После распада опекунского совета положение Нагих в Угличе изменилось. В столице княжества водворился государев дьяк М. И. Битяговский. В приказном мире его имя было широко известно. Одно время он был главным дьяком Казанского края. Как помощник первого боярина князя Ф. И. Мстиславского, дьяк провел дворянский смотр во Владимире. В описях архива сохранилась такая запись: «Володимер. 98-го году смотру боярина князя Федора Ивановича Мстиславского до дьяка Михаила Битяговского»4. Самым примечательным в ней является дата — 7098 г. (1589–1590 гг:). Оказывается, в эти годы Битяговский служил не в Угличе, а в Москве в Разрядном приказе. Таким образом, вопреки обычному представлению дьяк сидел в Угличе не более полутора лет. Московские власти сократили ассигнования на нужды княжеской семьи и обязали угличан нести государственные повинности. Царица Нагая и ее братья постоянно ссорились с Битяговским из-за денег «на царицын и царевичев обиход». Они выразили крайнее неудовольствие, когда в Углич пришел приказ о сборе «на посохи пятьдесят человек под город Гуляй». Нагие надеялись, что после смерти царя Федора его трон наследует Дмитрий. В Угличе ждали его кончины с нетерпением. Дьяк Битяговский дознался, что Михаил Нагой держит на своем дворе «ведуна» Андрюшку Мочалова и «тому ведуну велел ворожит, сколько… государь долговечен и государыня царица». Со своей стороны царица Мария обвинила дьяка в том, что он приютил у себя юродивую («жоночку юродивую»), накликавшую на ее сына «падучую болезнь»5.
Углич стал источником многих слухов, порочивших правительство. По русским источникам, угличского князя пытались «окормить зельем». Англичанин Флетчер, будучи в Москве в 1588–1589 гг., записал, будто от яда, предназначенного дли Дмитрия, умерла его кормилица. В действительности же кормилица Арина Тучкова благополучно пережила своего питомца. Вероятно, под впечатлением пересудов Флетчер написал за два года до смерти Дмитрия слова, которые впоследствии стали рассматриваться как пророческие: «царский род России… по-видимому, скоро пресечется со смертью особ, ныне живущих…»6.
При регентах права царевича Дмитрия как сына Грозного не ставились под сомнение. В день коронации митрополит Дионисий пожелал здоровья и многолетия царю Федору с «царицей Ириной и со своим братом со князем с царевичем Димитрием Ивановичем, и со своими бояре»7. Несколько лет спустя царь Федор, вследствие происков Годунова, запретил духовенству поминать имя царевича при богослужениях на том основании, что он рожден в шестом браке и потому является незаконнорожденным8. Проведение в жизнь подобного взгляда на Дмитрия в корне разрушало расчеты и надежды Нагих.
15 мая 1591 г. царевич Дмитрий погиб. Его смерть послужила прологом к восстанию в Угличе. Подстрекаемые царицей Марией и Михаилом Нагим, угличане разгромили Приказную избу, убили государева дьяка Битяговского, его сына и нескольких других лиц. Четыре дня спустя в Углич прибыла следственная комиссия. Она допросила 140 свидетелей. Протоколы допросов, а также заключение комиссии о причинах смерти Дмитрия дошли до наших дней. Однако существует мнение, что основная часть угличских материалов дошла до нас в виде беловой копии, составители которой то ли ограничились простой перепиской имевшихся в их распоряжении черновых документов, то ли произвели их них некую выборку, а возможно, и подвергли редактированию9. Тщательное палеографическое исследование текста «обыска», проведенное В. К. Клейном, в значительной мере рассеивает подозрения насчет фальсификации следственных материалов в момент составления их беловой копии10. Основной материал переписан восемью разными почерками. Входившие в комиссию подьячие провели обычную работу по подготовке следственных материалов к судопроизводству. В подавляющем большинстве случаев показания свидетелей-угличан отличались завидной краткостью, и подьячие, записав их, тут же предлагали грамотным свидетелям приложить руку. По крайней мере 20 свидетелей подписали на обороте свои «речи». Их подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности, довольно точно соответствовавшую их общественному положению и роду занятий. В следственную комиссию вошли очень авторитетные лица, придерживавшиеся разной политической ориентации. Скорее всего, по инициативе Боярской думы руководить расследованием поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Его помощником стал окольничий А. П. Клешнин. Он поддерживал дружбу с правителем, но в то же время приходился зятем Григорию Нагому, состоявшему при царице Марии в Угличе. Вся практическая организация следствия лежала на главе Поместного приказа думном дьяке Е. Вылузгине и его подьячих. По прошествии времени следователь В. Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пересматривала.