Предстояло усовершенствовать и электрооборудование. Старые динам о машины, установленные в 1893 г., снимались, и монтировались новые, более мощные “пародинамо” по 320 ампер каждая, и 2 по 200 ампер.
19 сентября 1898 г. комиссия Кронштадтского порта, в состав которой входил и уже назначенный наблюдающим за ремонтом “Нахимова” младший судостроитель П.Ф. Вешкурцев, осмотрела двойное дно корабля. Оно, как и указывал командир во многих местах, проржавело. Особенное беспокойство вызывали три пояса в районе котельных отделений и нижний пояс обшивки средней водонепроницаемой переборки. Они проржавели наиболее сильно и “местами имели сквозные дыры”. По мнению П.Ф. Вешкурцева, на зиму “Нахимов” следовало ставить в док.
Чуть позже трюм “Нахимова” осмотрел и старший судостроитель Д.В. Гуляев. Он считал, что для подготовки корабля к плаванию летом 1899 г. предстоит произвести замену части листов двойного дна и даже корпуса. “Важным делом, не требующим отлагательства, считаю доставку стали для этих работ”, — писал он в МТК 29 сентября.
26 сентября, когда “Нахимов” уже стоял в Средней гавани, его посетило уже более высокое лицо в чиновничьей иерархии Морского ведомства. Это был Инспектор кораблестроения Н.К. Глазырин. "Всего в 34 листах сильное утончение от ржавчины, а в некоторых листах появлялись даже сквозные дыры от ударов молотком, и по звуку листы имеют дурное качество", — таково после осмотра было его мнение. Н.К. Глазырин пришел к выводу, что особенно тонкие листы следует усилить подкладками, и это даст "возможность службы корабля еще около 10 лет".
Строителю корабля — Балтийскому заводу, а именно ему поручили ремонт, требовалось не менее трех месяцев “форсированных работ” для того, чтобы подготовить крейсер к навигации 1899 г. Более всех степень сложности предстоящего ремонта осознавал его директор С.К. Ратник. "“Нахимов” нельзя делать на воде, — писал он в МТК, — так как в виду старости корпуса эту работу я не рискну производить на плаву, и вследствие тряски от клепки может быть потревожена водонепроницаемость наружной обшивки, а особенно после ослабления во время отсутствия поясов второго дна. подлежащих замене". Опасения С.К. Ратника подтверждал и осмотр корпуса заводскими рабочими. Выяснилось то, что к обнаруженным ранее 34 листам следовало добавить еще 24, находившихся также в плохом состоянии.
Еще до постановки “Нахимова” в док, в период с 26 сентября по 8 октября, на Балтийском заводе прошли гидравлические испытания его котлы. В середине октября их доставили в Кронштадт. Спустя месяц — в середине октября, сразу же после выхода из Константиновского дока крейсера “Минин” на его место встал “Нахимов”. После осмотра наружной обшивки она, вопреки ожиданиям, оказалась в хорошем состоянии, хотя и нуждалась в ремонте.
Помимо производства корпусных работ, в МТК первостепенным считалось и перевооружение “Нахимова”. Сами обстоятельства заставляли менять старую артиллерию на новую "45-калиберную", и соответственно переоборудовать крюйт-камеры и бомбовые погреба. Составить проект перевооружения поручалось старшему офицеру крейсера лейтенанту Герасимову. И хотя необходимость перевооружения “Нахимова” всем была очевидна, в МТК, этой огромной бюрократической организации, вслед за решением о замене артиллерии последовала малозаметная строка, что “в случае, если вооружение останется прежним, то следует все же заменить малокалиберные пушки”. Это был самый дешевый для казны и самый легкий путь для чиновничьего аппарата в решении главной проблемы, и, как мы увидим ниже, он им и воспользовался.
3 ноября по вопросам перевооружения “Нахимова” в МТК состоялось очередное совещание. Уже тогда при подготовке крейсера к кампании следующего года началась спешка, так как по указанию управляющего Морским министерством корабль спустя год непременно должен будет уйти в очередное дальнее плавание. И Управляющий облегчил работу Комитета. По его указанию крейсер уйдет в поход со старой 203- и 152-мм артиллерией. В тот момент на их замену не было ни средств, ни желания, ни времени. Но орудия все же следовало отремонтировать, “не трогая устройств самих башен”, и заменить старые заряды дымного пороха на новые — бездымные. Одним словом, основная огневая мощь корабля оставалась прежней — какой она была спроектирована за 16 лет до этого.
Продольный разрез и план барбетных установок броненосного крейсера “Адмиирал Нахимов”.
На малокалиберную артиллерию на заседании Комитета времени отвели мало. Решили имеемые 4-х фунтовые и 47-мм пятиствольные орудия “ввиду ее устарелости и недостаточности” при отражении минных атак заменить на 16 новых 47-мм одноствольных орудий Готчкисса. К тому времени Обуховскому заводу уже заказали мостики над средними башнями и планировали поставить на них по 2 пушки с каждого борта с углом обстрела для каждого орудия в 155°. По одному орудию с каждого борта решили установить на оконечностях переднего мостика (угол обстрела 130°). Для этого сам мостик следовало сделать шире на 1,1 м.
На верхней палубе на каждом борту (у 104 шпангоута) на местах, где до этого стояли 47-мм пятиствольные орудия, также планировалось установить по 1 орудию (угол обстрела 127°). Два орудия следовало установить на кормовой штурманской рубке, для стрельбы на корму, поверх шлюпок и кормовой башни, и по три орудия на марсах фок- и грот-мачт. Расположение башен не позволяло разместить часть мелкокалиберных орудий на верхней палубе. Четыре старых 37-мм пятиствольных орудия остались стоять как и прежде — два на кормовом балконе и два на верхней палубе, под крыльями носового мостика. Сохранились и пушки Барановского, но только для десанта.
После проведения подобного перевооружения “Нахимов” заметно усиливал свою противоминную оборону. На нос и корму могли стрелять по четыре 47-мм орудия, а на борт семь 47-мм и одно 37-мм. Вес снятых старых четырех 4-фунтовых и восьми 47-мм орудий составлял 11,1 т, новых всего 9,7 т. Всего же с выполнением работ по замене малокалиберной артиллерии ее вес увеличился на 1,8 тонны. Но это был вес весьма малый по сравнению с экономией в 180 т, которую несла замена рангоута и снятие бушприта.
Предстоящие работы потребовали изменить и установку компасов. После ремонта кормовой путевой компас перенесли на кормовую рубку в район 116 шпангоута, а главный компас, стоявший на рубке на мостике над средними башнями, — на носовую боевую рубку. В этой рубке установили и боевой компас. В штурманской рубке на 34 шпангоуте поставят еще один ходовой компас, и, кроме того, один компас в румпельном отделении между 123 и 127 шпангоутами.
Рангоут, в русском флоте олицетворявший собой вместе с одной массивной трубой силуэт только “Нахимова”, во время ремонта полностью заменили. Бывшие стальные мачты обрезали, заменив деревянные марсы на стальные — боевые. Стеньги и брам-стеньги заменили на стеньги-однодревки диаметром 330 мм. На фок-мачте находилась только одна легкая сигнальная рея, а на ее топе установили легкую площадку размером 2 х 2,2 м для прожектора. Грот-мачта (диаметром у топа 2 фута 7"2 дюйма) имела одну рею и гафель для флага. Бушприта не было вовсе.
Боевые марсы — сначала предполагали вооружить 47-мм одноствольными орудиями Готчкисса, но затем от этого отказались, они были слишком тяжелы, и на каждом установили по два пулемета. В новое боевое освещение вошли 5 75-см прожекторов системы Манжена.
Столь обширный ремонт, а по сути модернизация, в конечном итоге потребовал в течение зимы и весны 1899 г. огромного напряжения сил как Балтийского завода, так и наблюдающего от Морского министерства младшего судостроителя П.Ф. Вешкурцева. Работы шли интенсивно. Чтобы не сорвать выход на испытания, отказались даже от замены изрядно “постаревших” в долгих плаваниях деревянных световых люков и щитов в каютах, так как, по мнению МТК, это была “слишком большая работа” и она задержит изготовление крейсера к плаванию.