Наиболее тесно связанными с предыдущей династией и вообще элитой иудейского общества были саддукеи. Казалось бы, их представители могли бы составить наиболее серьезную оппозицию царю. Однако в течение всего царствования Ирода Иосиф Флавий не упоминает о саддукеях. Скорей всего, причиной может служить то, что саддукеи представляли собой не столько религиозную группу, сколько социальную аристократическую элиту иудейского общества, тесно связанная с властью Первосвященника. Назначение Иродом Первосвященниками уроженцев не Иерусалима и даже не Иудеи, конечно, не способствовало сплочению их как партии. Помимо этого, Ирод при строительстве Храма явно не скупился на знаки уважения к основной массе храмового священничества в целом и даже поручил священникам строительство самых священных мест Храма, тщательно соблюдая при строительстве Храма все заповеди Торы. Но и самое главное — возвышая великолепие Храма, Ирод, несомненно, увеличивал тем самым и благосостояние высших слоев иерусалимского священнического сообщества, что явно не способствовало формированию открытой оппозиции.
Отношения Ирода с фарисеями были гораздо сложнее, что объясняется прежде всего тем, что фарисейское движение охватывало гораздо более широкие слои народа и, следовательно, можно найти в нём разные оценки политики Ирода.
Еще в начале своей карьеры в 47 году до н.э., когда Ирод предстал перед судом синедриона как правитель Галилеи, именно фарисей Самея предсказал блестящее будущее молодому полководцу и то, что в своё время он накажет своих судей. При осаде Иерусалима в 37 году до н.э. Иродом именно вожди фарисеев Самея и Поллион и их сторонники стояли за прекращение сопротивления (ИД. Т. 2. С. 89). После взятия города они удостоились со стороны Ирода особого почёта (ИД. Т. 2. С. 131). В дальнейшем эти лица снова встречаются опять-таки в весьма красноречивой ситуации. Для укрепления своей власти царь потребовал от своих подданных принести присягу в на верность лично ему. Однако встретив отказ со стороны Самеи и Поллиона и большинства их последователей, он их не наказал и даже освободил от такой присяги (ИД. Т. 2. С. 177). Нечто подобное произошло и в конце царствования Ирода, когда возникла необходимость принести присягу Цезарю и самому царю. От этого отказались 6 тыс. фарисеев, но отказавшиеся присягать отделались только штрафом, в то время как «все иудеи клятвенно подтвердили верность Цезарю и повиновение постановлениям царя» (ИД. Т. 2. С. 245).
Очевидно, с этой умеренной частью фарисеев Ироду удалось установить хорошие отношения, причём прибегая к методам тактичного убеждения в случае недовольства его нововведениями. Например, всеобщее возмущение ревнителей иудаизма вызвало украшение театра золотыми изображениями трофеев, захваченных Октавианом у побеждённых народов, поскольку среди них встречались были изображения вооружённых людей, что было запрещено по иудейским законам. Тогда Ирод пригласил самых влиятельных протестующих и приказал убрать эти трофеи, что сразу обнажило голые деревянные столбы. Это сразу разрядило обстановку и даже вызвало общий дружный смех (ИД. Т. 2. С. 164–165). Прибегал он и к мерам экономического характера, в частности, Ирод даже пошёл на освобождение подданных иудеев от трети податей под тем предлогом, что люди должны оправиться от последствий неурожая (ИД. Т. 2. С. 176–177).
Однако, как и всегда в истории всех стран и народов, внедрение новшеств даже внешнего характера встречает резкий протест приверженцев старого порядка. Неудивительно поэтому, что после, казалось бы, невинных вышеописанных эпизодов с украшениями театра Иосиф Флавий сообщает о заговоре десяти фанатично преданных старым порядкам людей, «которые не желали примириться с противным народному духу нововведениями и видели в нарушении основных обычаев начало великих бедствий. Эти люди считали священной обязанностью скорее подвергнуться опасности, чем допускать такие нововведения в государстве и спокойно взирать на то, как Ирод насильно насаждает противные народному духу начала». Вышесказанное вполне применимо к определению понятия «зилоты» и «зилотизм» всех времен и народов. Характерно и то, что среди этих заговорщиков был даже слепец, хотя никакой помощи задуманному делу убийства Ирода он не мог принести. Схваченные с поличным по доносу заговорщики и допрошенные лично царем «не высказали раскаяния, не пытались отрицать свою вину, но тотчас после ареста отдали свои кинжалы и храбро сознались, что составили заговор с благою и честной целью, причём не было и речи о какой-либо личной выгоде или личной мести, но преследовались лишь благо народа, которое оберегать должен быть готов всякий». Эрудированный читатель может вспомнить многие подобные заявления террористов всех времен и народов, от русских народовольцев до современных исламских террористов. Характерно и то, что казнь заговорщиков только повысила их авторитет среди ортодоксов. Когда же толпой был растерзан разоблачённый доносчик, то никто не донёс на его убийц (ИД. Т. 2. С. 166).