Благодаря заключению нового перемирия между Филиппом и Людовиком XII Маргарита смогла добраться до Нидерландов посуху. Во время переговоров Максимилиан пообещал оплатить расходы, связанные с возвращением его дочери в Нидерланды. Но поскольку сам император постоянно нуждался в деньгах, перед отъездом Маргарите пришлось спешно занять 4200 фунтов у испанских купцов и одного банкира из Брюгге. Маргарите больше не доведется встретиться с Изабеллой и Фердинандом. Она прибыла в Гент 5 марта 1500 года «в простом платье черного цвета по испанской моде», перед самыми крестинами новорожденного племянника. Крестины состоялись в соборе Святого Иоанна, который впоследствии был переосвящен в честь святого Бавона. Филипп не поскупился.
По «деревянному помосту высотой более метра и длиной около километра», который был освещен 18 тысячами факелов, увешан гобеленами, перекрыт деревянным сводом и украшен триумфальными арками, процессия численностью 300 человек без помех прошествовала из Принсенхофа в собор Святого Иоанна. В процессии принимала участие вся городская магистратура, члены Совета Фландрии, рыцари ордена Золотого руна, деканы городских гильдий и бургундский двор. В число 39 триумфальных арок входил Главный мост, который был устроен в начале улицы Хоохпоорт у колокольни. Этот мост должен был олицетворять Мудрость, Справедливость и Согласие. Несколько живых картин, устроенных вдоль улиц гильдиями стрелков и кружками риторов, изображали сцены из Библии, а с лодок на Лисе раздавались звуки горнов. Процессия не имела прецедентов в Генте. Церемония крестин скорее напоминала пропагандистское мероприятие, демонстрацию власти герцогов Бургундских и Габсбургов и представляла собой зрелище, очень сходное с радостным въездом правителя в город.
В церкви Святого Иоанна Маргарита Йоркская поднесла своего правнука к купели точно так же, как за 22 года до того поднесла Филиппа. Маргарита Австрийская предложила назвать племянника Максимилианом или Хуаном, но Филипп предпочел имя Карл в честь их деда Карла Смелого. Этот выбор подчеркивал его стремление воспитывать сына в бургундских традициях. Во время церемонии Карлу, которому было две недели от роду, была пожалована уменьшенная копия золотой цепи ордена Золотого руна. Присягу на верность рыцарскому ордену вместо сына принес Филипп.
Пьер Кюйк, епископ Гента и Турне, в сопровождении крестных матерей Маргариты Австрийской и Маргариты Йоркской, а также крестных отцов принца Шиме Шарля де Кроя и лорда Монса Жана де Глима совершил обряд крещения маленького принца. По завершении церемонии Филипп пожаловал сыну первый титул: лорд Люксембургский. Карл также получил инкрустированный драгоценными камнями золотой кубок от Маргариты Йоркской, золотое блюдо с жемчугом и драгоценными камнями от Маргариты Австрийской, серебряный шлем от Шарля де Кроя и меч с деревянной рукоятью от Жана де Глима. После возвращения процессии в Принсенхоф богатые купцы стали разбрасывать в толпу зевак золотые и серебряные монеты. Торжество продолжалось допоздна. Между башнями церкви Святого Николая и колокольней были натянуты канаты, по которым ходили канатоходцы, жонглировавшие факелами и фонариками.
Несколько сановников, сделавших крупные ставки на тех, кто осмелится пройти по канату, были до смерти напуганы, когда выяснилось, что канат плохо натянут и люди просто висли и болтались на нем. На крыше колокольни дракон изрыгал бенгальский огонь, а на шпиле церкви Святого Николая вращалось огненное колесо. Хронист Жан Лемер де Бельж восторженно писал: «Никогда еще в Генте не было столь роскошной иллюминации в честь рождения или въезда принца».
Маргарита Австрийская провела в Принсенхофе несколько недель, после чего по просьбе Филиппа переехала в замок Ле-Кенуа, который находился к югу от Валансьена и был получен Маргаритой Йоркской в качестве приданого, когда та вышла замуж за Карла Смелого.
Филипп стремился угодить сестре. Замок был окружен большим парком, при котором имелся экзотический зверинец с одногорбыми и двугорбыми верблюдами. Филипп также разводил оленей, чтобы Маргарита могла на них охотиться. В ожидании очередного брака Маргарита проводила здесь время либо за охотой, если стояла хорошая погода, либо за вышивкой и живописью, если шел дождь. После двух неудачных браков Маргарита снова стала важным политическим козырем для Максимилиана.