Броненосец первым в японском флоте, в отличие от "Фусо" и "Чин Иен", уже изначально оснащался сетями противоторпедного заграждения, которые долго прожили на всех флотах. Например, только в середине 20-х годов японские линкоры типа "Фусо" при модернизации лишились этих "украшений".
При проектировании сначала планировались две мачты с двойными боевыми марсами для скорострельной артиллерии, но в итоге боевые марсы остались по одному на каждой мачте. По сравнению с низкобортным "Чин Иен", "Фудзи", получивший на одну палубу больше, был вполне мореходным кораблем и, как "Роял Соверен" или французские корабли, имел заметный завал борта внутрь, сделанный и для экономии веса в верхней части корпуса и для достижения более плавной качки.
Броненосец, как и "Чин Иен", имел броневой пояс лишь в средней части, но изготовленный из гарвеированной стали, выделанной на заводах Каммеля и Виккерса, защищавший его на длине 69 м и имевший высоту 2,4 м (закрывая собою машинные, котельные отделения и основания барбетов, но оставляя нос и корму без прикрытия). При нормальной осадке, т. е. при отсутствии существенной перегрузки, главный пояс возвышался над ватерлинией на 0,9 м.
Броненосец "Фудзи". Повреждение башни, полученное в Цусимском бою.
Наибольшая толщина пояса была в его верхней части, в районе машинного и котельных отделений, и составляла 457 мм (что соответствовало 826-мм железной брони "Фусо"), утоньшаясь к низу до 229 мм, а к оконечностям сначала до 406 мм и далее до 356 мм в районе барбетов. Броневые траверзные переборки, соединявшие обе оконечности пояса, имели толщину: носовая – 356 мм, кормовая – 305 мм. В 1895 г., когда корабль строился, в нашей литературе указывалось, что "для защиты от анфиладного (продольного) огня главная и нижняя палубы будут перегорожены броневым щитом в 6 дюймов толщины." Наши специалисты ожидали такую толщину траверзных переборок, но, как видим, броня по возможности утолщалась, и они ошиблись почти вдвое. В оконечностях этого броневого каземата возвышалось по одному барбету, защищенному бронёй из стальных плит, имевших дифференцированную толщину: со стороны, обращенной к противнику, в верхней части до батарейной палубы, где не было защиты пояса и траверзов, – 457 мм, в нижней, под их прикрытием – 229 мм; с тыльной стороны – 102 мм.
Плоская броневая палуба толщиной 64 мм настилалась непосредственно над главным броневым поясом, прикрывая собой котлы и машины. Отсутствие у нее скосов явилось существенным недостатком, отмеченным современниками. В оконечностях от основания пояса, как и на "Чен Иен", к носу и корме шли карапасные броневые палубы той же 64-мм толщины, располагаясь несколько ниже ватерлинии, причем носовая имела в среднем наклон в 5°, а кормовая заметно меньше. Над главным поясом в средней части находился еще один, толщиной 102 мм, но более короткий, длиной всего 46,9 м и высотой 2,4 м. От его оконечностей под углом к диаметральной плоскости шли броневые переборки той же толщины. Боевая рубка, помещавшаяся позади носового барбета, защищалась броней в 356 мм.
Размещённые в барбетах орудия главного калибра имели для защиты прислуги вращающиеся броневые купола со стальной броней толщиной в лобовой части – 152, сверху – 76 (по иным данным, тоже 152), а с бортов и тыла – 102 мм. Кроме того, над каждым куполом возвышалось по небольшой защищенной (76-мм броневыми плитами) командирской башенке для управления орудиями главного калибра непосредственно из башен. Под защитой барбетов находились механизмы для поворота и заряжания, подачи снарядов с зарядами, а также гидравлические стопоры, автоматически удерживавшие орудийные платформы от разворота при выстреле из одного орудия (аналогичные описанным на броненосце "Тинг Иен").
Снарядные и зарядные погреба размещались под броневой палубой. Подача боезапаса осуществлялась по бронированным трубам. Все входы и выходы на броневую палубу цитадели, всякие другие отверстия, а также дымовые и вентиляторные трубы окружались коффердамами высотой 0,9 м, т. е. в итоге возвышались над ватерлинией на 1,8 м, или броневыми гласисами. Помещения для бортовых торпедных аппаратов и хранения зарядных отделений торпед находились ниже ватерлинии, то есть под надежной защитой главного пояса, хотя помещение носового аппарата не бронировалось.
Вся броня общим весом 3000 т (24% нормального водоизмещения) изготавливалась на заводе Кеммеля и К° (Cammel amp; С°) по способу Гарвея (обработка касалась только толстых плит пояса и траверзов, а тонкая броня, например, палуб и крыш барбетов, была стальная). Угольные ямы уже традиционно разместили вдоль бортов так, чтобы они дополняли собой броневую защиту.