Под руководством Зинина и Клауса Бутлеров вполне овладел искусством тонкого эксперимента, заразился от них глубокой любовью к химическим исследованиям, но системы теоретических представлений от своих учителей он получить не мог, так как сами руководители Бутлерова не сходились в теоретических взглядах.
В те годы, в сущности, только начинали складываться теоретические представления в химической науке. До того она ограничивалась, в основном, накапливанием фактического материала.
Господствующей теорией была в это время так называемая электрохимическая, или дуалистическая, теория. Основное положение этой теории сводилось к тому, что все химические вещества образованы путем соединения противоположных по знаку — электроположительных и электроотрицательных — составных частей. Она применялась не только к неорганическим, но и к органическим соединениям.
Основоположником этой теории был известный шведский химик Якоб Берцелиус (1779–1848), введший в употребление современные химические символы, некоторые новые химические понятия и самое название «органическая химия».
Но в годы общего признания дуалистической теории Берцелиуса французский химик Жан Батист Дюма (1800–1884), исследуя действие хлора на углеводороды, открыл явление замещения водорода хлором в углеводородах и других органических соединениях. Это открытие опровергало основы электрохимической теории, так как оставалось необъяснимым, как электроотрицательный хлор мог замещать электроположительный водород, не производя при этом существенного изменения в свойствах тела. Берцелиус пытался опровергнуть самый факт замещения и объяснял реакцию Дюма крайне сложными процессами. Юстус Либих (1803–1873), немецкий химик, в поисках выхода из положения, ввел некоторые ограничения в электрохимическую теорию, хотя против них и протестовал Берцелиус.
Французские химики Огюст Лоран (1807–1853) и Шарль Жерар (1816–1856) выступили против дуалистической теории Берцелиуса с новой, так называемой «теорией ядер», согласно которой все органические соединения получаются замещением водородных атомов в основных углеродо-водородных ядрах другими элементами, например хлором, бромом, иодом, азотом и т. д. Положив свою теорию ядер в основу классификации органических соединений, Лоран провел резкое различие между молекулой, атомом и эквивалентом: молекулой он назвал мельчайшее количество вещества, нужное для образования соединения; атомом — мельчайшее количество элемента, встречающееся в сложных телах; эквивалентом — равнозначные массы аналогичных веществ.
Неустановившееся coстояние теоретических воззрений в сороковых годах прошлого века отразилось и на Казанском университете. Клаус был горячим поклонником и последователем Берцелиуса. Он оказался, однако, последним из них, доказывавшим справедливость воззрений Берцелиуса и в пятидесятых годах, когда электрохимическая теория уже всеми была оставлена. Наоборот, Зинин склонен был принять воззрения Лорана и Жерара. Таким образом, Бутлеров должен был сам разбираться в теориях, оценивать их и принимать ту или другую.