Верховным правителем России, адмиралом Александром Васильевичем Колчаком, было отдано распоряжение о производстве следствия для выяснения судьбы исчезнувшей Царской семьи. Ведение следствия первоначально было поручено члену Екатеринбургского Окружного Суда Ивану Александровичу Сергееву. С первых же шагов начатого расследования Сергеев пришел к заключению, что все члены Царской семьи были убиты, но никаких следов местонахождения их останков не было.
В январе 1919 года адмирал Колчак поручил генералу Дитерихсу привезти ему из Екатеринбурга следственный материал и все найденные предметы. Ознакомившись с материалом, адмирал Колчак поручил дальнейшее ведение следствия следователю по особо важным делам Омского Окружного Суда Николаю Алексеевичу Соколову, назначение которого состоялось 7 февраля 1919 года распоряжением министра Старынкевича.
Следствием были допрошены сотни свидетелей, среди них были и специально оставленные большевиками их агенты с целью направлять следствие на ложный путь, что очень тормозило его работу. В деле убийства Царской семьи очень важными были показания красногвардейцев из охраны «дома особого назначения» Анатолия Якимова и Филиппа Проскурова, захваченных в плен белыми частями. Первый из них присутствовал при убийстве, второй хотя и не присутствовал при этом, но знал все подробности и обстоятельства убийства от лиц, участвовавших в нем непосредственно. Наконец, в феврале 1919 года в г. Перми был взят в плен один из главных убийц Царской семьи — комиссар Екатеринбургской «чрезвычайки» бывший каторжник Павел Медведев, который хотя и подтвердил все обстоятельства убийства Царской семьи, однако утверждал, что ему неизвестно, что большевики сделали с телами узников. Тела были найдены благодаря показаниям крестьян деревни Коптяки. Следствием было обнаружено и множество документов, непосредственно относившихся к убийству Царской семьи. Среди этих документов находились оригиналы требований на серную кислоту и бензин, подписанные комиссаром Петром Лазаревичем Войковым, аптекарем из г. Керчи, и лента телеграммы, посланной Вейсбартом-Белобородовым из Екатеринбурга в Москву Янкелю Свердлову.
Весь собранный Н.А. Соколовым материал был им классифицирован, сфотографирован, вывезен за границу. Впоследствии весь этот материал был Соколовым опубликован в его документальной книге «Убийство Царской семьи» (Париж, 1921). Из содержания этой книги выявляется правдивая мрачная картина последних дней жизни узников Ипатьевского дома, жуткие подробности их смерти и вся подоплека совершенного большевиками гнусного преступления. Прологом к нему являются дипломатические переговоры, которые ведутся между советскими преступными заправилами и германским правительством, поставившим своей тайной целью, но разгаданной их большевистскими контрагентами, восстановление в России монархии в пользу Императора или Наследника престола при условии признания ими Брест-Литовского договора, заключенного Германией с большевиками. По мнению следователя по особо важным делам А.Н. Соколова, этот план не осуществился лишь благодаря сопротивлению Императора Николая 11, категорически отказавшегося от какого-либо компромисса и ставшего потому жертвой своей непоколебимой верности России и данному им ее союзникам слову. В этот период времени большевики очень считались с Германией, войска которой заняли почти всю Прибалтику и дошли до Пскова на севере, в то время как на юге России они заняли всю Малороссию, включая Киев, Харьков и Ростов-на-Дону, и демаркационная линия между немецкими и советскими оккупантами проходила по рубежу между тогдашними Черниговской и Орловской губерниями.
В половине апреля 1918 года Янкель Свердлов, председатель Центрального Исполнительного Комитета в Москве, как бы уступая требованиям германского посла графа Мирбаха, командирует в Тобольск для перевезения Царской семьи в Москву или Петроград комиссара Яковлева. Как показало следствие, Яковлев встречает неожиданно для него сопротивление Уральского Областного Комитета в Екатеринбурге, которое он старается преодолеть. Янкель Свердлов, который, с ведома всей советской головки, ведет двойную игру, притворяется, что он подчиняется требованиям графа Мирбаха, в действительности же тайно уговаривается с екатеринбургскими комиссарами воспрепятствовать Царю-мученику вырваться из их рук. Об этом свидетельствует тот факт, что одновременно с командировкой в Тобольск комиссара Яковлева в Екатеринбурге в спешном порядке выселяется из своего дома купец Ипатьев, дом этот в два дня обносится крепкой сплошной изгородью из толщенных досок, высота которой достигает до верхов окон второго этажа и получает название «дома особого назначения». В эту заранее приготовленную для Царственных узников тюрьму, 17/30 апреля 1918 года, по прибытии привезшего их в Екатеринбург поезда, немедленно были заточены Государь, Государыня, Великая княжна Мария Николаевна, доктор Боткин и трое слуг: Анна Демидова — горничная Государыни; Чемодуров — камердинер Государя и старший Седнев — лакей Великих княжен.