В числе союзников эмира были и отряды басмачей, таких как Ибрагим-бек и Ходжа-Алимбай. Их эмир, простив грехи, наградил деньгами, снабдил оружием и назначил «военачальниками войск ислама». На подкрепление действовавших в районе Дербента отрядов было отправлено около четырехсот ферганских басмачей, в свое время бежавших от ударов Красной Армии в Восточную Бухару{14}.
Тем временем эмир и сам спешно формировал отряды. По всей Восточной Бухаре производилась принудительная мобилизация мужского населения в возрасте от 24 до 30 лет, для военных нужд у населения насильно реквизировалось конское поголовье, фураж и продовольствие. В Душанбе иностранные военнопленные снова создали мастерские по изготовлению оружия{15}. Так удалось сколотить ополчение – «каракалтак» («черные палки»). Эти отряды возглавили таджики Ишан Султан, Фузайл Максум из Каратегина, балджувонский тюрок Давлатмандбий и другие. Таким образом удалось сколотить относительно крупные силы в районах Куляба, Гиссара и Душанбе. Однако ополченцы были плохими солдатами и часто грабили и убивали мирное население. В это время сам эмир, находясь в Душанбе, чинил расправу над всеми, заподозренными в «джадидизме». В их число попал и Баратбек Хидоячи – правитель Каратегина{16}. Это была не единственная «ошибка» политики эмира. Например, активно печатались бухарские деньги, для обеспечения которых эмир по инициативе министра финансов Имам-Куля реквизировал имущество 80-ти хозяйств бухарских евреев в городе вплоть до женских украшений. Начались казни заподозренные в нелояльности. Реквизиции, мобилизации и насилия стали причиной недовольства{17}. Неудивительно, что уже в декабре 1920 г. в Каратегинском бекстве произошло восстание под руководством Усмана Мухамадаминова. Повстанцы ненадолго овладели Гармом, но вскоре их выбили бухарские войска; вожаки восстания были казнены{18}.
В середине октября сгруппировавшиеся вокруг эмира войска начинают проявлять активность. 17 октября 1920 г. Ширабад был занят противником силою до 1000 чел. После занятия города красными 10 ноября, бухарцы предприняли новое наступление, 27 ноября. По данным начальника Термезского гарнизона, численность противника, взявшего Ширабад, доходила до 7000 чел., переброшенных сюда из района Байсун – Гиссар.
К началу декабря 1920 г. силы бухарского эмира представляли уже довольно внушительную цифру, а именно:
Северный район (Денау – Сары-Ассия), по данным войсковой разведки к 4.12.20, – 4740 чел.;
Байсунский район, по тем же данным с 19.10 по 23.11.20, – 7000 чел., 5 пулеметов, 1 орудие;
Ширабадский район, по данным войсковой разведки 27.11.20, – 8000 чел.;
Левобережная группа (туркменское селение Хамнаб, близ Басага) – 5000 чел. (из них вооруженных 600 чел. при двух пулеметах).
Тыловой район:
а) Душамбе – ставка эмира – 5000 чел., 2 орудия;
б) Гиссар – 5000 чел.;
Итого: 34 740 чел., 7 пулеметов, 3 орудия. Правда, эти данные были явно преувеличены, к тому вооруженных из этого числа было лишь 4000-5000 человек{19}.
14 декабря 1920 г. эмирцы повели наступление на Гузар по Термезскому тракту со стороны Дербента силами до 1500 всадников. Части Гузарского гарнизона в составе 16-го кавполка и стрелкового батальона 3-го Туркестанского полка отразили удар противника и преследуя его, заняли кишлаки Кошулуш и Кайтам-тюбе{20}.
29 декабря 1920 г. Байсун был окружен частями байсунского бека, насчитывавшими, по советским сведениям, более 12 тысяч вооруженных, которые взяли крепость в осаду. Отряды бека отвели в сторону арыки, лишив гарнизон воды. Бойцы 2-го кавполка вынуждены были делать постоянные вылазки. Тем не менее, им удалось продержаться до подхода красных частей, бухарцы же в ходе осады потеряли до 3000 чел.{21}
На основании приказа командующего Туркфронтом от 27 ноября 1920 г. началось формирование Гиссарского экспедиционного отряда в составе 16-го кавполка, 3-й бригады 1-й Туркестанской дивизии, 5-го и 6-го кавполков и взвода конно-горной батареи артдивизиона 1-й Туркдивизии. К началу похода отряд насчитывал три кавполка с дивизионом конно-горной артиллерии, а его численный состав равнялся немногим более 1,5 тыс. человек с 22 пулеметами и двумя конно-горными орудиями. Командование отрядом было возложено на начальника кавдивизии Марсова. Поддержка этой операции возлагалась на Термезскую группу, которой была поставлена задача занять Ширабадское бекство 17 декабря 1920 г. Гиссарский отряд выступил из Карши на Байсун. Этот поход протекал в исключительно трудных условиях. Отряду приходилось действовать в глухом краю, пробираться с боями по горным тропинкам и отвесным кручам, испытывая нехватку боеприпасов, продовольствия и фуража. В ущелье Бузгала-хана 1-й Туркестанский кавполк разгромил эмирский отряд численностью свыше 10.000 человек, имевший задачу не допустить главные силы красной конницы на выручку байсунского гарнизона. Бухарцы бежали, не пытаясь даже задержаться на удобном для обороны перевале Ак-Кутай. 20 декабря 1920 г. с боем был взят Дербент. При поддержке прибывших из Байсуна отрядов бухарцы численностью до 3 тыс. человек, попытались вернуть Дербент, однако успеха не имели и, потеряв до 150 человек убитыми, отошли к Байсуну. На следующий день город был взят. Противник оказывал упорнейшее сопротивление, неоднократно переходил в контрнаступление, пытаясь вновь вернуть себе города и селения. Подтянув силы, бек захватил восточную часть города, но был выбит. В боях под Байсуном погиб и начдив Марсов. В тот же день после пятичасового ожесточенного боя был занят Шахрисябс. Противник несколько раз безуспешно пытался вернуть город, но, встретив отпор, вынужден был отойти на Китаб и Чиракчи. 24 декабря частями Термезского гарнизона был занят Ширабад. 27 декабря Самаркандский отряд под командованием В.М.Ионова овладел Чиракчи и Китабом. На следующий день эскадрон 1-го Бухарского кавполка и команды конных разведчиков бронепоезда № 28 и 61-го Туркестанского полка заняли Яккобаг.