Вместе с тем в этот период возрастают недоверие и подозрительность советских властей и сухопутного командования не только к махновцам, но и к военным морякам за их левизну, сепаратизм и махновские симпатии. На этой почве происходит необоснованная гибель на сухопутном фронте Морской дивизии, ядро которой составляли собранные со всех флотов и флотилий политически закаленные матросы – ветераны революционных событий 1917—1918 годов. На завершающем этапе Гражданской войны в освобождении Белого Крыма, держащегося своим островным положением, Красный флот далеко не сыграл той роли, которую мог бы сыграть.
Наступил 1921 год. И военно-морской флот впервые мощно выступил против советской власти, которую он вместе с большевиками устанавливал в ходе октябрьского переворота в 1917 году. Кронштадтское восстание марта 1921 года имело разнообразный социальный состав участников, отражающий демократическую основу восстания. Ведущую роль играли сознательные элементы матросской массы, незадолго до восстания вышедшие из РКП(б), ядро которых находилось среди закаленных в революционных политических битвах старослужащих матросов линейных кораблей. Восстание почти полностью поддержали военспецы из бывших офицеров, но они играли подчиненную роль. Основную массу восставших составляли молодые матросы, около половины которых были призывники из районов, захваченных махновским движением. Молодые матросы, стремясь следовать революционным традициям старослужащих и авангардной роли флота и Кронштадта, чаще других инициировали выступление. Широким социальным слоем среди молодых матросов были т.н. «клешники», отражавшие анархический протест существовавшей власти на бытовом и дисциплинарном уровне.
Главные причины Кронштадтского восстания вытекали из того, что оно было логическим продолжением всей предшествующей революционной истории крепости. В выражении социального протеста в стране, вызванного кризисной обстановкой начала 1921 года, кронштадтцы, как и прежде, стремились играть авангардную роль. Однако именно эта роль теперь уже настораживала значительные слои населения, испытывавшего разочарования в революции вообще, что отрицательно сказалось на их поддержке демократических лозунгов восставших. Среди военных моряков имели место накануне и в ходе восстания переоценка своей авангардной роли и новые симпатии к анархизму. Восстание военных моряков в Кронштадте явилось символом начала протеста против установившегося характера советской системы в рамках ее самой, демократической альтернативы ее развития.
Сделаем важный вывод по участию военных моряков в бунтарских событиях в России в начале XX века. Увы, используя особые качества и потенциалы военных моряков, российские политики часто в борьбе за власть безответственно использовали бунтующую матросскую силу. А придя к власти, боясь ее большой бунтарской мощи, давили этих активных участников своих бунтарских битв всеми возможными способами. И получается, что флот оказывался заложником в руках политиков и революционных вождей.
Не только матросская масса (нижние чины) участвовала в российских революциях. Среди участников были и офицеры. Но подавляющая часть офицерского состава российского флота всегда оставалась верной присяге. Однако все важные протестные события на флоте существенно отражались на офицерской службе и часто ломали не только ее, но и всю жизнь офицера. Так, Великая российская революция 1917 года расколола российский флот на «белых» и «красных», которые в годы Гражданской войны воевали друг против друга. Очень много офицеров императорского флота поддержали советскую власть, другие вынуждены были ее признать и пойти служить в Красный флот.
Безусловно, среди них были и те, кто, оставаясь верным воинскому долгу, продолжали и открыто, и скрытно бороться против советской власти. И это были ее враги.
В публикациях последних лет нередко всех без исключения морских офицеров, осужденных в первые годы советской власти, необоснованно причисляют к безвинно пострадавшим. Хотя на самом деле часть из них реально вела борьбу с новой властью, участвовала в заговорах, бунтах и совершала преступления.