Габиний успокоил страну и способствовал восстановлению многих разрушенных междоусобной войной городов. Как пишет Иосиф, «люди охотно повиновались распоряжениям Габиния… Тогда можно было спокойно жить в тех городах, которые столь долго оставались пустыми» (ИД. Т. 2. С. 77). Поскольку эти города были в основном греческими, то можно полагать, что они были объектами нападений повстанцев.
Габиний подтвердил и укрепил власть Гиркана, прежде всего, его покровительство над Иерусалимским Храмом. Но при этом он разделил Иудею на пять частей, учредив в каждой из них свой синедрион, причём в Иерусалиме находился только один из них. Несомненно, это укрепило положение Антипатра, поскольку такое устройство подрывало авторитет прежней династии и усиливало власть других, подобных ему, местных правителей. Как отмечает Иосиф, «евреи же со своей стороны, были только довольны тем, что они будут избавлены от владычества одного человека и будут управляться аристократией» (ИВ. С. 32).
Однако спокойствие было нарушено бегством уже из Рима самого Аристобула вместе со своим вторым сыном Антигоном. Это выглядело довольно странно, поскольку обычно пленных царей, приведенных победителем для участия в триумфе, ожидала тюрьма или даже смерть. Но прибыв в Иудею он собрал много сторонников. Как пишет Иосиф Флавий, «многие иудеи перешли на сторону Аристобула за его прежнюю доблесть, а также потому, что они всегда радовались каким-либо новшествам» (ИД.С. 78). Заметно, что Иосиф, сам принадлежавший царскому роду Хасмонеев, отдавая должное мужеству Аристобула и его сыновей, не сочувствует их антиримским устремлениям, вызывающим только лишние жертвы. В результате очередного столкновения с Габинием Аристобул был схвачен и в цепях вторично отправлен в Рим, где уже содержался в темнице. Однако великодушный Габиний, согласно обещанию, данному им жене Аристобула, добился от сената возвращения его детей на родину.
Однако и это не угомонило его мятежного сына Александра. В 55 году до н.э. Габиний предпринял поход в Египет для восстановления на троне по поручению Помпея желательного для Римской державы царя Птолемея Авлета. Антипатр не только снабдил его войско всем необходимым, но пользуясь авторитетом Гиркана как Первосвященника Иерусалимского Храма, побудил охранявшие у Пелузия (около нынешнего Порт-Саида) дорогу в Египет иудейские воинские отряды не препятствовать Габинию. Однако в это время Александр снова собрал под свои знамёна мятежников, и восстание началось с новой силой. Возвратившись из Египта, Габиний направил Антипатра к восставшим, чтобы тот убедил их в безнадёжности мятежа. Многие иудеи послушались Антипатра и разошлись, остальные были разгромлены в жестокой битве, в которой мятежники проявили гораздо больше мужества, чем благоразумия. Александр был взят в плен и уже из него не вышел живым.
После этого, как сообщает Иосиф, «Габиний посетил Иерусалим, где установил правление согласно пожеланиям Антипатра» (ИВ. С. 33). Показательно, что именно Антипатра, а не Гиркана!
Подводя итоги событиям этих бурных лет, можно отметить решительный поворот в суцьбе семейства Ирода. Во-первых, римляне убедились на деле, что именно Антипатр является ключевой фигурой их политики в Иудее, поскольку все попытки договориться с партией Аристобула ни к чему не привели. Во-вторых, несмотря на формальные титулы и царское происхождение Гиркана, он превращался только в пышную декорацию реальной власти семейства Антипатра. В-третьих, участие войск Габиния в борьбе с ограниченными, узко мыслящими «патриотами», аристократами Хасмонеями помогло Антипатру сохранить и усилить свои вооружённые отряды, многому научившись в боях у римлян. В-четвёртых, восстановление Габинием разрушенных городов бывшего Хасмонейского царства способствовало оживлению экономической жизни страны. Это, безусловно, способствовало возрождению прежних торговых путей, что в свою очередь позволило Антипатру использовать контролируемые им большие финансовые доходы Иерусалимского Храма.