Воззрения Булгакова-старшего были близки идеям христианского социализма, высказывавшимся философом, публицистом и общественным деятелем С.Н. Булгаковым, с которым Афанасий Булгаков был знаком по созданному в марте 1905 г. Религиозно-философскому обществу памяти В.С. Соловьева. В деятельности этого общества, основанного С.Н. Булгаковым, Афанасий Иванович принимал активное участие вплоть до своей смертельной болезни. Его мысль о том, что Царство Божие не может носить земного, материального характера, представляла собой критику марксизма с его земным коммунистическим раем и была близка идеям С.Н. Булгакова и Н.А. Бердяева. Булгаков в «Мастере и Маргарите» идеальное царство истины и справедливости, о котором говорит Иешуа Га-Ноцри и которое достижимо лишь в надмирности, сравнивает с карикатурным осуществлением коммунистического идеала в современной ему Москве на примере обитателей «нехорошей квартиры», Дома Грибоедова и Театра Варьете.
Под «истинно-христианским смыслом» равенства, братства и свободы Афанасий Иванович подразумевал следующее место из Евангелия от Матфея: «А Я говорю вам: любите врагов ваших, благословляйте проклинающих вас, благотворите ненавидящим вас и молитесь за обижающих вас и гонящих вас, да будете сынами Отца вашего Небесного, ибо Он повелевает солнцу Своему восходить над злыми и добрыми и посылает дождь на праведных и неправедных. Ибо если вы будете любить любящих вас, какая вам награда? Не то же ли делают и мытари (сборщики податей)? И если вы приветствуете только братьев ваших, что особенного делаете? Не так же ли поступают и язычники? Итак, будьте совершенны, как совершенен Отец ваш Небесный» (Мф. V, 44–48). Эти слова, возможно, не без влияния статьи отца, стали для Булгакова источником проповеди Иешуа Га-Ноцри о том, что злых людей нет на свете и что все люди добрые, включая избивающего его Марка Крысобоя и предателя Иуду из Кириафа. Евангелист стал персонажем «Мастера и Маргариты» под именем Левия Матвея. Этот герой, однако, уподоблен мытарю из проповеди Христа (его прежняя профессия сборщика податей в романе подчеркивается). Матвей сохраняет ненависть к Иуде и лишь смягчается по отношению к Понтию Пилату, когда узнает, что прокуратор организовал убийство корыстолюбивого юноши из Кириафа. Булгаковский евангелист питает любовь только к любящему его Иешуа. В «Мастере и Маргарите» показано, что учение Иисуса Христа неизбежно будет толковаться мытарями и может стать источником не любви, а ненависти.
Мысли для преподавателя духовной академии в России начала XX века достаточно либеральные, даже если сделать поправку на начавшуюся революцию. Афанасий Иванович, конечно, не одобрял якобинства и идеи французской революции поддерживал лишь до того предела, пока они служили укреплению прав человека и торжеству закона. В его же критике высшего французского духовенства кануна революции видна едва завуалированная критика высших иерархов православной церкви, фактически ставших синодальными чиновниками, что не могло не сказаться на крепости веры у многих подданных империи. Негибкость власти и церкви, как бы предупреждал А. И. Булгаков на французском примере, ведет, в конечном счете, к торжеству революционных идей, которым Афанасий Иванович совсем не симпатизировал. Скорее всего, Михаил, которому в момент смерти отца шел уже шестнадцатый год, был знаком с его мыслями (может быть, даже читал его книги) и, возможно, во многом их разделял.
По воспоминаниям Н.А. Булгаковой, «мать – жизнерадостная и очень веселая женщина. Хохотунья. И вот в этой обстановке начинает расти смышленый, очень способный мальчик… Интересно, что произошло после смерти отца. Наша мать славилась среди родных и знакомых… как великолепная воспитательница. И вот один из братьев отца (Петр Иванович Булгаков, священник русской посольской церкви в Токио. – Б.С.), служивший в Японии, привез матери своих двоих сыновей и попросил взять их в нашу семью, потому что хотел дать своим сыновьям русское образование. Там не было полных русских гимназий. И вот появились у нас в семье два «японца» – так мы их называли: Коля и Костя. Костя – старший, Коля – младший. А через год, очень скоро после японцев, приехала уже с запада (из г. Холм Люблинской губернии) сестра, тоже Булгакова, двоюродная (Иллария (Лиля) Михайловна Булгакова (1891–1982). – Б.С.). Приехала в Киев на Киевские женские курсы. Она кончила гимназию раньше, чем я. И таким образом у вдовы-матери оказалось в семье десять человек детей. И мама с ними справлялась. Маме тогда, когда отец умер, шел 37-й год.