Судьба Ярославского денежного двора при Михаиле Федоровиче очень загадочна. Сохранилась челобитная одного из мастеров этого двора — «бойца» (мастера, готовящего заготовки из проволоки) Максимки Юрьева. В мае 1613 года он написал жалобу в Москву: «По твоему государеву указу велено из Ерославля Денежный двор перевести к Москве и мы, холопи твои, прибрели сюда же к Москве з женишком и детишками и волочюся меж двор и помираю голодной смертью. Милостивый государь царь… смилуйся, государь, пожалуй меня, холопа своего, вели, государь, мне быти у своево государева дела на Денежном дворе в бойцех по прежнему, штоб я, холоп твой, волочася меж двор, вконец не погиб и голодною смертью не умер и твоей б царской службы не отбыл». Прошение было подано в Челобитный приказ — место, куда поступали различные жалобы и просьбы. Дьяк Челобитного приказа передал челобитную руководителю Печатного приказа Ефиму Телепневу и дьяку И. Мизинову: «Государь… пожаловал, будет надобен, велел ему быть». Из пометы следовало, что в мае еще не возникла надобность в дополнительных рабочих на Московском дворе. Но в ноябре того же года Кремлевский двор уже работал. Значит, между маем и ноябрем 1613 года Ярославский двор закрыли. Собственно, он был не закрыт, а переведен в Москву — лишнее доказательство, что с осени 1612 года этот двор стал рассматриваться как филиал Московского. Однако никаких следов использования «снастей» Ярославского двора в чекане последующих лет не сохранилось. «Перевод», видимо, заключался в передаче Московскому двору запасов серебра и, возможно, какого-то количества денежных мастеров.
Временные денежные дворы в Ярославле и Москве выполнили свое целевое назначение. Они обеспечили массовый выпуск монет для выплаты жалованья в 1612–1613 годах, способствовали успокоению мятежных элементов русского общества, создали возможность для созыва и проведения Земского собора. Деятельность временных дворов дала возможность полностью восстановить Московский денежный двор в Кремле, с более совершенными, чем в предшествующие годы, организацией и оснащением. Но особо следует отметить ту огромную роль, которую сыграл Ярославский двор в деле организации национально-освободительной борьбы против интервентов.
Хотя с 1613 года в стране правил законный царь Михаил Федорович Романов и положение новой династии укреплялось, восстанавливалась систематическая деятельность государственных институтов, взбаламученное гражданской войной население постепенно возвращалось на прежние места жительства, хотя в стране налаживалась внутренняя и внешняя торговля, полной стабилизации не было до 1618 года. Этот год принято считать завершающей датой Смутного времени. А пока в руках шведов оставались Новгородско-Псковский край, Заонежские и Лопские погосты. Новгород стал центром шведской оккупированной территории, а с 1615 года шведы окружили Псков, и началась долговременная осада города. В 1614 году шведы захватили Олонец, расположенный на пути в Швецию и имевший важное стратегическое значение. Освободительное движение заставило шведов оставить Олонец и южные заонежские погосты.
Во время осады Москвы и после ее освобождения отряды поляков и бывших тушинцев устремились на север, в Поморье, где они принялись грабить местное население. В 1612 году они захватили и разграбили Белозерск, бесчинствовали в окрестностях Кирилло-Белозерского монастыря. В сентябре жестоко разгромили Вологду. Затем польско-казацкие отряды грабили в Чарондском округе и штурмовали Каргополь. 22 января 1613 года был взят и разграблен Солигалич. От Устюга Великого их удалось отбросить и оттеснить к Галичу. В 1613 году отряды «шишей» оказались на юге Заонежья, где особенно пострадали Вытегорский и Андомский округа. В конце концов под угрозой оказался Архангельск. Польско-казачьи отряды осадили Холмогоры. Не взяв города, часть отрядов отправилась грабить на Вагу, а другая часть разорила Николо-Корельский монастырь неподалеку от Архангельска, посады Неноксу, Луду, Уну. Потерпев поражение под Сумским острогом, они ушли в Заонежские погосты.
Бесчинства польско-казачьих отрядов на Севере оставили след не только в письменных источниках. Об этих горестных страницах истории края рассказывают также нумизматические памятники. Клады из Костромской, Вологодской, Архангельской областей, датированные 1612–1614 годами, зарыты в большинстве случаев местными жителями ввиду приближения разбойничьих отрядов. Клады были так и не востребованы, ибо владельцы их погибли от рук грабителей. Большой клад, насчитывающий около 40 рублей, нашли на окраине Солигалича, и подборка монет этого клада позволяет связать его захоронение с взятием и разграблением города 22 января 1613 года. Другой клад, размером более 10 рублей, найденный под Вологдой, несомненно имеет связь с захватом Вологды в сентябре 1612 года. Огромный клад, около 10–12 тысяч монет, был найден в южной части Архангельской области, по пути к Вологде (до нас дошла только часть клада), два клада (17 с лишним и 22 рубля) — в Костроме. Из известных нам 19 кладов, зарытых в 1612–1614 годах, на долю Поморья приходится пять; три клада происходят из Новгородской земли. Остальные 11 кладов сосредоточены вокруг Москвы (в городах Звенигороде, Загорске, Бронницах, окрестностях Коломны и ближнем Подмосковье). Клады встречены также в Калужской, Тульский, Рязанской и Тамбовской областях.