У царя Фёдора, несмотря на зрелый возраст, не было наследника. Все восточные иерархи давно и усердно молились о чадородии царицы Ирины. Патриарх Иеремия осенял ея большим крестом со словами: «Радуйся, благоверная и боголюбезная в царицах Ирина Востока, Запада и всея Руси, украшение северных стран и утверждение веры православной. Господь Всемогущий, иссекший в утоление жажды воду из камени, да дарует тебе благословенный плод чрева с излиянием своей благодати».
Она же пред всем освященным собором произнесла со слезами знаменательные слова: «О великий Господин, святейший Иеремия Вселенский отец отцов, и ты святейший Иов, патриарх Московский и всея Руси, и вы все, преосвященные митрополиты, архиепископы и освященный собор, Бога всемогущего блаженные служители, сподобившиеся большой милости и благодати у Господа и его Пречистой Матери и всех святых, от века угодивших Богу,… молю вас и заклинаю, из глубины души моей и со стенанием сокрушенного сердца – всеми силами усердно молите Господа за великого государя и за меня меньшую из дочерей ваших, дабы благоприятно внял молитву вашу и даровал нам чадородие и благословенного наследника сего великого царства Владимирского и Московского и всея России».
Всё это происходило в 1588 году, вскоре после разгрома Шуйских и удаления митрополита Дионисия. Тогда же остался в России архиепископ Арсений Елассонский, «что из славной земли Греческой, где мудрецов слава и витий украшение, у подошвы Олимпа западного». Именно Арсений поддерживал непрерывную связь России с православным Востоком.
В начале 1590 года Александрийским патриархом стал Мелетий Пигас. Всё дело о новом Московском патриаршестве было передано перед тем его рассмотрению. Своим ясным умом патриарх Мелетий понимал, кому и для чего было нужно Московское патриаршество. Он не был искренен в своих чувствах и не до конца разделял чаяния русских политиков и иерархов Русской Церкви в этом вопросе. С ним солидарны были сопровождавшие в Россию патриарха Иеремию его племянник протоканонарх Димитрий, афинские иерархи Георгий Логофет и Николай Аристотель. Все эти лица, проживавшие в Москве вместе с приезжим патриархом на подворье Рязанского епископа, вели непосредственные сношения с Борисом Годуновым и отдельно с главным дьяком Андреем Щелкаловым. В мае 1590 года в Москву через Смоленск из города Тырнова приехали митрополит Дионисий Палеолог, архиепископ Гревенский Болгарской земли Каллистрат, келарь Иерусалимской Лавры Саввы Освященного Дамаскин, игумен Иерусалимского Архангельского монастыря Кирилл, да из Сербии игумен Благовещенского монастыря Логгин. Все они представляли делегацию Константинопольского патриарха и всего Вселенского собора. Они привезли утверждённую соборную грамоту о достоинстве патриарха Московского, в которой Вселенские восточные патриархи (Константинопольский, Александрийский, Антиохийский) признавали сан патриарха Московского и Всея Руси Вселенским на началах равноправия с ними. Тем самым были восстановлены статус и место пятого Вселенского патриарха Вселенской Христианской Церкви, а авторитет Русской Православной Церкви значительно возрос. Это было делом рук Мелетия Пигаса. Грамоту Патриарху Московскому Иову с письмом от патриарха Мелетия вручал митрополит Тырновский Дионисий Палеолог. Одновременно с Дионисием Палеологом в Москву надолго приехали старцы монастырей Святой горы Афона: Неофит и Иоким (из св. Пантелеймонова монастыря), Григорий (из Хиландара), Софроний (из Ватопеда), монахи с Метеоры и ряд других духовных подвижников. Все эти греческие, сербские и болгарские иерархи и духовные лица, пребывавшие в Москве в 1590–1592 годах внимательно следили за политическими событиями, происходящими в столице России, а также за всеми последствиями невыясненного Углицкого дела. Все они посещали Троице-Сергиеву Лавру, где поклонялись праху своего знаменитого земляка Максима Грека. А некоторые из них, не без приглашения, наведывались в Кириллов-Белозерский монастырь. И в этом также чувствовалась рука Андрея Щелкалова.