Несмотря на то, что на корабле отсутствовали обе башни (1007 т) и уголь, наибольшая осадка равнялась 7,14 м. Для перехода по фарватеру необходимо было снять часть плит в кормовой части бруствера и затопить несколько носовых водонепроницаемых отделений. В августе начали снимать броню. Эта работа оказалась весьма трудоемкой из-за ржавчины на болтах, крепящих плиты. Через две недели демонтировали одиннадцать 178-мм плит кормового закругления и четыре 356-мм крайних кормовых плиты бруствера. Снятые плиты уложили на палубу в носовой части, достигнув этим значительного уменьшения дифферента на корму.
В конце сентября на корабле, ошвартованном у заводской стенки Балтийского завода, широким фронтом начали демон – тажные работы. Снимали оставшуюся броню бруствера, подкладку, так называемое "клетчатое железо"; разбирали мостик с надстройкой, кормовой переходный мостик с рубками, фундаменты под катки башен, переборки внутренних помещений на броневой палубе. Затем заводская комиссия осмотрела магистральную трубу водоотливной системы. После столь длительного периода службы она частично пришла в негодность. Так в междудонном пространстве между 50 и 79 шпангоутами она проржавела настолько, что легко деформировалась от удара молотка, хотя все ответвления оказались вполне исправными. В хорошем состоянии оказалась только часть трубы между 22 и 50 шпангоутами, непосредственно под котлами, так как се меняли в 90-е годы. Комиссия пришла к заключению: оставить эту часть трубы, а во всех других отсеках установить автономные турбины с патрубками.
У стенки Балтийского завода
В начале ноября после решения МТК установить котлы с яхты "Полярная Звезда" их доставили на завод. Заводу предстояло отремонтировать десять котлов и при установке добавить к ним еще два для обеспечения достаточной паропроизводительности.
К концу ноября "Петр Великий" представлял собой непривычный взгляду вид: отсутствовали все надстройки, была разобрана броневая палуба, через которую заканчивалась выгрузка старых котлов.* Выгрузив котлы, начали очищать от ржавчины трюм, и к 4 декабря 1903 года комиссия начала освидетельствование корпуса. Корпус нашли в хорошем состоянии. В январе 1904 года начали разбирать главные машины. Оказалось, что часть деталей все же придется изготовить заводу заново. Одним из серьезных дефектов явилось наличие глубоких трещин в одном из цилиндров и в одном шатуне.
Известие о начале русско-японской войны застало завод в разгаре работ, объем которых увеличивался с каждым днем. Но после получения плачевных известий из Порт-Артура все силы перебросили на достройку имевших большую степень готовности броненосцев "Князь Суворов" и "Слава", и вполне естественным было почти полное прекращение работ на "Петре Великом".
В начале марта была осмотрена выступавшая почти на 2 м подводная медная обшивка. Оказалось, что дерево в местах повреждений медных листов на значительном протяжении сгнило. И хотя там, где не была нарушена целостность медного покрытия, дерево сохранилось, предстояло все же заменить многие доски. До мая экипаж занимался этой работой.
Учебный корабль "Петр Великий": а – боковой вид; б – вид сверху
Принятое в августе 1904 года Государственным советом решение о посылке на восток Второй тихоокеанской эскадры вовсе остановило все работы. До сентября Балтийский завод готовил к походу корабли вновь сформированной эскадры. Только спустя две недели после ее ухода работы на "Петре Великом" возобновили. 30 октября произвели испытания наливом воды в междудонное пространство между 42-46 шпангоутами. Начали учитывать боевой опыт войны. На кораблях вводили бесштоковые якоря Холла, так как уборка адмиралтейских якорей при помощи кат- балки требовала много времени и большого числа людей на верхней палубе. По просьбе командира "Петра Великого" капитана 1 ранга Чернышева легкую ходовую рубку заменили на бронированную, перенеся ее с нижнего мостика на верхний. Это преследовало цель – управлять кораблем из одного места. Но все же, принимая во внимание тесноту боевой рубки, Чернышев предложил в мирное время для штурмана иметь отдельную рубку за фок- мачтой*.