В следующем, 1655 году Вилим Брюс пожалован в подполковники и под командованием Иоганна Лесли участвовал в походе под Вильну, где поляки были разбиты и в конце июля 1655 года Вильна была взята.
В 1656 году начались военные действия против Швеции, напавшей с севера на Речь Посполитую. Брюс сообщает, что «во 7164 [1656] году из Москвы послан на службу Великого Государя под Ригу и з дороги из с под Полоцка з боярином Семеном Лукьяновичем Стрешним [Стрешневым] послан… под Динаборк…А из под Динаборка пришли под Куконаус и Куконаус приступом взяли.
И после того был под Ригою». Здесь при осаде Риги Брюс получил ранение: «и на выласке в трех местах ранен: в левую ногу да правый бок». П. Гордон утверждает, что осада Риги осуществлялась самолично царем, который вернулся в Москву с частью войск только после снятия осады, продолжавшейся шесть недель.
Напомню, что речь идет о царе Алексее Михайловиче, которого называли Тишайшим, считая, что он вообще не участвовал в военных действиях и дальше Преображенского из Москвы никуда не выезжал. В 1658 году В. Брюс после двухлетнего пребывания в Смоленске «по имянному указу за тое военную службу и за раны на Москве пожалован он изс подполковников в полковники в салдацкой же строй…».
Так, через четыре года после начала военных действий (а фактически, за сражения 1654–1656 годов) Вилим Брюс дослужился от прапорщика до полковника русской армии. «И послан на службу Великого Государя в Курск с полком. И после того был в Волхове и во Белеве. И по указу Великого Государя тот ево полк в Белеве роздал по разным приказом в стрельцы, а ему по указу Великого Государя и по грамоте велено быть к Москве с начальными людьми. И с Москвы послан в Смоленск с полком».
Полк Брюса принимает участие в военных действиях под Могилевом в 1660 году, где входил в подчинение князя Ю. А. Долгорукого.
В 1664 году полковника Брюса «пулькою ранили тяжелою увечною раною» под селом Сигновичи в Смоленском уезде.
После этого полковник Брюс в военных действиях участия не принимает.
В 1668 году сообщается о прибытии из Астрахани в Москву жены Брюса. Обстоятельства пребывания ее там пока неизвестны. Возможно, это связано с рождением сына Романа.
В русских архивах нет сведений о его жене. Письма Я. В. Брюса и его старшего брата Романа «братцу» Андрею Инглису, написанные в 1705–1706 годах после взятия Нарвы, давали повод российским исследователям, начиная с М. Д. Хмырова (1860-е годы), считать, что мать Якова Брюса первым браком была замужем за Юрием Инглисом. Брюс тогда получил земли в пригороде Нарвы, а Андрей Инглис был назначен комендантом Нарвы. Кстати, в письме указывается, что Брюс подарил сестре Инглиса Елене, бывшей замужем за H.H. Балком, дом.
Упомянутые уже исследования И. А. Блайс показывают, что жена Вилима Брюса приехала из Шотландии.
Впрочем, исследования родословной продолжаются.
До 1672 года Вилим Брюс жил в Смоленске, владея пожалованными ему двором и землями в Смоленском уезде. Однако при переформировании смоленских полков он был переведен в Москву. Все его поместья и вотчины в Смоленском уезде были отписаны на государя в 1673 году.
Живя в Немецкой слободе в Москве Брюс участвует в ежегодных весенних смотрах до 1679 года. Здесь в Москве выросли его дети, получили образование, которое позволило им впоследствии стать крупными военными и государственными деятелями. Этот вопрос освещается в исследованиях В. Ковригиной, которая пишет, что, еще до Петра I в царствование Алексея Михайловича, жители Немецкой слободы создавали школы при культовых учреждениях (кирхах, костелах), были подобные школы и в отдельных кварталах слободы, нанимались домашние учителя, гувернеры. Следовательно, получившее впоследствии распространение в России домашнее образование в Немецкой слободе существовало еще до Петра I. Здесь, пожалуй, важен не сам термин «домашнее образование», который предполагает обучение ребенка на дому нанятым для этого учителем, а само содержание процесса обучения, в ходе которого учитель практически передает не только свои знания, а жизненный опыт, «работая» в непосредственном контакте с учеником. Такой же характер был и у процесса образования в Немецкой слободе в то время. Иностранные специалисты, обучая своих детей, максимально пытались передать им свой жизненный опыт и знания, что не могло не сказаться на качестве образования. Хотя, естественно, определяющими в этом были таланты самих учеников. Кстати, В. А. Ковригина называет Романа и Якова Брюсов жителями Немецкой слободы, родившимися и выросшими здесь. Более того, она утверждает, что оба брата не только учились в Немецкой слободе, они и преподавали здесь.