Участие моряков в свержении Временного правительства прочно привязало их к октябрьскому (1917 года) перевороту и вместе с ростом его значения еще более повышало роль матросов в общественном сознании граждан новой советской России. В последовавшем «триумфальном шествии советской власти» матросы приняли самое активное участие и были одной из главных движущих сил данного процесса по всей стране. При этом политическая зрелость матросов отставала от нового этапа их авангардной роли. Склонность к «прямым действиям» в ликвидации центров старой власти приводила к масштабным проявлениям экстремизма, обострявшим отношения между сторонниками и противниками советской власти. Так, многочисленные самосуды над офицерами толкали их в Белое движение.
Флотский экстремизм сильно влиял на процесс нового советского государственного и военного строительства, на вершине которого в значительной степени, как в центре, так и на местах, оказались военные моряки. При этом у моряков, попавших во властные структуры (П.Е. Дыбенко, Н.Г. Маркина, Ф.Ф. Раскольникова и др.), он проявлялся в склонности к диктаторским методам руководства, а во флотских низах – в стихийном анархизме. Стихийные анархические настроения в матросской среде, ранее не очень заметные в русле нарастания вооруженного восстания, теперь нередко приобретали характер открытой уголовщины. Вместе с тем в процессе утверждения новой государственной власти, обнаружения склонности ее к диктаторским методам, в анархическом противостоянии матросов власти стали проявляться демократические элементы. Это имело место в антибольшевистских выступлениях матросов в Петрограде в октябре 1918 года (Минной дивизии и 2-го Балтийского экипажа). Матросы экипажа арестовали комиссаров, выбрали новых, «реквизировали» в Мариинском театре симфонический оркестр и вышли на набережную Невы с антибольшевистскими лозунгами. Реакция властей была жестокой.
Противостояние флота и новой власти достигло большой остроты в связи с заключением Брестского мира (3 марта 1918 года) и его последствиями. Объяснялось это во многом ростом значения большевистской революции и тем, что участие в ней становилось для матросов главным приоритетом, в то время как для миллионов солдат старой армии, с настроениями которых советская власть должна была гораздо больше считаться, революция продолжала оставаться, прежде всего, средством заключения мира и демобилизации. Другой причиной были исключительно тяжелые условия Брестского мира для флота. Он терял свои главные базы, находившиеся в Финляндии и Украине. Противостояние развернулось в Петрограде, Москве, Крыму, на Северном Кавказе, Волге, Баку, в Архангельске и ряде других ключевых политических точек страны, и оно значительно влияло на общий ход исторических событий.
В немалой степени под влиянием матросской опасности большевистским правительством было принято решение о переносе столицы из Петрограда в Москву. В период переноса столицы на основе оппозиции матросов большевистским властям возникло «Дело» наркома флота П.Е. Дыбенко, бывшее одной из главных тем газет всех направлений весны 1918 года. На основе антибрестовской позиции флота возникло также «Дело» адмирала Щастного. Главной же причиной было стремление правительства и особенно Л.Д. Троцкого определить «стрелочника» за оппозиционные выступления балтийских матросов в Петрограде.
Очень драматично проходили в это время события на Черноморском флоте. Антибрестовская политика черноморцев способствовала склонности правительств Германии и советской России к уничтожению флота, несмотря на, казалось бы, общую заинтересованность в использовании его против Антанты и войск А.И. Деникина. В результате основное ядро флота самозатопилось 18 июня 1918 года в Новороссийске. Судьба Черноморского флота приняла масштаб общенациональной трагедии и сыграла большую роль в провоцировании экстремизма с активной ролью матросов в т.н. «украинском потоке» отступавших с Украины через Юг и Волгу советских отрядов. Это вызывало недовольство местного населения и способствовало созданию почвы для распространения Белого движения в данных районах.
Черноморская трагедия явилась также важной причиной мятежа 6—7 июля 1918 года в Москве (левых эсеров), в котором военные моряки, в том числе и сошедшие на берег с затопленных кораблей, были не только основной военной силой, но и в значительной степени инициаторами и вдохновителями этого выступления. Поражение июльского «левоэсеровского мятежа» привело, как известно, к установлению однопартийной системы в стране и в то же время к решающему поражению матросской оппозиции большевикам.