В 1588 г. страну постигли крупные стихийные бедствия. Неурожай привел к голоду, охватившему громадную территорию. Улицы столицы заполнили толпы неимущих. Именно в это время в Москве появился юродивый Иван Большой Колпак, который нагим ходил по улицам Москвы и обличал правителей, «особенно же Годуновых, которых считают притеснителями всего государства»29. В 1584–1586 гг. поддержка могущественного дьяка A. Щелкалова помогла Борису одолеть Шуйских. Однако в 1588 г. раздор между соправителями привел к опале Щелкалова, длившейся не менее полугода. Круг сторонников Годунова сузился.
Оказавшись в изоляции, правитель прибегнул к репрессиям, которые свидетельствовали о слабости его позиций. По меткому замечанию B. О. Ключевского, современные летописцы верно понимали затруднительное положение Бориса и его сторонников при царе Федоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым30.
В обстановке нараставшего кризиса власти завершили розыск об измене Шуйских. Следствие вели с применением обычных в то время средств. Участников заговора брали на пыточный двор и допрашивали с пристрастием. Некоторые из арестованных дворян, убедившись, что их дело проиграно, поспешили сменить знамена. Федор Старой, служивший в свите Шуйских, подал донос на своих государей31. Власти получили важные улики, изобличившие вождей оппозиции в изменнических связях с Речью Посполитой. Бояре Шуйские, сосланные в деревню, в 1587 г. оказались под стражей. Как значится в книгах Разрядного приказа, «того же году 95-го сослан в опале в Галич князь Василий Иванович Шуйский». Из записи следует, что приставами у опального боярина были А. В. Замыцкий и галицкий судья князь М. Д. Львов. Оба дворянина внесены в список двора Федора (1588–1589 гг.). Против имени Замыцкого имеется помета «у Шуйских», против имени Львова — «у колодников, в Галич»32.
Более позднее «Сказание» свидетельствует, что Годунов перевел опальных Шуйских из их вотчин в темницы: князя Андрея — в Буй-город, князей Василия и Александра — в Галич, князей Дмитрия и Ивана — в село Шую. Список двора Федора подтверждает факт содержания Шуйских под стражей в трех местах. Так, в нем фигурируют трое дворян — А. В. Замыцкий, Ф. П. Чудинов-Окинфов и И. Р. Вырубов, служившие в конце 1588–1589 гг. приставами у опальных Шуйских33.
Гроза грянула и над головой регента боярина И. П. Шуйского. Из отдаленной вотчины — укрепленного города Кинешмы — его перевели в Суздальскую вотчину — село Лопатниче, где он подвергся аресту34. Несколько позже Шуйского под сильной охраной отправили на Белоозеро и насильно постригли в монахи. В Кирилло-Белоозерском монастыре Иов Шуйский имел возможность увидеться с князем И. Ф. Мстиславским, томившимся там более трех лет. Монастырская тюрьма стала местом заключения одновременно двух знатнейших последних душеприказчиков Грозного.
Старец Иов недолго пробыл в монастырской тюрьме. Даже в отдаленном северном монастыре под монашеским одеянием опальный дворянин казался правителю опасным соперником. В конце 1588 г. по всей стране прошла молва о его смерти. Английский посол Флетчер, Д. Горсей, московские и псковские летописцы упомянули о том, что «великий боярин» был убит по приказу Годунова35. Была ли это обычная клевета на Бориса или современники дознались истины? Подлинные документы, найденные нами в фондах Кирилло-Белоозерского монастыря, позволяют рассеять сомнения. На страницах монастырских вкладных книг кирилловские монахи записали, что 12 ноября 1588 г. в их обитель прибыл князь И. С. Туренин, а 28 ноября этот пристав внес большое денежное пожертвование на помин души князя И. П. Шуйского. «А корм на преставление его (князя Шуйского. — Р. С.), — отметили старцы, — ноября в 16 день»36. Разумеется, Туренин мог пожертвовать деньги на опального только по царскому повелению. Но чтобы снестись с Москвой, ему нужен был по крайней мере месяц. Следовательно, распоряжение из столицы могло дойти не раньше середины декабря. Между тем Туренин «упокоил» душу опального в ноябре на 12-й день после его кончины. Приходится предположить, что правитель поручил Туренину не только сопровождать Шуйского на Белоозеро, но и убить его.