Эмир долго колебался. По сведениям ЦК Бухарской компартии, для выработки решения о будущей войне 3-го, а потом повторно 5-го июня 1920 г. в ставке эмира было созвано совещание. Наиболее воинствующими лицами, стоявшими за выступление, являлись кази-калян, раис, афганский консул и сам эмир. Однако кушбеги Низамодин и кази-калян считали, что «сейчас не время открыть военные действия». В итоге эмир направил целых четыре посольства в с просьбой о военной помощи «в случае [каких-нибудь] непредвиденных осложнений»: в Кабул, Персию, Мешхед и Лондон{75}. По тем же сведениям, 15 июня из Мешхеда вернулся посланец Сафар-бий вместе с 25 английскими военными инженерами; он передал эмиру заверения британцев в оказании военной помощи. Также они советовали эмиру направить в Москву делегацию «для заверения дружбы», но не заключать никаких договоров{76}. Сведения про британских инструкторов весьма сомнительны, но действительно, Бухарой был послан в Ташкент представитель, а в Москву – чрезвычайное посольство.
Несмотря на дипломатические операции, в воздухе пахло войной. Бухара стала группировать в Самаркандском направлении войска во главе с Абдулкадыр-беком, который 8 июня получил назначение губернатора и «дополнительно 500 винтовок разного калибра»{77}. В столице спешно строились казармы, вокруг города и дворца эмира была усилена охрана. В июле 1920 г. был издан указ о запрещении ухода с военных заводов, откуда наблюдалось настоящее бегство{78}. Участились и инциденты на границе. 6 июля на 85-й версте от Кагана был убит советский летчик, совершивший вынужденную посадку. В июле у Чарджуя был убит курьер Хивинской республики, следовавший в Москву. Тогда же бухарские войска заняли советское селение Аман-Кутан в 35 км от Самарканда и обстреляли высланную советскую кавразведку. Бухарский бек самовольно присоединил Курган-Тюбинскую и Кызылкумскую волости к эмирским владениям.
8 августа 1920 г. из Ферганы в Бухару прибыло 320 басмачей с целью побудить эмира ускорить выступление против Советской России в «защиту ислама». Усилился нажим на эмира со стороны наиболее воинствующих групп духовенства и феодалов{79}. Под влиянием этой «партии войны» внутри своего двора эмир предъявил Туркестану ряд жестких условий. Фрунзе сообщал в Москву: «Бухара предъявляет России ряд невыполнимых требований, а именно: 1) вывести из пределов Бухары все наши войска; 2) передать охрану железной дороги бухарцам; 3) упразднить в русских поселках джигитов»{80}. Отмечались скопления англичан на Саранском направлении, что говорило о возможности их выступления на Мерв и Чарджуй. Была обнаружена группа афганских войск к югу от Кушки{81}. Все это настораживало большевиков и подталкивало к развязыванию вооруженного конфликта.
Однако эмир мог опасаться не только внешней угрозы, но и внутренней. В 1918-1920 гг. Бухара переживала тяжелый кризис. Из-за отрыва от русского рынка в Бухаре разразился голод, почти пропала мануфактура. Посевная площадь хлопка сократилась на 75%, крупный скот сократился на 50%, мелкий – на 75%. Каракуль и шёлк был объявлен достоянием государства и отправлялся на экспорт{82}. Милитаризация ханства требовала огромных расходов, налагаемых на декхан. К лету 1920 г. они составляли уже 70% годового дохода декханина. Изоляция от русских рынков, налоги, мобилизации – все это привело к тому, что само бухарское население стало восставать против существующих порядков. В 1918-1920 в ханстве прокатилась целая волна бунтов и беспорядков. Население Шаршаузского бекства послало к эмиру летом 1920 г. делегацию с протестом против войны. Тогда же ЦК БКП получил письмо бухарцев за 1500 подписями: «Война для нас вовсе не желательна, ибо мы не знаем другого врага, кроме эмира и его правительства»{83}. Волнения перекинулись и на армию – советские донесения регулярно сообщали о массовых арестах и казнях нелояльных сарбазов, причем репрессии широко шли и в столице. Летом 1920 г. недовольных солдат не решились даже вывести на учения. В августе 1920 г. один из отрядов угрозами добился освобождения из-под ареста своих 67 товарищей{84}. Недовольством быстро воспользовались бухарские коммунисты, которых активно снабжал Советский Туркестан. В 1919 г. началось формирование красных бухарских частей, состоявших из беглых бухарцев – в основном сарбазов. Уже к весне 1919 г. число перебежчиков насчитывало сотни; в Кагане к лету 1920 г. перебегало по 15-20 чел. в день. Активно разлагалось и ополчение. К 24 августа 1920 г. в наиболее распропагандированном рабочими чарджуйском бекстве из армии в 20 тыс., находящейся в крепости, осталось не более 2 тыс.{85}. Это позволило сформировать БКП даже партизанские отряды, которые активно действовали в Бухаре: убивали чиновников, следили за афганской границей{86}. Коммунистами было сорганизовано: в Сакарском районе Чарджуй – туркменский полк в 520 сабель; в городе – батальон в 500 чел.; в Новой Бухаре – 300, Каттакургане – 200, Керках – 270, Термезе – 200. В Самарканде был сформирован 1-й Восточно-мусульманский полк в 3000 чел. В Ашхабаде были открыты курсы бухарского комсостава, на которых обучалось 400 человек{87}.