Другой важнейшей проблемой эмирата было отсутствие квалифицированных военных кадров. Для обучения бухарских войск принимались в основном бывшие русские офицеры и офицеры из иностранных военнопленных. В отношении этой «кадровой политики» тоже много неясного. По словам разведчика Ф.Бейли, эмир не брал «на службу русских или других инструкторов из-за боязни раздразнить большевиков»{112}. П.П.Введенский тоже утверждал, что хотя «русские офицеры еще со времени демобилизации армии... пытались поступать на службу к Эмиру», тот категорически отказывался от их помощи «по религиозным соображениям, а главное – по соображениям того, что русские являются в настоящее время элементом непорядка и постоянно ссорятся между собой». Исключение делалось лишь для мусульман. В итоге армию инструктировали два турецких офицера из Афганистана{113}, а также афганцы и русские татары, причем англичан не было вовсе: «Есть афганцы-инструктора, есть татары – бывшие низшие чины, но в общем немного, до 25-30 человек»{114}. По другим данным, на 19 декабря 1919 г. в бухарской армии служило уже 150 турецких офицеров{115}. Однако имеется и довольно много свидетельств о русских офицерах у эмира. Возможно, их и не брали в командиры, но несомненно, что они обучали войска. Известно, например, что в начале сентября 1919 отряд Осипова находился в Ситораи Мохи-хоса, в 8 км от Бухары, где было свыше 300 русских, служивших в основном инструкторами по обучению бухарских солдат-пулеметчиков. Часть их была командирована в Карши, где находился еще один военный пункт. Там же в июне 1919 г. побывал и сам Осипов{116}.
К тому же, армию обучали и бывшие австро-венгерские и немецкие военнопленные из советского Туркестана или с железной дороги Бухары. Они, кроме того, составили основной рабочий ресурс в военной промышленности эмирата. Этому способствовало высокое жалование: «Главными пособниками вооружения и оборудования явились после бухарских событий пленные австрийцы, бежавшие со всех разоренных станций Бухарской ж[елезной] д[ороги] и Китабской ветки. Бухарцы им платили очень хорошее содержание, и австрийцы охотно шли к Правительству на службу. Они готовили бухарцам снаряды, поправляли старые орудия. Все это делалось секретно»{117}. По разным данным их насчитывалось всего до 2000 чел., но и этого было достаточно, так как промышленность Бухары ограничивалась несколькими железнодорожными мастерскими и кустарными заводами. Этого хватало в основном только на ремонт уже имеющегося оружия. Также пленные изготовляли патроны и снаряды, которые весной 1919 г. испытывались близ Бухары. Контрразведка Туркестана так сообщала об этом в докладе от 30 июня 1919 г.: «Находящиеся в заводе австрийцы сняты бухарским правительством после бухарских событий с бухарской железной дороги, где работали на паровозах, в мастерских и прочее. Небольшая часть из рабочих, бежавших из Туркестанской республики в Бухару, военнопленные, намеревающиеся пробраться дальше, но потом или сами собой поступили на завод [или] были принуждены бухарским правительством.
19 июня на одни Каршинские ворота прибыли 3 партии австрийцев: одна – в 6 человек и две – в 7 человек.
В последнее время иностранные рабочие с завода в город не пускаются. На заводе производится также ремонт имеющихся у частей винтовок, револьверов и пулеметов. Все винтовки и пулеметы, приобретенные правительством посредством скупщиков с разных сторон республики, поступают на завод для просмотра. Часто получаются винтовки в весьма грязном виде (заржавлены), а пулеметы в разбросанном виде, и часто к большинству пулеметов не хватает частей, что и затрудняет пускать их в действие, так как выработать ту или другую часть не только пулемета, но и винтовки мастерская не может. В мастерской австрийскими мастерами и техниками была попытка построить аэроплан, но попытка эта не увенчалась успехом...» .
Подчинялись военнопленные своим собственным офицерам, которые ввели жёсткую дисциплину. На оружейном заводе командовали австрийцы: фельдфебель Ланге и офицер Мур. В январе 1919 г., по тем же сведениям контрразведки, в Бухару прибыл из Ферганы германский офицер Циммерман, скрывавшийся после Осиповского мятежа{118}. В июне он привез отряд рабочих-«австрийцев», а затем отправился в Закаспий. Осенью 1919 г., по воспоминаниям М.Ф.Бейли, в Бухару прибыло еще около 250 «румын», больше половины которых осталось в Бухаре, а остальные отправлены в мастерские ферганских басмачей{119}.