Другим важнейшим мероприятием царя была коренное изменение роли Первосвященника и порядка его назначения. Собственно говоря, уже претензии Хасмонеев на пост Первосвященника были не совсем законными, поскольку они принадлежали к низшей категории потомков колена сына Иакова — Левия — «левитам», в то время как по закону Первосвященниками могли быть когены — представители высшей категории потомков колена Левия — потомки брата Моисея Аарона. Несмотря на протесты фарисеев, такой порядок сохранялся в течение многих лет правления династии, тем более, что Первосвященник занимал свой пост пожизненно и одновременно являлся царём Иудеи. Ирод сразу же решительно изменил этот порядок, прежде всего, отказав представителям рода Хасмонеев в праве занимать этот пост (исключение было сделано для молодого брата его жены Мариамны — Аристобула). Решительно также отменялось наследственность при назначении нового Первосвященника — от отца к сыну и пожизненное занятие этого поста.
Согласно Иосифу Флавию, за время правления Ирода сменилось 7 (!) Первосвященников (все даты гг. до н.э.):
Хананиэль (37–36/35) и Аристобул (35);
Ханаиэль снова (35–30);
Иисус, сын Фавита (30–24);
Симон, сын Боэта (возможно, просто Боэт) (24–5);
Маттиас, сын Тефила (5–4);
Иосиф, сын Еллемуса (один день, не назначен Иродом);
Иоазар, сын Боэта (40).
Если же рассматривать только тех, кто занимал пост продолжительное время, то Ханаиэль был, вероятно, действительно потомком когенов — Первосвященников, но при этом выходцем из вавилонской еврейской общины. Иисус сын Фавита, судя по талмудической литературе, был уроженцем египетской иудейской общины, из города Леонтополиса, где издавна существовал храм, построенный по образцу Иерусалимского Храма. Возможно, что он также был потомком линии Садока, Первосвященника Храма при Соломоне. Третий, Симон был сыном священнослужителя Боэта — уроженца Александрии Египетской. В общем, заметно стремление царя выдвигать на этот важный религиозный пост людей, не связанных с иерусалимской духовной элитой и даже из незнатных, по иерусалимским понятиям, фамилий. Тем самым Ирод добивался того, чтобы Первосвященник превратился в прямого подручника царя, которого можно было сменить по своему произволу. Например, задумав вступить в законный брак с дочерью священнослужителя Боэта Мариамной (тёзкой его первой жены), царь для повышения статуса будущего тестя назначил его Первосвященником, сместив прежнего. Такой порядок назначения и смещения Первосвященников сохранялся при жизни Ирода и его сына Архелая. Затем, уже снова под римской властью, как отмечает Иосиф Флавий, «форма правления стала опять аристократическая, причём управление народом было доверено Первосвященникам» (ИД. Т. 2. С. 170). Однако для снятия напряжения в отношениях со всеми слоями иудейского общества и, прежде всего, с высшими кругами и для возвеличивания своего имени среди иудеев диаспоры Ирод предпринимает неслыханное дело — коренную реконструкцию Иерусалимского Храма. Надо отметить, что восстановленный после возвращения из Вавилонского плена Второй Храм, судя по всему, был довольно невзрачным строением, весьма отдалённо напоминающим Храм Соломона, разрушенный вавилонянами в 586 году до н.э.
Строительство началось, согласно «Иудейским древностям» на 18-м году правления (в «Иудейской войне» — 15 году), то есть примерно в 20 году до н.э. Видимо, эффективная экономическая политика царя привела к накоплению соответствующих материальных ресурсов для столь великого строительства. Но, прежде всего, ему необходимо было убедить все слои тогдашнего иудейского общества, что это святое дело и никаких отступлений от законов Торы при обновлении Храма ни в коем случае не будет допущено. Царь понимал, что в противном случае были неизбежны народные восстания и бунты. С другой стороны, надо было объяснить римским властям, ревниво относившимся к всяким религиозным традициям, что создание нового роскошного Храма иудейского невидимого Бога не является претензией на соперничество с богами — покровителями Рима. Ведь тогда соперничество народов, как правило, воспринимали как борьбу между богами — их покровителями. Обе проблемы были крайне сложны, но иудейский царь блестяще с ними справился.
Прежде всего, перед началом строительства Ирод собрал народ и произнес речь, в которой красноречиво убеждал в необходимости возродить Храм во всём великолепии, каким он был во времена Соломона. Ранее, по его словам, это было невозможно, поскольку персидские владыки и македоняне (греки) запрещали строить Храм, равный по высоте и великолепию Храму Соломона. Конечно, приведенная Иосифом речь царя представляется литературным вымыслом. Однако последняя фраза кажется вполне достоверной, если не по форме, то по смыслу: «А так как я теперь, по милости Божией, правлю (самостоятельно), наслаждаюсь полным миром, у меня много денег и большие доходы, а главным образом, так как к нам расположены и дружелюбны римляне, эти властители всего, как говорится, мира, то я попытаюсь исправить ошибку прежних времен, объясняющуюся стеснённым положением зависимых людей, и воздам Предвечному дань благочестия за все те благодеяния, которыми он осыпал меня во время этого моего царствования» (ИД. Т. 2. С. 179). Характерно, что в этой речи содержался и прямой намёк на то, что цари Хасмонеи во время своего независимого правления не предприняли такого дела, хотя и провозгласили себя Первосвященниками.