Броненосец "Микаса". С рисунка того времени
Корпус корабля более продуманно, чем у "Шикишима", делился многочисленными водонепроницаемыми переборками на отсеки, что улучшало конструктивную защиту при возможных повреждениях от торпедных атак или несчастных случаев. Подводная часть броненосца впервые в японском флоте была покрыта усовершенствованным составом Hartman Rahtien (The Red Hand Brand ). Как и "Асахи", он внешне походил на британские додредноуты типов "Канопус" и " Формидейбл", отличаясь от более поздних британских кораблей только отсутствием постов управления огнём на их мачтах.
Главную броневую защиту на корабле составлял полный броневой пояс из крупповской стали (незащищенной была лишь малая часть кормовой оконечности) изготовления фирмы Виккерс, имеющий на протяжении 47,6 м (по другим данным, 32 м) в средней части судна напротив жизненно важных его частей толщину 229 мм (что соответствовало 571,5 мм железа) и затем постепенно утоньшающийся к низу до 127 мм. К оконечностям он уменьшался до 178, потом до 127, и, наконец, до 102 мм.
В местах соединения 178-мм и 127-мм поясных плит в обеих оконечностях начинались броневые траверзы толщиной 152 мм, шедшие, как и на "Шикишима", под углом к диаметральной плоскости и сопрягавшиеся с барбетами главного калибра, имевшими толщину крупповской брони 356 мм со стороны, обращенной к противнику, и 203 мм (по другим данным, 254 мм) с тыла, где они были под защитой траверзов. Главный пояс опускался под ватерлинию на 1,6 м и верхней своей кромкой поднимался над ней на 0,76 м, соединяясь здесь с 152-мм броней цитадели, которая, имея высоту в 2,3 м, в свою очередь поднималась до верхней палубы. Цитадель эта и составляла главную, особенно характерную черту в проекте броненосца, отличавшую его от пяти вышеуказанных собратьев, так как она не только защищала пространство, заключенное между броневым поясом и батареей главной палубы, но, поднявшись до верхней палубы, еще и заменяла обычные на английских броненосцах казематы. Это обеспечивало полную защиту 152-мм орудиям.
Броненосец "Микаса".
(Наружный вид. 1902 г.)
От расположения артиллерии среднего калибра в шахматном порядке и в отдельных казематах в японском флоте впервые отказались на "Микаса". Преимущество такого размещения по сравнению с системой отдельных казематов, как, например, на "Асахи", ясно, если обратить внимание на то, что при этом защита распространялась на прислугу и все орудия, установленные в средней части главной палубы броненосца (причем сами орудия оказались столь же хорошо защищены 152-мм броней снаружи, как и при установке в отдельных казематах).
Гораздо лучше защищались эти орудия сзади, где защитой им стала служить не только такая же броня противоположного борта, но и две стальные продольные переборки толщиной 51-мм, проходившие каждая позади батареи казематных пушек. Сюда следует добавить и 51-мм стальные поперечные переборки, отделявшие орудия одно от другого. Опасения сгруппировывать 152-мм орудия из-за боязни вывода нескольких из них из строя одним удачным снарядным попаданием оказались минимальными.
Максимальная длина цитадели вдоль диаметральной плоскости между наружными кромками барбетов составила 78 м, вдоль бортов 53 м, в местах его сопряжения с барбетами 63 м. Вся броня цитадели также изготавливалась по методу Круппа. Четыре отдельных броневых каземата остались лишь для четырех 152-мм орудий, установленных на верхней палубе в надстройке, как на "Шикишима", "Хатсусе" и "Асахи", над четырьмя углами цитадели. С наружной стороны эти угловые казематы также защищались 152-мм броней, а с других – 76мм, имея 51-мм крышу.
От основания траверзов, как и на предшественниках, к оконечностям шла карапасная броневая палуба толщиной 76 мм, утоньшаясь к штевням до 51 мм. Внутри же цитадели броневая палуба из гарвееникелевой стали также проходила ниже главной палубы и имела толщину 51 мм в горизонтальной части и 76 мм на скосах. Верхняя палуба в районе цитадели имела толщину 51 мм, давая основание признать "Микаса" и первым японским броненосцем, получившим две бронированные палубы.
Боевая рубка, в которой командир имел все приборы для управления кораблём: штурвал, машинный телеграф, переговорные трубы ко всем постам корабля, защищалась крупповской броней толщиной 356 мм, а кормовая (в то время называлась еще и наблюдательной) – 76 мм. Защита башен главного калибра была такой же толщины, как на "Шикишима" – 254 мм в лобовой части и 203 мм в остальных, включая крышу. Но броня была уже крупповская. Общий вес брони составил 4097 т, (несколько меньше, чем на "Шикишима", "Хатсусе" и "Асахи").