Вначале состав охраны этого дома состоял из случайно набранных людей, в большинстве случаев бывших солдат. Состав охраны постоянно менялся. Позже состав ее состоял исключительно из распропагандированных большевиками рабочих Систерского завода и фабрики братьев Злоказовых, явившихся добровольно сторожить «Николая Кровавого». Эта охрана была непосредственно подчинена комиссару Авдееву, коменданту «дома особого назначения». Авдеев, бывший уголовный преступник- каторжник, был алкоголиком, подверженным самым грубым инстинктам. Его главным ежедневным занятием было изобретательство совместно со своими подчиненными все новых издевательств над мучениками, отданными во власть этих подлых, низких и грубых существ, потерявших человеческий облик. 23 мая, сейчас же после своего прибытия в Екатеринбург, Наследник Цесаревич и его три сестры под конвоем были отправлены в дом Ипатьева. Соединение всей семьи, несмотря на тяготевшую над их жизнью угрозу и беспросветность их тягостного положения, было последним радостным событием в их страдальческой жизни. Через несколько часов в «дом особого назначения» были приведены повар Харитонов, старик-лакей Трупп и мальчик Леонид Седнев. Генерал-адъютант Татищев, графиня Гендрикова, барышня Шнейдер и лакей Государыни Волков были непосредственно после своего прибытия в Екатеринбург отведены в тюрьму.
24 мая заболевшего Чемодурова отправили в тюремную больницу, что чудесно спасло его жизнь, так как о нем забыли. Несколько дней спустя в тюрьму были отправлены дядька Наследника матрос Нагорный и старший Седнев, которые не могли скрыть своего негодования и открыто протестовали, увидев, как чекисты завладевали маленькой золотой цепочкой с образками, которая висела у изголовья кровати больного Наследника. Число лиц, желавших разделить заключение Царской семьи, ее главным тюремщиком, во время правления Временного правительства, товарищем Керенским, уже с самого начала было ограничено до минимума. После того как власть перешла в руки большевиков, под их давлением число это стало быстро уменьшаться: 10 человек прислуги были уволены из-за недостатка средств еще в Тобольске. До самого конца с Царской семьей оставались лишь четыре человека: доктор Боткин, Анна Демидова, Харитонов и Трупп. Большой поддержкой для Царской семьи было присутствие доктора Боткина, который прилагал все усилия, чтобы защитить ее членов от безобразных издевательств и грубостей тюремщиков, и окружал их своими заботами. В состоянии здоровья Наследника после утомительного переезда, лишений и волнений, которым постоянно был подвержен мальчик, наступило сильное ухудшение, и большую часть дня он оставался прикованным к своему ложу. Когда заключенных выпускали на прогулку, Государь выносил сына в сад.
Царская семья и слуги обедали вместе с чекистами, которые, как и люди охраны, когда им только заблагорассудится, входили в комнаты Царской семьи. Большею частью они бывали пьяными, и их грубостям и издевательствам не было границ. Глубокая, безграничная вера Царственных мучеников, их безропотная покорность воле Божией, незлобливость и смирение давали им силы твердо переносить все страдания. Они уже чувствовали себя на той стороне бытия и, с молитвой в душе и на устах, готовились к своему переходу в жизнь вечную. Государыня и Великие княжны, пребывая в этом чекистском аду, постоянно пели молитвы, вызывая у своих тюремщиков невольное смущение. Пораженные их простотой, мягкостью, человеколюбием и смирением, и эти потерявшие человеческий образ тюремщики были ими покорены. Их первоначальная озверелость сменилась глубоким сочувствием к заключенным. Под влиянием их христианской твердости и величия их душ даже закоренелый преступник-каторжник Авдеев осознал свое собственное ничтожество и подлость. «Дом особого назначения» был ничем иным, как отделением «Чеки» — того всемогущего учреждения, на котором держалась тогда и продолжает держаться ныне советская власть. Екатеринбургская «Чека», как и всякая другая «Чека» в провинции, непосредственно подчинялась главному ее правлению — Всероссийской Чрезвычайной Комиссии (В.Ч.К.), находившейся в Москве и подчиненной кровавейшему из палачей российского народа, поляку Феликсу Дзержинскому.