В остальном же Федор Иванович словно удаляется на второй план собственного царствования. Последние годы жизни, как видно, тяжело ему дались: из родных и близких людей поддержать царя могла лишь супруга Ирина. Прочие к тому времени покоились в гробах…
В ночь с 6 на 7 января 1598 года после тяжкой болезни ушел из жизни ион.
Кончина Федора Ивановича не меньше, чем смерть Ивана Грозного, окружена слухами, за давностью лет превратившимися в легенды. Твердо известно следующее: до наступления последнего срока монарх успел исповедаться, причаститься и собороваться; 8 января царя похоронили. Его супруга Ирина вскоре стала инокиней Александрой Новодевичьего монастыря. После тяжелой политической борьбы и при поддержке патриарха Иова Борис Годунов занял русский престол. Ирина Федоровна скончалась осенью 1603 года. Видна в этом какая-то высшая милость: похоронив мужа и дочь, она хотя бы не видела смерти брата и не знала, что сыну его предстоит погибнуть страшной смертью при Лжедмитрии I. Ныне тело государя Федора Ивановича лежит в Архангельском соборе Московского Кремля, рядом с погребениями царя Ивана IV и царевича Ивана Ивановича. Тело государыни Ирины Федоровны покоится в подвальной палате Архангельского собора, куда оно было перенесено из разрушенного Вознесенского собора (1930).
Летописные источники и сочинения иностранцев по-разному передают волю умирающего царя о преемнике. Есть свидетельства в пользу того, что он «передал скипетр» супруге Ирине, Федору Никитичу Романову-Юрьеву, совету бояр (из которых лишь Борис Годунов осмелился взять скипетр) и… никому, велев положиться на то, как Бог рассудит. Последний вариант — самый правдоподобный. Во-первых, он в наибольшей степени соответствует складу личности Федора Ивановича. Государь безгранично уповал на милость Господню. Во-вторых, царь болел долго, а умирал быстро, он даже не успел постричься в монахи — как делали обыкновенно прежние московские государи; очевидно, в последние часы перед кончиной ему стало трудно размышлять и твердо изъявлять волю. Незадолго до ухода царь видел одного или двух «мужей светлых в святительской одежде». С хронологической дистанции в четыре столетия невозможно определить, что с ним происходило: чудо или утрата ясного сознания, приключившаяся от болезни{219}. Скорое погребение косвенно свидетельствует о том, что выглядел усопший царь нехорошо и страдания оставили на нем уродующий отпечаток.
Многие подозревали тогда насильственную кончину. Поговаривали о том, что Борис Годунов, желая полновластия, поторопил смерть Федора Ивановича{220}. В одной псковской летописи говорится прямо: «Дьявол завистника востави, шурина своея ему царицы супруги, и смерть от него прият»{221}. Исаак Масса утверждает то же самое: «Я твердо убежден в том, что Борис ускорил его смерть при содействии и по просьбе жены, желавшей скорее стать царицею, и многие московиты разделяли мое мнение; царя похоронили весьма торжественно, и весь народ вопил и плакал»{222}. Супругой Бориса Годунова являлась дочь Малюты Скуратова, лютейшего опричника, да и сам Борис Федорович, погубивший немало врагов, небезосновательно подозреваемый народом в связи с темным «угличским делом», мог вызвать самые жуткие сплетни о душегубстве. Но… эту тайну время не открыло. Историки не обладают четкими доказательствами виновности или невиновности Бориса Федоровича.
По здравому размышлению, скорее, он не взялся бы за такое дело. Ныне общеизвестно: Федору Ивановичу наследовал Борис Годунов; но тогда, в первые месяцы 1598-го, подобный ход событий выглядел далеко не очевидным. Борис Федорович взял трон не сразу, в очень сложной обстановке; между тем при жизни Федора Ивановича он властвовал над Россией спокойно и незыблемо. Стоило ли влезать в столь рискованную авантюру? Стоило ли брать на душу столь тяжелый грех? Да и стал бы с таким жаром поддерживать Годунова при восшествии на престол патриарх Иов, любивший Федора Ивановича, если бы мог хоть на миг заподозрить в нем цареубийцу? Напрашивается вывод: злодейство Бориса Федоровича в данном случае сомнительно.
Через несколько лет после кончины царя-инока (но еще до начала Смуты) патриарх Иов напишет житийную повесть о святом блаженном государе Московском и всея Руси. Именно так отнесутся к нему некоторые публицисты и летописцы XVII столетия. Почитание Феодора Иоанновича быстро установится в столице России, он попадет в святцы, войдет в Собор Московских святых как чудотворец.
Память святого Феодора совершается в день его преставления 7 (20) января и в неделю перед 26 августа (8 сентября) в Соборе Московских святых. Иконы его, как местночтимого святого, создавались в XVII веке, пишут их и сейчас, после возрождения Русской церкви. Существует и его акафист.