Крейсером командовали: капитан 1 ранга Вензель (марта 1902-сентябрь 1903 г.), капитан 1 ранга Гюлер (октябрь 1903-сентябрь 1904 г.), капитан 1 ранга Рампольд (октябрь 1904-февраль 1905 г.), капитан 2 ранга Хофман (март 1905-апрель 1906 г.), капитан 1 ранга Яспер (май-сентябрь 1908 г.), капитан-лейтенант Эрлер (и.о. октябрь 1908-сентябрь 1909 г.), капитан-лейтенант фон Бодекер (и.о. сентябрь-октябрь 1909 г.), капитан 1 ранга Вюрмбах (октябрь 1909-сентябрь 1911 г.), капитан 1 ранга Бертрам (сентябрь 1911-октябрь 1912 г.), капитан 1 ранга фон Крозиг (август 1914-март 1916 г.), капитан 2 ранга Фельдман (ноябрь-декабрь 1915 г. (и.о.).
Крейсер стал разведывательным кораблем I эскадры с июня 1902 г. С 8 по 20 июля состоялся учебный поход в норвежские воды, в августе он сопровождал яхту «Гогенцоллерн» на «свидание» монархов в Ревель. По окончании осенних маневров в связи с выходом в резерв второго флагмана 1-й эскадры броненосца «Курфюрст Фридрих Вильгельм» контр-адмиралы Притвиц и Гофман поднимают на крейсере свои флаги. I октября Притвиц передает дела контр-адмиралу Боркенхайну. Зимой (17 декабря) крейсер оказывал помощь севшему на мель у Корсера линкору «Виттельсбах».
Второй адмирал, командовавший 1-й эскадрой, находился на крейсере до тех пор, пока не решили объединить крейсера-разведчики всех эскадр в отдельное соединение. 1-е Разведывательное соединение образовалось 22 сентября 1903 г., но еще весной были сведены в одну эскадру крейсера «Принц Генрих», «Виктория Луизе», «Амазоне», «Ариадне». «Медуза» (с 12 апреля), «Ниобе» (с конца апреля), «Фрауэнлоб» (с 23 апреля) и «Блиц» (со 2 мая).
Крейсер «Принц Генрих» в различные периоды службы
В течение 2,5 лет вырабатывались методы руководства таким соединением. Сигналопроизводство оставалось по преимуществу флажным и фонарным в пределах видимости, что хорошо было для кильватерной колонны и совершенно не подходило для развернутого строя. Менялась тактика использования разведчиков, и соответственно должны были измениться и виды связи. Из корабля линии разведчик все больше превращался в отдельный корабль.
Особенно успешным в освоении новых методов было командование преемника Боркенхагена — контр-адмирала Густава Шмидта.
На маневрах 1903 и 1904 гг. «Принц Генрих» не участвовал. С 7 мая по 10 июня 1903 г. крейсер посетил ряд портов Испании, в том числе Виго (20-30 мая). С 25 января по 1 февраля 1904 г. экипаж крейсера помогал разбирать завалы уничтоженного пожаром норвежского города Алезунд. Летом «Принц Генрих» в составе флота ходил с визитом в Англию. По результатам осенних маневров крейсер «взял» Императорский приз за отличную стрельбу.
3 декабря контр-адмирал Шмидт перешел с «Принца Генриха» на только что вступивший в строй «Фридрих Карл». Командующий вновь возвратился на старый флагман 11 марта и был на нем до 20 июня 1905 г., то есть на время конвоирования «Фридрихом Карлом» яхты «Гогенцоллерн». Летом 1905 г. «Принц Генрих» ходил в Уддевалле и Задертельге.
Немцев очень заинтересовали угольные погрузки в открытом море на эскадре Рожественского, и в пути были начаты испытания устройства угольной погрузки конструкции инженера Дойне. По причине выбытия из строя «Фридриха Карла» (снятие с мели и ремонтные работы) на крейсере вновь был поднят (с 10 по 26 августа) флаг командующего разведывательными силами.
Крейсер «Принц Генрих».
(Сведения о корабле, опубликованные в английском справочнике «JANE’S FIGHTING SHIPS». 1909 г.)
1 октября в Разведывательном соединении появилась должность второго адмирала. Ее занял капитан 1 ранга Винклер, разместившийся на «Принце Генрихе». Таким образом, крейсер оставался флагманским до 2 апреля 1906 г. Но уже 4 апреля он вышел в резерв. С исключением корабля из активной службы сменились и места пребывания командующих соединением. Адмирал был на «Йорке», второй адмирал — на «Фридрихе Карле».
«Принц Генрих» вводится в строй спустя два года (15 мая 1908 г.), теперь исключительно как учебно-артиллерийский корабль для практики кадетов морского артиллерийского училища в Зондербурге. В таком качестве он оставался до 31 октября 1912 г., т.е. до смены его «Принцем Адальбертом».
Следует отметить, что все перестройки, связанные с размещением классов, кадетов и т.д. проводились с тем расчетом, чтобы в случае надобности крейсер мог быть использован по прямому назначению. Так случилось и с «Принцем Генрихом». С началом первой мировой войны все ремонтные работы были закончены, крейсер вступил в строй 5 августа 1914 г.