На следующий день с правлением завода Эльдера начались переговоры по выяснению вопросов чисто организационного характера. Одновременно начались работы по демонтажу надстройки. Спустя три недели 25 июля на корабле, стоявшем под краном со снятыми трубой и мачтой, разобранными надстройками и палубами, начался демонтаж машин. Часть команды к тому времени перевели в заводские казармы, где ранее размещалась команда яхты "Ливадия". В начале августа машины с котлами были полностью вынуты и началась подготовка к постановке "Петра Великого" в док.
При вводе броненосца в док и более детальном осмотре выяснилось, что повреждения серьезнее, чем предполагалось. Оказалось согнутым вправо перо руля, а нижняя его часть с частью медной рамы надломлена. Средний киль и первые к нему боковые кили были стерты почти до наружной деревянной обшивки, а у следующих двух стерты фальшкили. Деревянные наделки под броней в районе клюзов истерты и помяты от лап якорей. Цинковые листы, положенные вокруг корабля для изоляции брони от медной обшивки, почти совсем разложились за время семилетней службы. Наружная обшивка по обе стороны киля при плавании в реке измялась и требовала замены. Для исправления этих повреждений пришлось заключить договор с заводом Эльдера, который оформил представитель Морского министерства в Англии капитан-лейтенант А. М. Линден. Эти работы задерживали сроки готовности к плаванию на две недели. Стало ясно, что даже с учетом десяти льготных дней, обусловленных контрактом, окончательная готовность корабля будет несколько позднее намечавшегося ранее 12 октября.
К моменту постановки в док изготовленные и собранные машины находились на стенде. Были готовы к установке в корабль котлы, дымовые ходы для них, гребные валы и ступицы для винтов. Началась сборка трубы и установка в ступицы лопастей. Готовились к гидравлической пробе паровые трубы. По механической части в доке производились работы по сборке новых фундаментов для машин, заделка отверстий от снятых кингстонов и вырубка новых. Сняли гребные винты, концевые гребные валы, изогнутый руль, медную обшивку, а деревянную наружную частично пришлось заменить. Производилось исправление боковых килей.
Несмотря на летние месяцы, сырой английский климат и бытовая неустроенность экипажа вызвали множество простудных заболеваний, часто переходящих в воспаление легких. 14 августа в береговом госпитале от этого скончался матрос 1 статьи Федор Лихачев. В тяжелом состоянии находились матросы Григорьев, Самсонов и Карпенко. В корабельном лазарете лежали еще 6 человек.
К 14 сентября окончили работы по исправлению подводной обшивки. Далеко продвинулась и установка торпедных труб. Спустя неделю, 21 сентября, началась установка правой трубы и нового руля, вновь отлитого на заводе из марганцевой бронзы. В этот же день управляющий Морским министерством вице-адмирал И. А. Шестаков, находившийся в Англии для ознакомления с судостроением, осмотрел в доке произведенные на корабле работы и на заводе новые машины и котлы. После этого И. А. Шестаков, взяв с собой корабельного инженера А. Е. Леонтьева и лейтенанта Р. де Рибаса, продолжил поездку для осмотра английских адмиралтейств. Через два дня, 23 сентября, работы в подводной части были окончены, но выход из дока заводчики оттягивали из-за малой воды у порога дока. При замене фальшкиля на корабле поставили новые грузовые марки, так как новый сделали тоньше старого для безопасного вывода из дока. Работы по исправлению подводной обшивки обошлись в 10 756 фунтов стерлингов.
26 сентября в 10 часов вечера открыли клинкет дока для впуска воды, и к полуночи "Петр Великий" был выведен из дока и под буксировкой пяти пароходов поставлен в бассейн под кран.
Работы на броненосце замедлились, так как завод готовил к выходу американский пароход "Alaska", который через несколько дней ушел в Нью-Йорк. 3 октября жизнь экипажа омрачилась еще одним печальным событием: от паралича сердца умер корабельный священник иеромонах Сергий.
Непосредственно к погрузке котлов в корпус приступили 22 октября и через пять дней опустили последний, двенадцатый. К 30 ноября в корпусе корабля установили машины. Оставалось установить паровые трубы, а затем испытать их прочность гидравликой. Не были окончены работы по установке водонепроницаемых дверей и трюмной системы, а при монтаже торпедных труб оставалось сделать два крана для подачи мин Уайтхеда. Несмотря на это, в начале декабря было опробовано движение телескопических минных труб как ручным способом, так и гидравликой. Не так быстро шли работы, производимые заводом "Истон Андерсен" по замене гидравлики у станков 305-мм орудий. Лишь к середине ноября заводом был подготовлен к гидравлической пробе один из четырех станков.