На заседании Государственной думы 24 мая И. В. Гессен предложил снять с ближайшей очереди вопрос об отмене смертной казни и об амнистии и приступить к рассмотрению законопроекта о местном суде. В мотивировке этого предложения подчёркивалось, что при существующих условиях Дума не в состоянии добиться каких-либо положительных результатов в вопросах об амнистии и отмене смертной казни. Поэтому рассмотрение этих вопросов будет иметь значение лишь более или менее яркой, но бессильной и опасной демонстрации.
Предложение кадетской фракции вызвало возмущение левой части Думы. Трудовик Булат напомнил, что «вся выборная агитация велась при постоянных требованиях амнистии, что всё население требовало, чтобы мы в первую очередь поставили законопроект об амнистии, что нас провожали в Думу с криками об амнистии, что сюда шлют наказы об амнистии…»151. Предложение о снятии с ближайшей очереди законопроекта об отмене смертной казни прошло, но вопрос об амнистии большинством в 193 голоса против 173 было решено поставить на повестку ближайшего заседания Думы 152.
На заседании Думы 28 мая Маклаков предложил передать законопроект об амнистии в особую комиссию для предварительного рассмотрения и представления заключения о его желательности. При этом он не скрывал, что «если нам придётся высказаться по существу его, то… мы должны будем подать голос против него»153. Трудовики же требовали принять законопроект в принципе и сдать его в комиссию для дальнейшей разработки. Таким образом, предложения кадетов и трудовиков взаимно исключали друг друга. Тем не менее большинство трудовиков, не искушённых в тонкостях парламентской техники, не отдавали себе отчёта, до какой степени цель предложения кадетов идёт вразрез с их собственными желаниями, и голосовали вместе с кадетами за предложение Маклакова. Большинством в 260 голосов против 165 было постановлено сдать законопроект на рассмотрение предварительной комиссии, чтобы решить вопрос о возможности внесения его в Думу 154.
С точки зрения кадетов, самой опасной «занозой», всё время бередившей Думу и мешавшей ей «законодательствовать», были настойчивые попытки Столыпина при помощи правых добиться от Думы осуждения революционного террора.
Кадеты оказались перед сложной дилеммой. Правительство, крайние правые, октябристы и даже мирно-обновленцы угрожали, что, «если Государственная дума не осудит политических убийств, она совершит его над собой» 155. В то же время кадеты понимали, что осуждение революционных насилий может быть истолковано как одобрение военно-полевых судов. По это было бы равносильно утрате всех связей с демократическими кругами. В результате в рядах кадетов наблюдались сильные колебания. Тем не менее эволюция их и в этом вопросе шла по линии капитуляции перед Столыпиным.
Как уже отмечалось, вопрос о необходимости установления отношения к революционному террору обсуждался в ЦК и парламентской фракции партии народной свободы ещё до открытия думской сессии. Тогда было решено уклоняться от открытого осуждения террористических актов и революционных насилий вообще.
9 февраля 1907 г. Совет министров, учитывая, что продолжение деятельности военно-полевых судов неблагоприятно отразится на совместной работе правительства с законодательными учреждениями, решил не вносить в Государственную думу представление о сохранении закона об этих судах156. Но когда в Думе был возбуждён вопрос, чтобы правительство прекратило их действие ранее законного срока (20 апреля 1907 г.), Столыпин сделал вопрос об отмене военно-полевых судов предметом торга. Он соглашался уничтожить их при условии, если Дума скажет «слово умиротворения» 157.
13 марта в Думе должно было обсуждаться предложение правых о том, чтобы Государственная дума выразила «своё глубокое порицание и негодование всем революционным убийствам и насилиям»158. Накануне на собрании парламентской фракции Татаринов предложил, чтобы завтра один из кадетских ораторов ответил на прямой вопрос справа, как партия относится к политическим убийствам. Сам Татаринов предпочитал бы оставаться на позиции I Думы, которая отказалась осудить террористические акты, убийства и насилия. Но правые кадеты настаивали на уступке черносотенцам. Петражицкий предлагал не позволять членам партии восхвалять в Думе убийства. Маклаков считал, что «Дума никогда не может одобрять убийства… и по этому вопросу нет и не может быть мнения партии, а только мнения отдельных членов партии и партийной дисциплины в данном вопросе нет». Напротив, Якушкин и Долгоруков находили, что по вопросу о политических убийствах невозможно допустить противоречивые мнения членов партии и что свобода мнений по этому поводу совершенно недопустима к оглашению в Думе. Милюков, стремясь сгладить противоречия между крайними флангами партии, отстаивал прежнюю точку зрения о том, что не следует выступать ни с оправданием, ни с осуждением политических убийств. С Милюковым солидаризировался Кизеветтер, заметивший, что, «быть может, и наступит такое положение, когда мы должны осудить политические убийства, но сейчас нет основания делать такой важный шаг» 159.