Тем не менее, не следует идеализировать положение корейцев даже в те благополучные годы. Несмотря на всю интернационалистическую риторику, центральные власти продолжали относиться к ним с подозрением, причём особое беспокойство вызывала продолжавшаяся и в двадцатые годы иммиграция корейцев. Ещё в 1925 г. Наркоминдел (так тогда назывался МИД) распорядился «принять все доступные меры для прекращения притока корейцев и китайцев на советскую территорию». Около 1930 г. была реализована давняя мечта приморской администрации – границу с Кореей и Китаем удалось полностью закрыть. С начала тридцатых годов нелегальное движение через границу и, следовательно, нелегальная иммиграция стали невозможны. Именно тогда, по сути, и закончилось начавшееся 70 годами ранее переселение корейцев в Россию. С этого времени корейская община извне уже не пополнялась, а её связи с Кореей оборвались (исключением являются корейцы Сахалина).
Вдобавок, Корея была японской колонией, и корейцев воспринимали как «почти японцев» и, следовательно, как потенциальных агентов главного противника Советской России на Дальнем Востоке. Компактно проживающие в приграничных районах корейцы вызывали нервозность и в Москве, и у местных властей. В этих условиях и произошла катастрофа 1937 г. – насильственное переселение корейцев, которые таким образом стали первым из «репрессированных народов».
Решение о выселении всех корейцев из приграничных районов и об их отправке в Среднюю Азию было принято ЦК ВКП(б) и Совнаркомом 21 августа 1937 г. (директива №1428–326бсс). Впервые в советской истории принадлежность к определённой этнической группе сама по себе стала достаточным основанием для наказания. Вдобавок, выселению предшествовал террор, свирепый даже по меркам 1937 г. В ходе репрессий были почти поголовно уничтожены выдвинувшиеся в послереволюционные годы партийные руководители, погибли в тюрьмах практически все корейцы-офицеры, была уничтожена вся корейская секция Коминтерна и большинство корейцев, имевших высшее образование. Само переселение прошло осенью 1937 г. Корейцам давали минимальный срок на сбор вещей, а потом грузили в подготовленные эшелоны, по 5–6 семей в товарный вагон. В этих вагонах для перевозки скота и двинулись 170 тысяч корейцев Дальнего Востока на новое место жительства, в Среднюю Азию. Эшелоны прибыли туда в начале зимы 1937–38 гг. Первую зиму пришлось провести в наспех построенных землянках, в которых умерло много детей и стариков (треть всех грудных младенцев не пережила той страшной зимы).
До самой смерти Сталина в 1953 г. корейцы подвергались вполне официальной дискриминации, хотя их положение было куда лучше, чем у других «репрессированных народов» (немцев, калмыков, крымских татар). В отличие от них, корейцы не должны были еженедельно лично являться в «спецкомендатуры» для регистрации, могли передвигаться по территории Средней Азии, а по получении специального разрешения – и за её пределами. Наконец, корейцы, в отличие от немцев или татар, и в сталинские времена могли учиться в высших учебных заведениях и занимать ответственные посты. Калмык или немец в 1941–1953 гг. не мог стать ни секретарём райкома, ни директором завода, ни офицером НКВД, а вот корейцы на этих должностях время от времени попадались. Тем не менее, дискриминация была реальной и весьма ощутимой. В армию корейцев не брали, выезжать за пределы Средней Азии по собственному желанию они не могли. Во время войны корейцев направляли на принудительные работы, в т.н. «Трудармию», где потери от болезней немногим уступали фронтовым. Правда, запрет на службу в армии не распространялся на тех немногочисленных корейцев, которые в 1937 г. проживали за пределами Дальнего Востока и избежали депортации. Многие из них приняли участие в войне, а один – капитан А.П.Мин – стал Героем Советского Союза.
После переселения основная масса корейцев оказалась в Узбекистане и Казахстане. По данным переписи 1959 г., в Узбекистане проживало 44,1% всех советских корейцев, в Казахстане – 23,6%. Расселяли корейцев деревнями, так что в Средней Азии образовывались корейские колхозы, которые в основном специализировались на выращивании риса и овощей. Однако расселение проводилось с таким расчётом, что больших «чисто корейских» районов не возникало, корейские посёлки были разбросаны на огромной территории, довольно далеко друг от друга, среди посёлков узбекских, казахских, русских. Вдобавок, в 1937–1938 гг. были ликвидированы многие корейские культурные учреждения, прекратил своё существование корейский пединститут и корейское книжное издательство (хотя газета продолжала выходить, сменив название на «Ленин кичхи» – «Ленинское знамя»).