Политика Хасмонейских правителей по отношению к этим движениям была весьма противоречивой. Поскольку ессеи самоустранились от участия в активной жизни общества, то публичная политика в масштабах государства велась саддукеями и фарисеями. Их вожди встречались на заседаниях своего рода государственного совета — Синедриона (по-гречески — собрание, совещание), происходивших в одном из помещений Иерусалимского Храма. Сложилась традиция обсуждения в этом совете наиболее важных государственных дел, издания законов и разбора наиболее важных судебных дел. Это учреждение состояло из 70 мудрецов во главе с председателем, и в нём были представлены как саддукеи, так и фарисеи. Первоначально Хасмонеи, утвердившие свою династию в результате общенародной войны с языческими полчищами Селевкидов, несомненно, сохраняли тенденцию идеологической близости с народными движениями. Первоначально Иоанн Гиркан был, очевидно, близок к фарисейской традиции. Однако по мере укрепления царской власти и усиления влияния эллинистических тенденций в кругу царского двора влияние саддукеев усилилось, разумеется, за счёт фарисеев.
Не осмеливаясь выступать против победоносного правителя страны, фарисеи избрали весьма изощрённую тактику. Они стали требовать от Иоанна отказаться от сана Первосвященника, считая его происхождение недостойным такого поста. Дело даже дошло до прямой клеветы, поскольку один из вождей фарисеев даже публично обвинил князя в том, что его мать была в плену у язычников. Это было явной неправдой, но члены Синедриона отказались удовлетворить требования разгневанного Иоанна о наказании клеветника. После этого случая на всех важных государственных постах, к недовольству народа, саддукеи были заменены фарисеями. Надо сказать, что требование отказаться от поста Первосвященника было хорошо продуманным ходом. Напомним, что Храм в иудейском теократическом государстве выполнял важные финансовые функции, он был своего рода Государственным банком страны. Там хранилась государственная казна и частные вклады, туда стекались пожертвования иудеев со всего мира. Отказаться от этого поста для князей, а потом царей Иудеи означало отказаться от контроля над важнейшим рычагом управления страной и практически оставить за собой только призрачную, хотя внешне и блестящую, власть правителя. Это было тем более неприемлемо, потому что и претензии Хасмонеев на царскую власть были недостаточно обоснованны, поскольку они не принадлежали к династии Давида и Соломона.
При Александре Яннае дело дошло до открытого вооружённого конфликта. Причиной этого было нарастающее недовольство народных масс хотя и блестящими, но крайне разорительными для народа войнами царя-воина. Гражданская война между сторонниками фарисеев Александром продолжалась почти 6 лет (90–85 гг. до н.э.). Согласно Иосифу Флавию, в ходе этой войны пало около 50 тыс. иудеев. Царские войска, среди которых было много наёмников, нередко побеждали на поле брани, но на все его попытки как-то закончить конфликт фарисеи отвечали: «Только после твоей смерти». Тантлевский показал, что в народном восстании против Александра приняли участии даже ессеи. Это весьма важный знак, поскольку ессеи отрицательно относились и к фарисеям, именуя их в своих текстах «толкователи скользкого». Дело дошло даже до того, что повстанцы, сознавая то, что им не справиться с хорошо обученными и вооружёнными войсками царя, призвали на помощь сирийского царя Деметрия III Эвкета. Клаузнер даже полагает, что фарисеи, идеологические наследники хасидеев Иуды Маккавея, были согласны стать снова подданными этого языческого царя при условии предоставления им религиозной автономии{35}. С огромным трудом царю удалось справиться с повстанцами и сирийцами. Расправа царя с побеждёнными была исключительно жестокой. Одним их примеров этого может служить выше приведенный эпизод распятия перед пирующим царём 800 фарисеев. В Талмуде сообщается об убийстве Яннаем мудрецов и массовом бегстве из страны оставшихся в живых. Также и ессеи именно тогда в страхе бежали из Иерусалима в Иудейскую пустыню, где и основали поселение Хирбет-Кумран. За жестокость народ прозвал царя «Фракиец». (Воинственные фракийцы считались в древности свирепыми и жестокими дикарями.)
Некоторое успокоение наступило после смерти Александра, во время недолгого правления его вдовы Саломеи Александры (Шломцион) (76–67 гг. до н.э.). Тогда положение фарисеев снова укрепилось, и наступил кратковременный период долгожданного мира. Правда, как свидетельствует наш основной источник Иосиф Флавий, фарисеи «стали терроризировать царицу, убеждая её перебить всех тех, кто посоветовал Александру избиение восьмисот (фарисеев). Затем они убили одного из таких людей, некоего Диогена, а после него последовательно нескольких человек…» (ИД. Т. 2. С. 59). То есть гражданский конфликт был только внешне приглушен.