Помимо всего прочего, вовлеченность традиционных рабочих организаций в протестное движение первых месяцев существования советской власти выразилась в активном процессе их дебольшевизации. Отлив рабочих масс от РКП (б) вылился даже в сокращение ее численности в период с октябрьского восстания 1917 г. по VII (март 1918 г.) съезд. Дебольшевизация частично коснулась профсоюзов и фабзавкомов. Этот процесс развивался на волне настроений в пользу так называемой "беспартийности", когда рабочие отворачивались от политики и политических партий в целом. Падение влияния большевиков, конечно, усиливало ряды оппозиции. Однако дебольшевизация отнюдь не вела к серьезному увеличению числа ее сторонников. Об очень характерном в этом контексте эпизоде рассказывает официальная газета Смоленского совета рабочих, солдатских и крестьянских депутатов. 21 июля 1918 г. в Смоленске проходило общегородское собрание союза металлистов, на котором предполагалось избрать новое правление. Состоялось оно вскоре после подавления мятежа левых эсеров, когда прежний советский правительственный блок распался и ситуация складывалась очень неопределенно. Большевикам приходилось рассчитывать теперь только на свои силы, поэтому, как писала газета, "некоторые товарищи в своих речах призывали выбирать только истинных защитников рабочих интересов — коммунистов". Прежнее правление вынесло на обсуждение список этих "истинных защитников" — в основном "все виднейшие работники союза": Лянсберг, Красовский, Лукин и другие. Из восьми предложенных кандидатур лишь трое были беспартийными. "Но собрание предложило своих кандидатов", — рассказывает автор репортажа. В результате новое правление оказалось беспартийным. В него вошло несколько большевиков и меньшевиков, но в целом большинство его новых членов не принадлежало ни к какой партии.
Особенно грозно для большевиков ситуация складывалась в Советах рабочих депутатов, ставших теперь не просто органами рабочего представительства, а органами власти. Перевыборы Советов, проходившие весной — летом 1918 г., практически повсеместно привели к ослаблению позиции большевиков в Советах рабочих депутатов (при усилении их в тех Советах, где широко были представлены депутаты от крестьянства и других слоев населения). Над многими Советами рабочих депутатов большевики просто теряли контроль. Так случилось в Туле, Сормове, Орле, Тамбове, Ярославле, Ижевске, Березовске и других городах и рабочих поселках. В результате как самостоятельные организации Советы РД повсюду ликвидировались и, по примеру Петрограда, объединялись с Советами депутатов от армии. Но теперь это были уже не Советы солдатских депутатов, а Советы красноармейских депутатов, что, понятно, не одно и то же.
Одним из наиболее ярких, показательных, но одновременно и наименее изученных моментов протестного движения рабочих в период перевыборов в Советы является та борьба различных точек зрения, которая развернулась в Петрограде в ходе проведения здесь районный рабочих конференций весной — летом 1918 г. Рабочие районные конференции играли важную институционную роль: на них рабочие, независимо от своей партийной принадлежности, выбирали своих представителей в Советы. Кроме того, делегаты, выбранные на эти конференции трудовыми коллективами своих предприятий, сохраняли свои полномочия еще на некоторое время после завершения самих конференций. Тем самым, на какой-то, пусть и очень непродолжительный срок, конференции превращались в некий суррогат органов власти районного уровня, подобие прежних Советов. Характерно, что представительство оппозиционных настроений на этих конференциях был ощутимо выше, чем собственно в Советах. В то же время среди лидеров петроградских меньшевиков и эсеров отношение к рабочим районным конференциям было весьма неоднозначным. Так, активным сторонником участия оппозиции в выборах и работе районных конференций был рабочий Государственной типографии, видный деятель оппозиции Юнкеров. Другой лидер антибольшевистского оппозиционного движения рабочих Петрограда, рабочий Патронного завода А.Н. Смирнов, наоборот, сомневался в целесообразности активного участия оппозиции в подготовке и проведении конференций. В одном из своих выступлений он отмечал:
"Я глубоко уверен, что дальнейшее строительство рабочего класса пойдет не вокруг Советов. Советы, которые вызвали сейчас злобу всего населения против рабочих организаций, не могут больше пользоваться престижем у демократии. Если рабочий класс сможет еще проявить творчество, то он его проявит не здесь, а в другом месте. И сочувствием Советы уже пользоваться никогда не будут. Кроме того, мы этим сеем иллюзии. Призывая рабочих к участию в перевыборах, мы внушаем им мысль, что добиваемся передачи власти другим партиям. Песня их спета. В некоторых местах их просто поджигают. На такой почве нельзя строить рабочие органы.