вместе с крюйт-камерой под батареей, и были двух родов – стальные и чугунные, по 60 и 80 штук на ствол соответственно. Эти орудия, возвышаясь над ватерлинией на 2,44 м, устанавливались на станках Скотта и имели гальваническую систему управления огнем.
Два 168-мм орудия были установлены на станках (схожих с деревянными станками русских шестидюймовок) на верхней палубе фрегата в бортовых спонсонах с тремя портами для каждого, отчего они имели сектор обстрела по 180° и могли вести огонь (снарядами весом 35,7 кг) со скорострельностью 0,7 выстрела/мин. Над ватерлинией они возвышались на 4,5 м. Боезапас – по 140 чугунных снарядов на ствол – размещался в том же погребе, что и для казематной батареи.
На верхней палубе имелись четыре 69мм (2,7") стальные пушки на элевационных станках и семь пушек Норденфельда (по другим данным, 6 скорострельных 76,2-мм и 11 Норденфельда). Что касается малокалиберной артиллерии всех описываемых кораблей, то разночтения здесь наиболее заметны, ведь замена этих орудий труда не составляла и могла производиться достаточно часто, практически при каждой постановке корабля в завод. Вес бортового залпа "Фусо"составлял 383,8 кг. В 1886 г. корабль дополнительно оснастили шестью лёгкими пушками и пятью станковыми пулемётами.
Два надводных аппарата калибром 356 мм для стрельбы торпедами Уайтхеда (длина торпеды 4267 мм, калибр 355,6 мм) размещались в жилой палубе позади фок-мачты. Трубы аппаратов, сверху у которых устанавливались воздушные баллоны, размещались на станках, вращавшихся по плоским погонам. В каждом из бортов фрегата был вырезан порт, и в нем закреплялся яблочный шарнир.
Во время приготовления к выстрелу аппарат вставлялся в шарнир и с помощью болтов, соединявших фланцы, жестко к нему крепился. В итоге аппарат мог наводиться по горизонтали, а его передний срез достаточно выступал за борт, чтобы торпеда не смогла повредиться о борт при выстреле. Прибор управления наведением аппарата на цель размещался в боевой рубке и по принципу действия был аналогичен русскому прибору лейтенанта Зацаренного. В положении "по-походному" аппараты вынимались из яблочных шарниров, снимались с погонов и крепились вдоль борта, а порты закрывались откидывающимися сверху крышками на шарнирах с помощью цепочек. В 1885 г. фрегат получил два бортовых надводных аппарата германского образца для торпед Шварцкопфа калибра 457 мм. Вероятно, они сменили прежние.