В октябре следующего, 1691 года в окрестностях Семеновского и Преображенского состоялись большие маневры, более известные как второй Семеновский поход. 6, 7 и 9 октября армия под предводительством «генералиссимуса» Ф. Ю. Ромодановского противостояла нападениям грозной армии другого «генералиссимуса» И. И. Бутурлина.
В 1692 году Яков Брюс получает новое назначение. Он переводится в Белгородский полк, командиром которого с 1688 года был Борис Петрович Шереметев. Так начинается служба Якова Вилимовича под командой Шереметева, переросшая впоследствии в крепкую дружбу.
В следующем, 1693 году Брюс пожалован в ротмистры, т. е. становится капитаном кавалерии.
Именно об этом периоде в жизни Петра А. Г. Брикнер, ссылаясь на исследования Н. Г. Устрялова, сообщает: «Подобно отношениям с Гордоном, Лефортом и бароном Келлером, было существенно и влияние других иностранцев. От сына голландского купца, занимавшегося в царствование Михаила Федоровича горным промыслом в России, Андрея Виниуса, Петр также узнал очень много сведений о Западной Европе. Виниусу давались посольские поручения, он перевел несколько книг на русский язык, составил географическое исследование, был дипломатическим агентом в Малороссии, заведовал Аптекарским приказом и в царствование Петра управлял почтами. В этой должности он мог быть прекрасно осведомленным обо всех событиях. Петр часто бывал в его обществе и охотно пользовался его многосторонними техническими знаниями в горном деле и в кораблестроении, выписывал из-за границы через посредство Виниуса модели и инструменты, ремесленников и книги. Он поручал ему переводить голландские книги, приготовлять пушки и порох, устраивать оружейные заводы. Впоследствии Виниус основал Морскую школу.
Среди лиц, в обществе которых находился Петр в первые годы после государственного переворота 1689 года, встречаем мы еще Георга фон Менгдена, бывшего полковником того самого полка, в котором сам царь числился сержантом, потом майора того же Преображенского полка Адама Вейде, весьма опытного в инженерном деле, затем капитана Якова Брюса и переводчика Посольского приказа Андрея Кревета, которому Петр давал поручения, однородные с Виниусом».
Поездки Петра в Архангельск
4 июля 1693 года Петр I отправляется в поездку в Архангельск, ставшую знаменательной и для нашего героя. Вот что сообщает о составе делегации М. М. Богословский: «4 июля на рассвете Петр выехал из Москвы. Его сопровождала большая свита, в состав которой входили бояре князь Б. А. Голицын, князь М. И. Лыков, Ю. И. Салтыков, В. Ф. Нарышкин, A.C. Шейн, князь К. О. Щербатой, князь М. Н. Львов, кравчий К. А. Нарышкин, генерал Лефорт, думный дворянин Ф. И. Чемоданов, постельничий Г. И. Головкин, ближние стольники князь Ф. Ю. Ромодановский и И. И. Бутурлин (оба генералиссимусы), князь Ф. И. Троекуров, Ф. М. Апраксин, Ф. Л. Лопухин, С. А. Лопухин, 18 стольников, неизменный спутник Петра во всех походах думный дьяк Н. М. Зотов, дьяки Виниус и Воинов, доктор Захарий фон-дер-Гульст, крестовый священник Петр Васильев с восемью певчими, двое карлов — Ермолай и Тимофей, сорок стрельцов при трех капитанах во главе с полковником Сергеевым…. Кроме стрельцов, Петра сопровождали 10 человек потешных с трубачом. Всего свита доходила до 100 человек. Здесь был и капитан кавалерии Яков Брюс, отозванный из полка Шереметева Петром».
Архангельск был единственным морским портом, находившимся на территории Российского государства. Как порт он был открыт англичанами в 1553 году. В поисках северного пути в Индию английские корабли двигались тогда вдоль побережья Северного Ледовитого океана, обогнув Скандинавию, Кольский полуостров, они оказались в Белом море, где и была выбрана стоянка для судов — тихая бухта, названная в честь архангела Михайла — архистратига, который считается покровителем воинов, бьющихся за правое дело, кроме того, считается, что этот святой охраняет небесные врата рая. Именно так англичане воспринимали порт Архангельск. Обнаружили они здесь и «индийцев» — жителей побережья Белого моря — поморов, занимающихся рыбным и охотничьим промыслом. Пушнина оказалась не менее ценна, нежели драгоценности Индии. Так англичане, а затем и голландцы налаживают товарообмен с поморами, превратив Архангельск в настоящие врата рая — единственное для России окно в Европу. Именно через Архангельск поступали на территорию страны иностранные товары, выезжали торговать по России и иностранные купцы. Правда, Новоторговый устав 1667 года запретил розничную торговлю иностранных купцов на территории страны, поэтому в Архангельске шла торговля оптовая. Русские купцы закупали товар у иностранцев и везли его для реализации по стране. В Архангельске было даже построено огромное каменное здание, более версты в окружности, обороняемое со стороны Двины шестью башнями с бойницами, валом и палисадом.