В условиях надвигавшейся войны Годунов сориентировался на союз с австрийскими Габсбургами — противниками Батория, тоща как Шуйские надеялись устранить угрозу войны с помощью переговоров об унии. Проект передачи трона Баторию подготовлял почву для отстранения от власти потомков Калиты. От исхода столкновения между Шуйскими и Годуновыми зависело, сохранится ли в России династия, олицетворявшая самодержавные порядки, или страна избавится от наследников Грозного.
Пока в роли первосоветников при дворе подвизались бывшие опричники, Федор оставался в глазах подданных воплощением принципа самодержавной власти. Появление на троне бездетного царя впервые подало аристократии надежду на избавление от старой династии, скомпрометировавшей себя кровопролитием и произволом.
Царь Федор часто болел, и его смерти ждали не однажды. Правитель и Дума расходились в вопросе о путях разрешения династического кризиса. Дьяк Андрей Щелкалов в тайной беседе с толмачом, служившим в его приказе, допускал возможность унии с Речью Посполитой при непременном условии брака Батория с вдовой царя Федора, «Если у него (Батория) королева уйдет из этой жизни, так что он мог бы жениться на нашей великой княгине, — говорил дьяк, — то мы сделали бы это очень охотно»24. Предложенная дьяком комбинация устраняла возможность передачи трона Дмитрию и сохранения династии Калиты.
В случае кончины Федора у Бориса был единственный шанс сохранить власть. Ему необходимо подготовить почву для нового династического брака, который позволил бы Ирине Годуновой после смерти мужа остаться московской царицей. Один из таких проектов обсуждался в окружении Щелкалова, другой — в окружении Бориса. В 1585 г. посол Лука Новосильцев, ездивший в Прагу, узнал о смертельной болезни Федора и немедленно завел переговоры с Габсбургами относительно возможности заключения брака вдовы Ирины с одним из братьев императора25. Во время визита в Москву Гарабурда потребовал объяснений по этому поводу. Борис попал в трудное положение. Власти объявили злодейством толки о сватовстве Ирины при живом муже: «И мы то ставим в великое удивление, што такие слова злодейские нехто затеял, злодей и изменник»26.
В конце 1586 г. Баторий умер, после чего Борис послал в Польшу послов для переговоров об унии. Но их миссия потерпела полную неудачу. Польский трон занял Сигизмунд III. Речь Посполитая оказалась связана со Швецией личной унией. Заняв трон, Сигизмунд тотчас начал готовиться к войне. Россия была разорена дотла и не могла противостоять Речи Посполитой и Швеции.
В обстановке военной угрозы Борис Годунов обрушил на своих противников гонения. Боярин князь Андрей Шуйский был сослан в деревню, а затем посажен в тюрьму. Самая жестокая кара постигла московских купцов, которые, как разъяснил Посольский приказ за рубежом, вместе с Шуйскими «поворовали были, не в свойское дело (развод царя. — Р. С.) вступилися, к бездельником пристали»27. Шесть московских купцов и торговых людей, участвовавших в соборе, были обезглавлены «на пожаре» посреди столицы. Власти не осмеливались учинить расправу над регентом И. П. Шуйским. Ему было предложено покинуть столицу и жить в своей вотчине.
В значительной мере победе Годунова способствовало то, что в его руках находилась военная сила — «двор» и, прежде всего, «дворовые» стрелецкие приказы, несшие охрану Кремля. «Двор» был последышем опричнины и включал тщательно отобранных дворян и стрельцов. События 1584 и 1586 гг. показали, что старый механизм управления, основанный на насилии, утратил действенность. Годуновы сделали карьеру в опричнине и на дворовой службе, но они раньше других поняли необходимость перемен. Страна не желала возврата к временам Грозного, и в 1587 г. правитель, проявив политическую мудрость, объявил о роспуске «двора»28. Иначе говоря, именно Борис — преемник Грозного — упразднил его политическое наследие — раскол дворянского сословия, на котором Иван IV воздвиг свою неограниченную власть. Роспуск «двора» был венцом карьеры правителя России. В то же время эта мера отняла у него надежную военную опору.