"Шикишима", под командованием капитана 1 ранга И. Терагаки, получил повреждения от ответного огня при бомбардировке Порт- Артура, потеряв 17 человек убитыми и ранеными, тяжело пострадал в бою 10 августа 1904 г. 27 мая 1905 г. он получил 10 попаданий: 1 305мм, 1 254-мм, 4 152-мм и 4 75-мм снарядами. Разрыв единственного 305-мм снаряда убил 13 и ранил 22 человека. На 11 выстреле собственный 305-мм снаряд разорвал дульную часть правого орудия носовой башни, и в результате это орудие полностью вышло из строя, крыша башни оказалась повреждённой, а другое орудие временно прекратило огонь.
"Хатсусе", несший флаг младшего флагмана контр-адмирала Т. Нашиба (командир капитан 1 ранга Ю. Накао), получил повреждения у Порт-Артура, потеряв убитыми и ранеными 11 человек. 15 мая 1904 г. в 10 милях к юго-востоку от Порт-Артура он подорвался на мине, был взят на буксир "Асахи", но затем подорвался вторично, после чего сдетонировали кормовые погреба. Корабль затонул в течение полутора минут. Погибло 493 человека (спасли 340, включая и адмирала).
"Фудзи", под командованием капитана 1 ранга К. Мацумото, при обстреле укреплений Порт-Артура получил 2 попадания, 22 марта 1904 г. при подобном обстреле получил попадания, вызвавшие повреждения, с эскадренных броненосцев "Ретвизан" и "Пересвет", 10 августа 1904 г. получил незначительные повреждения, а 27 мая 1905 г. получил попадания: 2 305-мм, 3 152-мм, 2 75-мм и 5 снарядов неустановленного калибра. После взрыва 305-мм снаряда в кормовой башне, убившего 8 и ранившего 22 человека, чудом избежал гибели, завершил дневной бой последним залпом по "Бородино", который вызвал сильный пожар в башне 152-мм орудий русского броненосца (результатом которого, возможно, могла оказаться детонация зарядов и гибель корабля).
В три часа по местному времени, спустя 50 мин после первого выстрела Цусимского сражения, русский бронебойный снаряд пробил 152-мм лобовую плиту кормовой башни главного калибра эскадренного броненосца "Фудзи" и взорвался над казённой частью первого орудия. Силой взрыва выбросило за борт броневую плиту, служившую для защиты задней части башни.
Весь находившийся в башне личный состав или получил ранения или оказался убитым, а раскалённые осколки воспламенили пороховые заряды. Одновременно вспыхнуло свыше 100 кг пороха. Огненные брызги стали разлетаться во все стороны. Английский нитроцеллюлозный порох кордит был очень склонен при быстром сгорании к взрыву. Японцы применяли тот же кордит, поэтому "Фудзи" был недалёк от гибели. Но броненосцу повезло: один из осколков того же снаряда перебил гидравлическую магистраль, и хлынувшая под большим давлением вода способствовала тушению огня.
В Цусимском бою четыре японских броненосца выпустили 446 305-мм снарядов.
"Яшима", под командованием капитана 1 ранга X. Сакамото, 9 февраля 1904 г. участвовал в бомбардировке укреплений Порт-Артура, 15 мая 1904 г. подорвался на том же минном заграждении, что и "Хатсусе", был взят на буксир "Шикишима", но в 17 часов 41 минуту в 5 милях от скалы Энкоунтер на нем отдали приказ экипажу покинуть корабль и перейти на крейсера. "Яшима" затонул. Погибло 319 человек.
Броненосец "Чин Иен", входивший под командованием капитана 1 ранга К. Имаи в состав пятого боевого отряда третьей эскадры (базировавшейся в Такесики на островах Цусима и в Кобе), получил 2 попадания в бою 10 августа 1904 г. Участвовал он и в сражении 27 мая 1905 г. По некоторым данным, к началу 1905 г. броненосец 3 класса "Чин Иен" был флагманским кораблём 5 отряда под флагом контр-адмирала Ямада.
Броненосец "Фусо", под флагом младшего флагмана контр-адмирала С. Хосоя (потом контр-адмирала X. Ямада) под командованием капитана 2 ранга М. Окунамия, а затем капитана 1 ранга Нагаи, входил в состав седьмого боевого отряда третьей эскадры, участия в боевых действиях не принимал и применялся исключительно для нужд береговой обороны, а потому повреждений и потерь не имел.
К середине лета 1905 г. состав японского флота изменился: появились трофейные корабли. На 14 июня 1905 г. "Микаса", "Асахи", "Шикишима", "Фудзи" составляли первый боевой отряд первой эскадры, а "Чин Иен", "Ики", "Мишима", "Окиношима" седьмой боевой отряд вновь созданной четвёртой эскадры. "Фусо" продолжал числиться броненосцем береговой обороны 2 класса. Другие трофеи ремонтировались.
Вторая война на море была Японией победоносно завершена, и капитан 2 ранга Огури высказался об этом так: "На этих двух последних войнах наш флот одержал неожиданно громкие победы. Конечно, всему этому помогла преданность и храбрость личного состава нашего флота, но необходимо сказать, что нашему успеху способствовало то обстоятельство, что наш флот в этих войнах всегда аккуратно и разумно придерживался принципов морской тактики и стратегии, тогда как Китай и Россия совершенно игнорировали это, за что и поплатились поражением.