Конечно, говорить о том, что поручик Брюс и молодой царь сразу стали близки друг другу, излишне. Служба Якова Вилимовича проходила под непосредственным командованием П. Гордона, который, как следует из его дневника, 17 сентября 1689 года был вызван царем в Александровскую слободу, где показывал ему учение солдат. 18-го Гордон проводил перед государем конное учение и боевую стрельбу. Такие же учения проходили 19-го в 10 верстах от слободы, в Лукьяновой пустыни, 20 и 21 сентября — в поле. В этих «марсовых потехах» поручик Брюс, безусловно, принимал участие.
В начале октября, после переселения Софьи в Новодевичий монастырь, Петр вместе со свитой и войсками возвращается в Москву. В этот период происходят новые назначения на государственные должности и учреждение полков, которым в будущем суждено будет вытеснить стрельцов. Всего было образовано 4 полка, в каждом из которых было по восемь тысяч человек. Первый — Гордона, второй — Лефорта, третий — Преображенский, четвертый — Семеновский. Позже Преображенский полк был распределен по кораблям на морскую службу.
Жизнь в Москве сопровождалась смотрами и учениями. Так, 22 февраля 1690 года, по случаю рождения наследника престола Алексея, в Кремле прошел смотр полков, закончившийся стрельбой. На следующий день, в воскресенье 23 февраля, совершено было над царевичем таинство крещения в Чудовом монастыре, а в 4 часа пополудни приходили с поздравлением два солдатских и остальные шесть стрелецких полков с той же церемонией, что и накануне.
Следующий парад войск, о котором сообщает П. Гордон, проходил в селе Воскресенском на Пресне. Царь выехал туда 26 февраля. По случаю Масленицы в Воскресенском был устроен фейерверк. Празднество началось пальбой из пушек, сначала из каждой в отдельности по два выстрела в цель, а потом залпами из всех пятидесяти холостыми зарядами. Затем происходил парад войск. Войска проходили перед государями маршем, а затем, разделясь на два отряда, произвели нечто вроде примерного сражения, сопровождавшегося пальбой залпами. Когда стемнело, зажгли фейерверк на переднем дворе Пресненского дворца, он горел в течение двух часов. Затем на внутреннем дворе этого дворца был сожжен другой фейерверк, еще больших размеров, приготовленный самим царем и продолжавшийся три часа. По всей вероятности, техническую сторону обустройства обеспечивал зять П. Гордона Рудольф Страсбург (умер в 1692 году), который занимался фейерверками и «гранатным делом».
В мае того же 1690 года в Преображенском происходили особенно энергичные военные упражнения, о которых пишет в своем дневнике П. Гордон. 12 мая — учение конницы; 15 мая конница упражнялась с оружием; 22 мая конница маневрировала. Это была подготовка к очередному потешному сражению, которое состоялось 2 июня и едва не закончилось несчастьем. Брали штурмом двор в селе Семеновском. В дело были пущены ручные гранаты — глиняные горшки, начиненные порохом. Одну из таких гранат разорвало около Петра и опалило ему лицо. Гордон и несколько стоявших поблизости генералов были легко ранены.
Это происшествие несколько прервало череду учений и военных потех, которые возобновились 4 сентября. В этот день устраивались маневры, в ходе которых Стремянной стрелецкий полк сражался против потешных, семеновской пехоты и конницы московского дворянства. Еще два стрелецких полка действовали один против другого. Через неделю, 11 сентября, потешные бились со стрельцами Сухарева полка. Бои чередовались веселыми пирами. Трудно сказать, был на этих пирах Яков Брюс, но в сражениях он, подчиненный генерала П. Гордона, наверняка участвовал.