Уральский Областной Совет состоял приблизительно из 30 членов. Председателем его был Белобородов (Вейсбарт). Президиум его представлял собой Исполнительный Комитет этого Совета, в состав которого входили: председатель — еврей Вейсбарт (Белобородов) и члены: Шая Голощекин и Войков — евреи, Сафаров — татарин и Сыромолотов — русский, каторжник. Наиболее влиятельными членами екатеринбургской «Чеки» были: Янкель Юровский, Шая Голощекин и Войков; Авдеев был подчинен им и другим комиссарам, членам Президиума «Чека». Так выглядели большевистские учреждения г. Екатеринбурга и их представители, непосредственно выполнявшие порученное им советской головкой истребление Царской семьи.
Представители этих учреждений не могли не заметить наступившей резкой перемены в чувствах тюремщиков по отношению к Царственным узникам. Эта перемена стала известна и в Москве, вызвав там серьезные опасения. В связи с этим Свердлов вызвал в Москву комиссара Шаю Голощекина. 4 июля 1918 года Вейсбарт-Белобородов послал в Москву Янкелю Свердлову и Шае Голощекину телеграмму следующего содержания: «Сыромолотов выехал в Москву для организации дела, согласно указаниям из Центра. Напрасные опасения. Авдеев отстранен. Мошкин (помощник Авдеева. — Н.О.) арестован. На место Авдеева назначен Юровский. Внутренняя охрана заменена другими. Белобородов». В этот день Авдеев и Мошкин были арестованы комиссарами Янкелем Юровским и его помощником Никулиным. Юровский привел с собой десять человек отборных палачей екатеринбургской «Чеки», которые заняли все внутренние посты в доме Ипатьева. Смененная ими охрана, состоявшая из русских рабочих, была переведена в соседний дом Попова и занимала лишь наружные посты. В это время план убийства всех членов Царской Фамилии был окончательно разработан Янкелем Свердловым и утвержден Лениным и другими членами советского правительства.
Командированный в Москву для организации дела согласно с указаниями из Центра, Сыромолотов вместе с Голощекиным вернулся в Екатеринбург, привезя с собой инструкции, полученные лично от Свердлова. Одновременно Юровский начинает разъезжать верхом в окрестностях Екатеринбурга в поисках укромного места, где должно будет произойти бесследное исчезновение тел Русского Православного Царя, его семьи и союзников. Для этого им была облюбована поляна в лесу, вблизи заброшенной шахты, недалеко от деревни Коптяки, находящейся в 20 верстах на северо-запад от г. Екатеринбурга.
В воскресенье, 14 июля, Царская семья и ее союзники присутствуют на последнем богослужении, которое совершает священник отец Иоанн Сторожев, — последний человек извне, который видит Царскую семью еще живой. На другой день, 15 июля, Юровский отдает распоряжение о переводе 14-летнего Леонида Седнева в дом Попова, в котором помещается внешняя охрана «дома особого назначения», состоящая из русских рабочих, подчиненная комиссару-чекисту Павлу Медведеву, пользовавшемуся полным доверием Янкеля Юровского.
16 июля, в 7 часов вечера, Юровский отдает Павлу Медведеву приказ — принести ему 12 револьверов системы «Наган», входивших как добавочное вооружение отряда из русских рабочих. Когда Медведев приносит наганы Юровскому, последний сообщает ему, что сегодня ночью вся Царская семья будет умерщвлена, одновременно он приказывает Медведеву сообщить об этом позднее русской охране. Около 10 часов вечера Медведев сообщает об этом своим подчиненным.
Через несколько минут, по прошествии 12 часов ночи, Юровский входит в комнаты Царской семьи и лиц, разделяющих с ней заключение, и приказывает им одеться, чтобы следовать за ним. Как причину он выставляет будто бы происходящее в Екатеринбурге восстание, поясняя при этом, что в помещении полуподвального этажа дома они будут находиться в большей безопасности. Перед этим Юровский посещает Наследника Цесаревича и справляется о его здоровье. Такое поведение Юровского свидетельствует о том, как он озабочен, чтобы не вызвать никаких подозрений у своих жертв, — чтобы убийство их прошло бы в возможно наиболее спокойной обстановке. Вскоре все готовы и, захватив с собой некоторые мелкие вещи и подушки, спускаются по внутренней лестнице, выходят во двор и оттуда направляются в комнату подвального этажа. Во главе шествия идут Юровский и Никулин, за ними следует Государь, который несет на руках больного Наследника, за ним следуют: Государыня, Великие княжны, доктор Боткин, Анна Демидова, Харитонов и Трупп. Здесь происходит довольно долгая остановка, во время которой вышедший Юровский дает последние распоряжения убийцам, распределяет между ними жертвы, причем себе он выбирает Государя и Наследника. В ожидании дальнейших событий узники просят, чтобы им принесли стулья. Им приносят три стула. Больной Наследник, который не может стоять на ногах, садится на стул посередине комнаты. Государь садится влево от него, доктор Боткин становится справа от него, несколько сзади. Государыня садится возле стены — вправо от двери, через которую они вошли, недалеко от окна. Сзади нее стоит Великая княжна Татьяна Николаевна. В углу комнаты, с той же стороны, стоит Анна Демидова, в руках она держит две подушки. Великие княжны Ольга, Мария и Анастасия стоят, прислонившись к задней стене, справа от них — в углу стоят Харитонов и старик Трупп. Ожидание затягивается…