Еще одним из итогов английского путешествия Брюса стала разработка совместно с Адамом Вейде воинских артикулов, «в которых содержится уложение о наказаниях, изготовил по образцу подобных же уставов, принятых у других великих государей».
В июле 1699 года Брюс сообщает Петру: «По твоему государскому писанию к Адаму Вейде, послал я к тебе, государю, краткое описание законов (или правил) шкоцких, агленских, и францужских о наследниках (или первых сынах). Також напоминая твой государев приказ в агленской земле, послал к тебе, государь, описание чинам, которые были у агленскаго короля у артиллерии на войне и во время миру, такожды о их жалованьи поденном в войне и о годовом во время мировое». Таким образом, Брюс помогает Петру Алексеевичу в подготовке принятия будущего закона о единонаследии, изданного 23 марта 1714 года, а также в работе по формированию регулярной армии.
После пребывания в Англии Брюс более подготовленным подходит к исследовательской работе, используя присылаемые из-за границы приборы и инструменты. Об одном из таких инструментов, очень пригодных для путешественников, он сообщает Петру в том же 1699 году, рассказывая, что инструмент этот помогает «сыскать полус гогде (или элевацию поли), без всякого вычету и не ведая деклинации солнца и не имея инструментов, кроме циркуля и линиала». К инструменту он приложил чертеж и описание, как им пользоваться.
Часть третья
СЕВЕРНАЯ ВОЙНА
В июне 1700 года, после открытия обсерватории, при формировании регулярной армии Брюс был пожалован в генерал-майоры от артиллерии. Началась интенсивная подготовка к войне со Швецией. 8 августа был подписан мирный договор с Турцией, поэтому на следующий день Петр I пишет из Москвы новгородскому воеводе князю И. Ю. Трубецкому: «Ныне мы, при помощи божией, начали войну против Шведов и сегодня послали для блакира и пресечения путей в Ижерскую землю генерал майора Якова Брюса».
Поручение, данное Брюсу, было ответственным, без блокировки путей и подходов к Нарве немыслимо было начать ее осаду. Однако отряд Брюса столкнулся с непреодолимыми трудностями, связанными, видимо, с бездорожьем, и прибыл в Новгород с опозданием. Это и вызвало гнев царя. Об этом сообщает Н. Г. Устрялов в «Записке о ругодевском (нарвском) походе»: «28 июля 1700 года посланы из Москвы Яков Брюс, Иван Чамберс, Василий Корчмин до Новгорода, на скоро, и поспели в Новгород в 15 дней, за что гнев воспринял от его величества Яков Брюс и от команды ему отказано. Послан, вместо Брюса, с полками, новгородский воевода Ив. Юр. Трубецкой». В итоге Брюс был отстранен от командования войсками, как об этом сообщает М. Д. Хмыров, «несколько времени находился в опале, а потом, когда оправдания его признаны основательными, возвращен к отправлению прежних должностей». В этот период в Москве в здании Сухаревой башни идет интенсивная работа по открытию математической навигационной школы для подготовки специалистов морского флота и инженеров. Талант Брюса, его организаторские способности были направлены именно на это, тем более что иностранные ученые, создававшие школу, сталкивались с проблемами, связанными с российским менталитетом. Успешно разрешить их мог человек, живший в России, имевший авторитет и находившийся на «короткой ноге» с Петром, вдобавок еще и специалист. (Так, будущий директор навигацкой школы Фарварссон удивлялся, что даже самые простые вопросы, связанные с ее организацией и материальным обеспечением, невозможно решить без вмешательства царя или взятки.) Таким человеком и был Брюс. Поэтому фраза М. Д. Хмырова «возвращен к отправлению прежних должностей» означает не что иное, как продолжение его работ в Москве.
На должности губернатора Новгорода
В мае 1701 года, после открытия школы, Яков Вилимович назначается на должность губернатора Новгорода вместо взятого в плен под Нарвой князя И. Ю. Трубецкого и командует большей частью артиллерии, т. е. частично исполняет обязанности также плененного под Нарвой генерал-фельдцейхмейстера Александра Арчилловича.
Назначение Я. В. Брюса на должность губернатора Новгорода было неслучайным.