Боярская дума могла провести в жизнь свое решение, если бы этому не помешал раскол в ее собственной среде. Регента Шуйского и митрополита Дионисия поддержали бояре Мстиславские, бояре Андрей Шуйский с двумя братьями, боярин Ф. Шереметев, воевода И. Крюк-Колычев и другие дворяне. Эти бояре и руководство церкви располагали поддержкой населения Москвы. Активными участниками собора были богатые московские гости и купцы — Федор Нагой, Голуб, Русин Синеус. Против приговора выступили конюший Борис Годунов, бояре Дмитрий, Григорий, Степан и Иван Годуновы, боярин Ф. Н. Романов и кравчий А. Н. Романов, их родня Сицкий и Троекуров, Хворостинины, думный дворянин А. П. Клешнин, дьяки Щелкаловы и др. В столкновении с «землей» Борис одержал едва ли не самую трудную победу в своей жизни. Попытка вмешаться в семейную жизнь Федора потерпела полную неудачу — ее инициаторов постигло наказание.
Последовавшие за смертью Грозного распри в верхах ослабили светскую власть и выдвинули на авансцену церковь. Митрополит выступил с почином созыва «избирательного» собора, а затем короновал Федора в Успенском соборе. Раскол в думе позволил митрополиту выступить в роли посредника между враждующими боярскими партиями. В тот момент «премудрый грамматик» Дионисий был, как никогда, близок к тому, чтобы стать вершителем дел в государстве. В вопросе о разводе царя оппозиция возлагала на Дионисия особые надежды: разводы на Руси всегда входили в компетенцию церкви. Однако едва митрополит выступил с предложением развести царя Федора и открыто примкнул к оппозиции, его влиянию пришел конец.
Правителю удалось сравнительно легко справиться с церковной оппозицией. В памяти иерархов были живы громкие судебные процессы опричнины и свирепые расправы с митрополитом Филиппом, архиепископами Пименом и Леонидом, архимандритами Корнилием, Митрофаном и монахами. Священный собор не осмелился выступить в поддержку митрополита. 13 октября 1586 г. Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и заточен в Хутынский монастырь в Новгороде. Пост главы церкви занял Иов, ставленник Бориса Годунова. «Собеседник» и единомышленник Дионисия крутицкий архиепископ Варлаам Пушкин был заточен, в новгородский Антониев монастырь16. Близкий ко двору Романовых автор «Нового летописца» утверждал, будто церковники пострадали из-за попыток прекратить гонения. Дионисий и Варлаам, повествует летописец, «видя изгнание бояром и видя многие убивство и кровопролитие неповинное и начата обличати и говорити царю Федору Ивановичу Борисову неправду Годунова, многие ево неправды»17. Автора «Нового летописца» можно заподозрить в излишней тенденциозности. К моменту низложения митрополита не произошло еще многого «убивства», а гонения на бояр носили самый умеренный характер.
Внутренние распри осложнялись угрозой внешнего вторжения. Сразу после смерти Ивана VI Баторий порвал перемирие с Россией и стал открыто готовиться к походу в Россию. Одновременно Речь Посполитая выдвинула проект унии с Россией. В 1586 г. В Москву прибыл посол М. Гарабурда с предложением заключить «вечный мир» при условии, что в случае смерти бездетного Федора на московский трон взойдет король Баторий. Если же Баторий умрет ранее Федора, вопрос о троне будет решаться особо18. Переговоры об унии России и Речи Посполитой велись уже при Иване Грозном, и проект унии, без сомнения, имел сторонников в Москве.
Уже в 1586 г. в Польше стало известно, что среди московских бояр образовалось две партии: одну возглавляет Мстиславский, который предан польскому королю, а противоположную — Никита Романов19. В 1585 г. переводчик Посольского приказа в Москве информировал поляков, что Шуйские принадлежат к пропольской партии: «они очень преданы Вашему Величеству… и все надежды возлагают на соседство с Вашими владениями»20. Папский нунций и сам Баторий в письмах не раз замечали, что бояре и почти весь народ московский не желают терпеть Бориса Годунова и «ждут помощи от польского короля»21. В отчете о поездке в Москву Гарабурда уверял, что против унии выступают лишь Годунов и Щелкалов, тогда как «почти вся земля расположена к королю его милости», и даже дворяне отступили от Годунова «и к другой стороне пристали, открыто заявляя, что сабли против польского короля не поднимут, а вместе с другими боярами хотят согласия и соединения»22. А. А. Зимин рассматривает многочисленные сведения подобного рода как всецело недостоверные23. С этим трудно согласиться. Пропольская «партия» в Москве была реальностью. В разгар Смуты она добилась избрания на трон Владислава, но образовалась она задолго до избрания польского королевича.