Оставалось еще два претендента на русский престол — сам польский король Сигизмунд III и шведский королевич Карл-Филипп. Сигизмунд III, еще не ведая о катастрофе, постигшей польский гарнизон в Кремле, выступил в конце октября 1612 года в поход против Москвы. Он рассчитывал военной силой склонить Россию к признанию его власти. При подходе к Москве он послал главе Боярской думы Мстиславскому извещение, что отпустит Владислава в Москву, как только бояре пришлют ему послов для переговоров.
Победа Второго ополчения и освобождение Москвы от поляков свели на нет любую попытку польского короля возобновить возможность сговора. Династическая уния Речи Посполитой и России отошла в область преданий. На собственном опыте русские люди всех сословий убедились, что при помощи иноземцев, будь то поляки или шведы, порядок в стране установить нельзя, ибо иноземные помощники в первую очередь преследовали свои корыстные интересы. Рассчитывать следовало только на свои собственные силы.
Гонцы короля Сигизмунда III, явившиеся в Москву, были арестованы. Передовые отряды польского войска в то время стояли в Рузе, поэтому москвичи опять стали готовиться к обороне. Польские войска терпели неудачу за неудачей. Русское население отказывалось продавать провиант полякам, а войска ополчения наносили им сокрушительные удары. 27 ноября Сигизмунд III дал приказ об общем отступлении, и королевские войска отошли к Смоленску, который после падения стал для поляков основным опорным пунктом на русской территории.
Необходимость организовать военный отпор Сигизмунду III в ноябре 1612 года на короткий срок задержала организационную деятельность правительства Трубецкого и Пожарского. Главной задачей стало «устроение» земли — восстановление во всем объеме разрушенного государственного механизма и поиски достойной кандидатуры на русский трон. Но в этот момент перед правительством встала во весь рост иная, очень острая проблема: любыми средствами предотвратить взрыв недовольства вольных казаков, представлявших грозную социальную силу.
В Москве осенью 1612 года сосредоточивались воинские силы, состоявшие из земских дворян (около двух тысяч), стрельцов (около тысячи человек), казаков (четыре с половиной тысячи) и нескольких тысяч вооруженных стрельцов — москвичей. Надвигалась зима. Ополченцев нужно было обеспечить провиантом, теплой одеждой и зимними квартирами. Распустить ратных людей в тот момент было бы преждевременно. Поход Сигизмунда III в ноябре показал, насколько реальной оставалась военная угроза для столицы. Наибольшие опасения внушали казаки. В сущности, от их позиции зависела тогда судьба «устроения» земли.
Современники рассказывали: «И хожаше казаки в Москве толпами, где ни двинутся гулять в базар — человек по 20 или 30, а все вооружены, самовластны, а меньши человек 15 или десяти никако ж и не двинутся. От боярска же чина никто ж с ними въпреки глаголете не смеюще и на пути встретеиюще и бояр же в сторону воротяще от них, но токмо им главы свои поклоняюще».
Выплата жалованья всем «воинского чину» людям стала первоочередной заботой правительства ополчения. Но денег в казне и в кремлевских сокровищницах не было, а «которые деньги были в привозе, и те розданы ратным людем на жалованье». Казаки стали требовать «у начальников» жалованье, не считаясь с тем, что они уже, по выражению летописи, «всю казну Московскую взяша». Между «начальниками» и казаками произошло вооруженное столкновение, в результате которого у «казаков немного государевой казны отняша».
Обстоятельства вынуждали земское правительство бросить все силы на разрешение финансовых вопросов. Путей для этого оказалось немного. Во-первых, начались энергичные розыски государственной казны, спрятанной во время пребывания поляков в Москве. О кремлевских сокровищах рассказывал польский посол Маскевич. Он писал, что казну эту бояре тщательно сохраняли в тайне от поляков, требующих выплаты жалованья: «Было чем заплатить из казны, но бояре не хотели трогать сокровища, необходимые для торжественного венчания королевича, коего с часу на час ожидали. Там хранились всякие вещи, употребляемые для коронации: царские одежды, утварь золотая и серебряная, драгоценные каменья, сверх того дорогие столы, осыпанные каменьями стулья, золотые обои, шитые ковры, жемчуг и многое тому подобное. Все это я видел собственными главами».