"Петр Великий" к этому времени как броненосец водоизмещением 10 000 т значительно устарел и утратил свою боевую мощь. Его 456- и 305-мм бортовая железная броня по сопротивляемости снарядам соответствовала 203-мм и 178-мм "круппированной" броне, а палубная настилка толщиной 77,8 мм соответствовала 50,8-мм стальной броне, отчего корабль неоправданно нес на себе свыше 1000 т лишнего веса железной брони. Его старые 305-мм пушки вдвое меньшей длины были в четыре раза менее мощными в развитии дульной энергии, чем соответствующие орудия новых броненосцев. Не удовлетворяла и скорострельность, так как заряжались орудия "Петра Великого" в течение 15 минут вместо 1,5 у новых кораблей.
Возможность коренной перестройки "Петра Великого" в проектах А. Е. Леонтьева исключалась из-за отсутствия в то время в МТК сведений о метацентрической высоте. В Кораблестроительном отделении опасались, что по сравнению с броненосцами того же водоизмещения поздней постройки "Петр Великий", имевший меньшую ширину, после увеличения высоты борта, сооружения еще одной палубы и подъема на нее обеих башен будет недостаточно остойчив. Определение метацентрической высоты в мае 1900 года, доказавшее возможность модернизации, вынудило МТК заняться разработкой новых более совершенных проектов, включавших в себя и замену бронирования. В июне 1901 года по указанию Н. Е. Кутейникова корабельный инженер А. П. Шершов составил еще несколько вариантов модернизации. В этих вариантах замена машин и котлов не планировалась, хотя броненосец при последних испытаниях, проведенных в 1898 году, имел максимальную скорость всего лишь 13,5 узлов. Но все же этот недостаток частично компенсировался бы предстоящим перевооружением.
В первом варианте А. П. Шершов предлагал перестройку "Петра Великого" в высокобортный трехпалубный корабль, что позволяло при этом иметь метацентрическую высоту 1,22 м. Но МТК сразу же отверг этот вариант как наиболее сложный и дорогой. Перед А. П. Шершовым стояла сложная задача разместить на корабле две новые башни под 254-мм или 305-мм орудия, а между ними – артиллерию среднего калибра в бронированном каземате, не увеличивая при этом высоту надводного борта, а лишь заделав кормовой срез, чтобы иметь минимально допустимую метацентрическую высоту, определенную МТК в 1,52 м. Попытка поместить на корабль две башни, аналогичные башням главного калибра броненосцев типа "Бородино", два каземата: верхний с толщиной 102 мм для восьми 152-мм орудий и нижний, защищающий котлы и машины, с 127-мм броней (запас угля 884 т) привела к неудовлетворительным результатам. Метацентрическая высота получилась менее утвержденной МТК, а корабль имел перегрузку около 480 т. Все эти усовершенствования делались за счет снимаемой старой артиллерии и броневого бруствера.
Вторым шагом в поисках оптимального варианта была установка более легких орудийных башен, подобных башням броненосцев типа "Пересвет", в результате чего "Петр Великий" имел бы четыре 254-мм орудия длиной в 45 калибров. Кроме того, восемь 152-мм сорокапятикалиберных орудий располагались в верхнем бронированном 102-мм каземате, подобном каземату в первом проекте. Столько же 47-мм орудий устанавливалось на мостиках. Прежняя броня пояса и бруствера заменялась соответственно на 152- и 127-мм "круппированную" броню. Башни имели 229-мм плиты. Палубная железная броня (76 мм) вне каземата менялась на двойную стальную броню, состоящую из 63,5-мм и 12,7-мм листов. Верхний каземат покрывался бронированной 38,1-мм палубой. Предполагаемая к установке броневая рубка имела 203-мм броню. Этот вариант, признанный впоследствии окончательным, хотя и нес в себе некоторое ослабление огневой мощи, но при этом корабль был более остойчив (метацентрическая высота составляла 1,52 м) и имел осадку не более 7,92 м, что вполне отвечало требованиям МТК. Окончательно нормальный запас угля составил 884 т (вместо прежних 1300 т), а район плавания 13-узловым ходом определялся в 1760 миль. При таком переоборудовании, где в основном производилась перестройка верхней части броненосца, в районе миделя над главной броневой палубой корпус в оконечностях не получал дополнительно скольнибудь значительных изгибающих моментов, а машинные и котельные отделения оставались нетронутыми.