Еще в 70-гг. XIX в. в соответствии с разрабатывавшимися Макаровым основными принципами обеспечения непотопляемости на корабле был установлен первый образец водоотливной системы с магистральной трубой, а в 1885 г. по указанию Макарова изготовлен пластырь для заделки больших таранных пробоин. Макаров также успешно испытал на "Князе Пожарском" разработанное им приспособление для стрельбы в штормовых условиях с закрытыми орудийными портами из относительно низко расположенной центральной батареи.
В июне 1885 г. "Князь Пожарский" принял участие в работах по снятию с мелководья броненосной батареи "Кремль”, выбросившейся на берег на южном побережье Финского залива.
В 1887 г. на фрегате заменили котлы. К 1890 г. из старой артиллерии на его вооружении остались лишь две 203-мм. две 152- мм и четыре 87-мм пушки. Взамен них появились два более скорострельных 64-мм орудия системы Барановского (они, будучи с колесными, лафетами служили и для десанта), две 47-мм и пять 37-мм пятиствольных револьверных пушек Готчкисса. одна 37-мм пушка для установки на марсах, а затем и два надводных торпедных аппарата.
1 февраля 1892 г. **Князь Пожарский” в соответствии с новой классификацией судов флота, утвержденной '“Высочайшим повелением” 30 декабря 1891 г., стал крейсером 1 ранга. Однако корабль, плававший в то время в отряде судов Морского кадетского корпуса, уже не имел серьезного боевого значения.
Выдвинутый в 1893 г. проект его капитального обновления, предусматривавший превращение в быстроходный безрангоутный океанский крейсер с современной артиллерией. не осуществился. В наступивший период бурного развития военной техники "Пожарскому’* осталась лишь скромная роль учебного корабля, в класс которых его официально зачислили значительно позднее — 24 марта 1906 г. В эти годы (1897 - 1906) корабль продолжал оставаться в отряде судов Морского кадетского корпуса, каждый год отправляясь в плавание в Балтийское море с кадетами на 3-4 летних месяца. Так. во время летней кампании 1906 г. “Пожарский" почти все время находился в порту, лишь изредка выходя в море посетив Гангэ. Ревель и Гельсингфорс.
В конце июля 1906 г. корабль перевели в Транзунд. а затем в Кронштадт. 15 февраля 1907 г. в ответе на вопрос опросного листа о возможном дальнейшем предназначении корабля его командир указывал: “Вообще как боевое судно “Князь Пожарский" значения иметь не может, но как учебное судно может примести огромную пользу отечеству и флоту". Однако кораблю не суждено было долго служить даже и в этом качестве. 24 сентября 1909 г. "Князь Пожарский” был сдан к порту, а 14 октября того же года, одновременно с бывшими броненосцами береговой обороны “Смерч" и "Тифон". зачислен в блокшивы, получив имя "блокшив № 1".
В этом качестве бывший крейсер, стоявший в Свеаборгском порту, использовался как помещение для команд миноносцев 2- й Минной дивизии. 14 апреля 1911 г. его исключили из списков судов флота.
Назначается: Флигель-адъютант капитан 1 ранга Макаров — командиром броненосного фрегата “Князь Пожарский" с оставлением в звании флигель- адъютанта.
Сентябрь 1869 г., г. Кронштадт
С “Русалкой” я совершенно разделался, так что работы ровно никакой, аромя начинало идти уже совсем однообразно, как вдруг манную господь послал с небес. Можете вы себе представить, хожу л сегодня из угла зала в угол спальни и обратно (11 шагов), как вдруг входит рассыльный. Развернул я приказ, вижу — и очам не верю: мичман Степан Макаров, циркуляр за № 1000. назначается на фрегат “Князь Пожарский” для кампании сего лета. “Чудесно. — думаю я себе, — отлично”, а “Пожарский". если вам известно, это лучшее судно всего русского флота.
Радуюсь-то я. собственно не тому, что эти две недели проплаваю, а тому, что теперь есть некоторые задатки на дальнее плавание. Видите ли. фрегат новый, будет иметь большие мачты, стало быть, будет для дальнейшего плавания годен более других, а главное, что командир — племянник управляющему Морским министерством. вот почему больше всего вероятности идти в Средиземное море на будущий год. Завтра надеваю саблю, шляпу и мундир, иду являться, а там опять пойдет вооружение с б утра до 6 час. вечера.