Тем не менее Ирод был потрясен услышанным, его охватила близкая к паранойе подозрительность, и он сразу предпринял особые меры защиты своей безопасности.
Везде стали действовать его шпионы и доносчики, следящие за всеми подозрительными людьми, повсюду воцарилась атмосфера паники и доносов, и погибло много невинных людей. Как пишет Иосиф Флавий, «в конце концов его приближенные, потеряв всякую уверенность в себе, стали доносить друг на друга, торопясь предупредить своих товарищей, думая лишь оградить себя; таким образом поступали все те, кто имел с кем-либо личные счеты, но месть их падала на их же собственные головы». Далее Иосиф объясняет последнее: «Дело в том, что на царя вскоре нападало раскаяние в гибели людей очевидно невиновных, но это тяжелое чувство отнюдь не удерживало его от дальнейших подобных действий, а скорее побуждало его подвергать доносчиков такой же участи» (ИД. Т. 2. С. 217).
В страхе перед покушением царь приказал охранять вход во дворец даже от старых помогавших ему друзей. При этом Антипатр, всячески раздувая страхи Ирода, сумел навлечь подозрения на друзей Александра. Они также были арестованы и допрошены под пыткой, но не сообщили ничего, компрометирующего Александра. Их молчание еще больше разъярило Ирода, полагавшего, что это не доказательство отсутствия заговора, а просто свидетельство их преданности Александру. Наконец, один из допрашиваемых показал, что Александр считал отца завистливым и говорил, что рядом с ним он ходил несколько согнувшись, чтобы не казаться выше отца, а на охоте специально стрелял из лука мимо цели, чтобы не показать себя искуснее его. Узнав о таких признаниях, Ирод приказал пытать жертву дополнительно, и тот добавил к прежним показаниям, что сыновья Мариамны задумали умертвить Ирода на охоте, а затем бежать в Рим, чтобы добиться утверждения на троне. К несчастью для Александра, было обнаружено его письмо брату, в котором он жаловался на фаворитизм отца по отношению к Антипатру, получившему в управление область, приносившую доход в 200 талантов. Содержание письма настолько укрепило подозрение Ирода, что он приказал арестовать Александра.
Однако даже теперь царь понимал: всего этого всё же было недостаточно для обвинения в заговоре с целью его убийства. Ведь Александр не был настолько наивен, чтобы надеяться после убийства отца добиться утверждения его иудейским царем в Риме, напротив, он был бы за это сам казнён. Более того, в конечном счёте даже сам Ирод не слишком доверял признаниям, вырванным под пыткой. Об их надежности могли дать ему представление вырванные показания одного допрашиваемого, сообщившего, что якобы Александр направил послание в Рим с просьбой вызвать его к императору для сообщения о том, что Ирод вступил в союз против римлян с парфянским царём Митридатом. Однако имя парфянского царя указано неправильно, тогда правил не Митридат, а Фратак. Кроме того, он утверждал, что Александр приготовил для убийства отца яд, который пока находится в Аскалоне. Эти два показания явно противоречили одно другому, а к тому же яда в Аскалоне не нашли.
Но тут Александр, видимо, в состоянии полного отчаяния, совершил необдуманный шаг, способствовавший гибели его самого и его брата. Он пишет длинное письмо на четырех папирусах, в котором признавал существование заговора против отца, но утверждал, что в этом ему помогали Ферора и самые близкие друзья Ирода. Упоминался также Птолемей, управлявший финансами царя, а также некий Саппиний. Более того, Александр даже написал, что однажды к нему ночью явилась Саломея и против его воли «заставила сожительствовать с ней» (ИВ. С. 81). Как полагает Шалит, возможно, письмо составлено с расчетом погубить вместе с собой всех своих врагов. В частности, что касается Саломеи, то, согласно Пятикнижию, сексуальные отношения сестры отца с его сыном, как и гомосексуализм, представляли собой серьезное преступление. Но, поскольку Ферора продолжал интриговать против царя и после этого эпизода, то следует отметить некоторую истину в признаниях Александра. Однако показательно, что среди заговорщиков Александр не упомянул самого главного своего врага — Антипатра, что показывает искусство последнего в деле интриги.