Вскоре и 240-мм казематные орудия, признанные к тому времени непригодными для боевого применения, заменили на четыре скорострельные 152-мм. Но, по данным справочника Брассея, в 1898 г. фрегат еще продолжал сохранять свои 240-мм орудия. Получается, что "Фусо" имел на вооружении восемь 152-мм и семь малокалиберных орудий, два торпедных аппарата после 1899 г. По отечественным же данным, броненосец проходил капитальный ремонт в 1898 г., после аварии у о. Сикоку, когда, вероятнее всего, на нем сменили орудия. Его водоизмещение тогда увеличилось до 3770 т.
Во время войны с Китаем "Фусо" применил свою артиллерию по реальному противнику в первый и последний раз. Всю войну капитан 1 ранга Араи командовал кораблем, входившим в состав главной эскадры в сражении при Ялу. Так как к этому времени он, прослужив уже более 18 лет, мог, вероятнее всего, развивать скорость от 10 до 11 узлов, его броня из кованого железа могла оказывать лишь незначительное сопротивление уже употреблявшимся в то время стальным снарядам, а на вооружении броненосец имел всего два современных орудия, не считая малокалиберных, то и вклад его в общую победу был скромен.
Недаром "Фусо" подвергся модернизации одним из последних японских броненосных кораблей, как наименее ценный, и возможная задержка со вводом в строй которого менее других сказывалась на общей боеготовности флота. При Ялу он занимал предпоследнее место в японской линейной колонне из десяти кораблей (впереди "Хией" и после "Хашидате"). Тихоходный, он постепенно все более отставал от колонны, рискуя попасть под сосредоточенный удар сильных броненосцев противника, хотя и продолжал вопреки этому добросовестно повторять все маневры переднего мателота.
В этом бою японские тихоходные корабли, шедшие в арьергарде, рано покинули свои места в строю, так как не могли выдержать столкновения с неприятелем на близком расстоянии и, будучи кораблями слабо защищенными и вооружёнными, были бы наверняка уничтожены. "Фусо" оказался исключением, его все- таки выручали броня и везение. У китайцев, по причине меньшей скорости, практически не было шансов таранить корабли летучего отряда или навязать им свою волю. Но в колонне главной эскадры к концу боя один такой тихоходный корабль оставался. Это был "Фусо". На него напасть они еще могли, но к тому времени подавляющий перевес в силах был уже на стороне противника.
В итоге "Фусо" остался лишь одним из четырёх ветеранов главной эскадры, успешно завершившим все из японских боевых манёвров и не потерявшим при этом своего места в строю, и одним из тех кораблей в эскадре, которые избежали серьёзных повреждений, заняв шестое место в списке потерь личного состава. По данным Ф. Т. Джейна, правда, считается, что он получил более тяжелые повреждения. Однако такое мнение не подтверждается списком потерь, хотя, конечно, и тот может оказаться искаженным либо случайно, либо намеренно. Вероятнее всего, если японцы и занизили число своих потерь, то равномерно по всей эскадре.
Количество выведенных из строя членов экипажа "Фусо" по разным источникам не совпадает: двое убитых и двенадцать раненых или один офицер и четыре матроса убитыми и один офицер и шесть матросов ранеными. Главное, после сражения фрегат остался в строю и продолжал сражаться в составе эскадры всю войну. Данных о потерях и повреждениях корабля в других боях этой войны не имеется. Факт получения кораблем ущерба во время захвата Вей Ха Вея не подтверждается.
Судьба отвернулась от "Фусо" уже после войны, 29 ноября 1897 г., когда его сильным ветром сорвало с якоря неподалеку от о. Сикоку и после дрейфа его протаранил крейсер "Мацусима", чем еще раз подтвердил опасность тарана в первую очередь для своих кораблей. Вероятно, крейсер пытался оказать помощь дрейфующему кораблю, который, видимо, не мог сразу дать ход, но неудачно сманеврировал. Угроза затопления от поступающей через пробоину воды, с которой не справлялись водоотливные средства, на момент постройки считавшиеся избыточными, вынудила командира направить броненосец к берегу, на риф около Ниихамы. "Фусо" затонул, успев добраться до мелководья, но в сентябре 1898 г. (по другим данным, через два месяца) его подняли и отвели для ремонта на верфь в Куре.
Ко времени русско-японской войны он снова стал в строй, поднял вымпел и примкнул к действующему флоту. Его артиллерийское вооружение тогда состояло из двух 152-мм, четырех 120-мм 40-калиберных и одиннадцати 47-мм (3-фунтовых) орудий. Обе 152-мм пушки были смонтированы побортно в батарее под главной палубой, где первоначально размещались 240-мм крупповские и защищались 203мм броней, а 120-мм орудия стояли открыто на верхней палубе по одному на баке и на юте и два побортно в районе миделя. Торпедных аппаратов стало три, а на мачтах появилась радиоантенна.